Discussion :

[yozakine]

Bonjour,

je dois effectuer un arbre avec la commande fneighbor, hors le shell m'indique plusieurs messages d'erreur avec ma matrice :

Code :

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Error: Distance file matrice.dat: line 3 Row 'hth' has 6 values
Error: Distances file matrice.dat: line 3 Zero (0) replicates for hys
Error: Unable to read distances file 'matrice.dat'

Voici la tête de ma matrice :

Code :

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hth       0     967     1320    1759    993     303     828     847     967     1277    868     1108
hys       967   0       994     965     1417    300     735     789     1493    994     786     921
tal       1320  994     0       1310    1007    324     817     846     993     1305    859     1121
hte       1759  965     1310    0       991     300     823     844     965     1269    862     1101
hya       993   1417    1007    991     0       298     753     807     1419    993     801     927
ttk       303   300     324     300     298     0       398     359     302     317     362     327
pmx       828   735     817     823     753     398     0       1196    734     811     1194    819
sul       847   789     846     844     807     359     1196    0       787     856     1368    780
hho       967   1493    993     965     1419    302     734     787     0       996     786     923
trd       1277  994     1305    1269    993     317     811     856     996     0       863     1117
saf       868   786     859     862     801     362     1194    1368    786     863     0       814
aae       1108  921     1121    1101    927     327     819     780     923     1117    814     0

Je suis un débutant dans la matière donc votre aide sera la bienvenue

P.S. : j'ai essayé avec une autre matrice aucun rapport trouvé sur le web et ça marche bien :

Code :

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Bovine      0.0000  1.6866  1.7198  1.6606  1.5243  1.6043  1.5905
Mouse       1.6866  0.0000  1.5232  1.4841  1.4465  1.4389  1.4629
Gibbon      1.7198  1.5232  0.0000  0.7115  0.5958  0.6179  0.5583
Orang       1.6606  1.4841  0.7115  0.0000  0.4631  0.5061  0.4710
Gorilla     1.5243  1.4465  0.5958  0.4631  0.0000  0.3484  0.3083
Chimp       1.6043  1.4389  0.6179  0.5061  0.3484  0.0000  0.2692
Human       1.5905  1.4629  0.5583  0.4710  0.3083  0.2692  0.0000

J'ai donc calqué ma matrice sur celle-ci mais aucun résultats positifs, toujours les mêmes messages d'erreurs.

[Flodelarab]

Bonjour

Ne trouves-tu pas que tes distances sont vachement grandes pour des distances phylogénétiques ?

Quand je divise tes valeurs par 1000, il n'y a pas d'erreur.

Code :

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Output file   .stdout
 
 
    Cycle   9: species 1 (   0.51140) joins species 8 (   0.33560)
    Cycle   8: node 1 (   0.01628) joins species 9 (   0.43722)
    Cycle   7: species 2 (   0.43466) joins species 7 (   0.30034)
    Cycle   6: node 2 (   0.01986) joins species 4 (   0.50664)
    Cycle   5: species 3 (   0.52823) joins species 11 (   0.33077)
    Cycle   4: node 3 (   0.02159) joins species 5 (   0.45291)
    Cycle   3: node 1 (   0.04444) joins species 12 (   0.45056)
    Cycle   2: species 6 (  -0.21344) joins species 10 (   0.53044)
    Cycle   1: node 1 (   0.04434) joins node 2 (   0.07528)
    last cycle:
     node 1  (   0.00425) joins node 3  (   0.04691) joins node 6  (   0.02209)
 
    Output written on file "outfile"
 
    Tree written on file "outtreefile"
 
    Done.
 
Output file   outfile
 
    Neighbor-Joining/UPGMA method version 3.69.650
 
 
      12 Populations
 
     Neighbor-joining method
 
     Negative branch lengths allowed
 
 
      +-------------------sul       
      ! 
      ! +-------------------------hho       
      ! ! 
      ! !  +--------------------------aae       
      1-2  ! 
      ! !  !        +-------------------------hys       
      ! !  !      +-3 
      ! +--7 +----4 +-----------------pmx       
      !    ! !    ! 
      !    ! !    +-----------------------------hte       
      !    ! ! 
      !    +-9      +------------------------------tal       
      !      !    +-5 
      !      !  +-6 +-------------------saf       
      !      !  ! ! 
      !      +-10 +---------------------------hya       
      !         !  
      !         ! +ttk       
      !         +-8 
      !           +-------------------------------trd       
      ! 
      +------------------------------hth       
 
 
    remember: this is an unrooted tree!
 
    Between        And            Length
    -------        ---            ------
       1          sul             0.33560
       1             2            0.01628
       2          hho             0.43722
       2             7            0.04444
       7          aae             0.45056
       7             9            0.04434
       9             4            0.07528
       4             3            0.01986
       3          hys             0.43466
       3          pmx             0.30034
       4          hte             0.50664
       9            10            0.00425
      10             6            0.04691
       6             5            0.02159
       5          tal             0.52823
       5          saf             0.33077
       6          hya             0.45291
      10             8            0.02209
       8          ttk            -0.21344
       8          trd             0.53044
       1          hth             0.51140
 
 
Output file   outtreefile
 
    (sul:0.33560,(hho:0.43722,(aae:0.45056,(((hys:0.43466,pmx:0.30034):0.01986,
    hte:0.50664):0.07528,(((tal:0.52823,saf:0.33077):0.02159,
    hya:0.45291):0.04691,(ttk:-0.21344,trd:0.53044):0.02209):0.00425):0.04434):0.04444):0.01628,hth:0.51140);

Pour transformer, on peut utiliser awk :

Code :

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awk '(NR==1){print;next;} {printf("%s\t",$1); for (i=2;i<14;i++) printf("%01.3f  ",$i/1000);print "";}' fichier_casse.dat >fichier_bon.dat

[edit]
Après vérification, c'est le 0 qui ne lui plaît pas.
Il veut toujours des nombres à virgule.
Pas besoin de diviser par 1000.
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