Discussion :

[Keyranblop]

Bonjour,

Actuellement étudiante en ingénierie biomédicale, j'effectue un stage de 6 mois dans une grosse entreprise. Mon travail est de traiter des images de cellules prises au microscope : certaines sont malades, d'autres non, et il faudrait sur le long terme que je code un algorithme ML qui puisse les différencier seul. Ce n'est cependant pas le sujet de cette discussion. Pour l'instant, afin de me familiariser avec les photos fournies par un laboratoire (de bonne qualité), j'ai été chargée de trouver un moyen de :
- Effacer ou ignorer les cellules mortes
- Compter l'ensemble des cellules sur la photo.

Il faut savoir que les cellules mortes ont une forme très différente des cellules vivantes. Sur la photo en PJ, elles sont rondes et entourées de blanc, plus intenses. Idéalement, il faudrait pouvoir les "effacer" sans gêner le reste afin de pouvoir compter les cellules vivantes, mais s'il vous vient une idée qui permet de simplement ne pas les prendre en compte, je suis partante. J'ai des bases de traitement d'image sur Matlab, mais je dois dans le cadre de ce stage utiliser Python, avec quoi je suis familière, mais loin d'être experte. Pourriez-vous m'indiquer une piste de départ ? Je suis actuellement totalement dans le flou, mais me débrouille pas mal en bidouillages et essais/erreurs une fois lancée.




Merci d'avance

[lg_53]

Salut

Ton algo de machine learning devra s'entrainer sur un set d'apprentissage déjà anoté. Et sur ces images déjà anotées il y aura des annotations positives et des anotations négatives. Si les anotations recouvrent bien le panel de ce qu'on peut voir sur les images, il n'y a pas de raisosns pour que ton modèle entrainé ne sache pas faire la différence entre les cellules mortes et vivantes.