Discussion :

[Azerosse]

Bonjour, j'ai utilisé les modules primer3 pour pouvoir faire un script permettant de designer des amorces à partir d'un fichier contenant des séquences au format fasta .
Cependant après avoir donné mon fichier ou se trouvent toutes mes séquences au format fasta mon script me ressort 0 resultat , il ne trouve pas de primer. Alors j'essaie de mettre dans mon fichier qu'une séquence la séquence exemple que l'on obtient lorsque l'on installe primer3 mais la de même aucun primer trouvé . Pourtant j'ai bien repris le code qui se trouve sur le site https://metacpan.org/pod/Bio::Tools::Run:rimer3.

Voici mon code :

Code :

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#!/usr/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
 
use Bio::Tools::Run::Primer3;
use Bio::Tools::Primer3;
use Bio::SeqIO;
 
# Fichier sequence consensus (Pense à remplacer les ? par des N)
my $FichierSequenceConsensus = 'seqprimer.txt';
 
my $seqio              = Bio::SeqIO->new( -file => $FichierSequenceConsensus, -format => 'fasta' );
my $seq                = $seqio->next_seq;
my $primer3            = Bio::Tools::Run::Primer3->new(
  -seq     => $seq,
  -outfile => "primer.out",
  -path    => '~/Test/primer3/src/primer3_core',
);
 
# Exemple de parametres
my %parametre = (
  PRIMER_OPT_SIZE => 20,
  PRIMER_MIN_SIZE => 18,
  PRIMER_MAX_SIZE => 27,
 
  PRIMER_NUM_NS_ACCEPTED     => 0,    # default : 1
  PRIMER_FILE_FLAG           => 1,
  PRIMER_PICK_INTERNAL_OLIGO => 1,
  PRIMER_EXPLAIN_FLAG        => 1,
  PRIMER_PICK_INTERNAL_OLIGO => 1,    # recherche sonde (bolean : default 0)
 
  PRIMER_OPT_TM      => 60,           # (float, default 60.0C)
  PRIMER_MIN_TM      => 57,           # (float, default 57.0C)
  PRIMER_MAX_TM      => 66,           # (float, default 63.0C)
  PRIMER_MAX_DIFF_TM => 2,            # (float, default 100.0C)
  PRIMER_MAX_POLY_X  => 5,            # (int, default 5)
 
  PRIMER_SALT_CONC => 50,             # (float, default 50.0 mM)
  PRIMER_DNA_CONC  => 330,            # (float, default 50.0 nM)
 
  PRIMER_LIBERAL_BASE => 1,           # (boolean, default 0)
);
 
# On applique ces paramètres
foreach ( keys %parametre ) {
  $primer3->add_targets( $_ => $parametre{$_}, );
}
 
# Lancement de primer3
my $resultats_primer3 = $primer3->run;
 
# Nombre de résultat
my $NombreResultat = $resultats_primer3->number_of_results;
print "Il y a $NombreResultat resultats\n";
 
# Lecture des résultats
printf( "%-13s %-10s %-10s %-7s %-8s %-7s %-5s %-10s\n",
  'OLIGO', 'Start', 'Longeur', 'TM', 'Any', '%GC', "3'", 'Séquence' );
 
for ( 0 .. $NombreResultat - 1 ) {
  my $resultats = $resultats_primer3->primer_results($_);
 
  # PRIMER_LEFT
  my ( $start_left, $len_left ) = split( ',', $resultats->{PRIMER_LEFT} );
  printf(
    "%-13s %-10s %-10s %-7s %-8s %-7s %-5s %-10s\n",
    'LEFT PRIMER',                        $start_left,
    $len_left,                            $resultats->{PRIMER_LEFT_TM},
    $resultats->{PRIMER_LEFT_GC_PERCENT}, $resultats->{PRIMER_LEFT_SELF_ANY},
    $resultats->{PRIMER_LEFT_SELF_END},   $resultats->{PRIMER_LEFT_SEQUENCE}
  );
 
  # PRIMER_RIGHT
  my ( $start_right, $len_right ) = split( ',', $resultats->{PRIMER_RIGHT} );
  printf(
    "%-13s %-10s %-10s %-7s %-8s %-7s %-5s %-10s\n\n",
    'RIGHT PRIMER',                        $start_right,
    $len_right,                            $resultats->{PRIMER_RIGHT_TM},
    $resultats->{PRIMER_RIGHT_GC_PERCENT}, $resultats->{PRIMER_RIGHT_SELF_ANY},
    $resultats->{PRIMER_RIGHT_SELF_END},   $resultats->{PRIMER_RIGHT_SEQUENCE}
  );
 
}

Je pense que si il ne trouve pas de primer cela vient peut être du chemin de primer3 que j'ai donné mais pourtant j'ai donné le bon ...
Merci de votre réponse

[Gardyen]

As-tu essayé d'initialiser ton primer3 en mode verbose ? cela te donnera peut-être plus d'indications ?
Sinon tu peux lancer la commande à la main pour voir si elle donne une erreur ?