Discussion :

[florian]

Bonjour à tous, j'essaie de m'écrire un script pour automatiser un minimum le traitement des données que j'obtient après analyses d'échantillons d'eau de mer (Absorbance des phosphates). Je décrit succinctement mon fichier de départ : Pendant une journée je passe entre 30 et 40 échantillons par paquet de 10/15 (séquence) sur une chaîne d’auto analyse, j'obtient donc une série temporelle (temps écoulé depuis le début d'analyse) présentant des "pics" espacés de 4 min 30s (paramétré) dans une même séquence. Le soucis c'est qu'il y a un effet de matrice entre les passages eau de mer et eau MiliQ (effet schlieren). Bref, en soit les valeurs d'intérêts se trouve sur un plateau juste avant le pic (donc je ne peux pas sélectionner ces valeurs de pics).
(à savoir que sur ce graphe j'ai un point toute les 1200 msec (1.2s))
Bon maintenant ma question : je bloque sur la partie pour extraire les valeurs d'absorbance du plateau, pour cela j'ai pensé à faire une boucle pour trouver tous les points (le long de toute la séquence) qui sur 3/4/5 itérations sont identiques mais en enlevant les valeurs en dessous d'un certains seuils (car retour à la ligne de base 0.000 entre certains échantillons/séquences/ etc.. et qui induit des successions de valeurs égales)

Code :

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n=1;
 
res=[];
k=1;
 
ind = find(C2>0.004);
C3 = C2(ind);
for it = 1:length(C3)   
 
if C3(it) == C3(it+n)
    n = n+1;
    if n == 4
        res(k)= C3(it+n)
    end
 
else
    display ('error') 
end

De ce fait j'aimerais sortir les valeurs dans un vecteur pour pouvoir les extraire. En espérant avoir été clair, je peux bien évidemment donner plus de détails.

J'en demande à votre gentillesse et surtout votre savoir pour m'aiguillez sur une piste ou deux afin que je me creuse la tête et m'aider à corriger ce bout de script ! Si vous avez également des suggestions d'angles d'approches n'hésitez pas.

Amicalement, Florian

[florian]

Re-Bonjour, je tiens à préciser que je recherche seulement un aiguillage pas qu'on m'écrive un script.. Je ne suis pas un expert de Matlab mais j'arrive à me débrouiller seul (sauf dans le cas présent où je ne sais pas dans quelle direction partir). Je tiens également à préciser que j'ai décrit mon travaille pour donner une idée pas pour que quelqu'un fasse le job à ma place... Voilà j'espère qu'avec ces 2/3 précisions une âme charitable me répondra.
cordialement.

[thecrazydonut]

Bonjour,

Un plateau veut dire pas (ou peu) de variation. En langage mathématique, ça veut dire que la dérivée est nulle (ou presque).
Pour calculer la dérivée de façon empirique, tu peux utiliser la fonction diff
Imaginons que tes données d'absorbance sont contenues dans la variable A. Alors peut être que le code suivant pourrait déjà te donner un résultat satisfaisant.

Code :

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seuil=0.01;
id=find(diff(A)<seuil);

avec id l'indice qui satisfait la condition de peu de variation. Pour la valeur du seuil, il faut tester...

[florian]

Bonjour, merci pour votre réponse. J'avais pensé à la dérivé mais je pensais que la dérivé serait nul au niveau de mes pics et donc que ça ne me donnerait pas les valeurs que je veux récupérer. Cependant je vais tester tout de même avec cette méthode. Merci encore

[thecrazydonut]

Si jamais les pics sortent avec une dérivée nulle, alors une autre solution pourrait être de trouver la plus longue séquence de "id" consécutif.

Code :

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id2 = diff(diff(id)==1);
debut = find([true,id>0]);
fin = find([id<0,true])+1;
[~,idx] = max(fin-debut);
debut(idx):fin(idx)

Aussi, puisque tu as l'air d'être motivé pour respecter les règles du forum et écrire des messages clairs, je me permet de te donner un petit conseil. Pour que davantage de personnes lisent le post et pour avoir des réponses rapides, je dirais qu'en général (lorsque c'est possible), il faut ne pas parler du sujet en tant que tel, mais rester dans "l'univers Matlab". En effet, ici le concept d'absorbance n'est pas très utile. Ce que tu veux c'est "détecter un palier sur une série temporelle".

[florian]

Merci pour votre réponse, et également pour vos conseils. Je m'excuse de répondre seulement maintenant mais étant parti pendant 1 mois en mission je n'ai pu vous répondre plus tôt. Merci également pour la piste, je suis entrain de travailler dessus.
Cordialement

[florian]

Du coup après avoir essayé cela à l'air de fonctionner seulement il me reste un petit détail à régler. Tout d'abord j'explique rapidement, j'ai estimé que mon plateau s'étendait sur environ 40 itérations (correspondant à un certain temps) et donc les données que j'obtiens après avoir utilisé votre méthode sont les itérations correspondant aux valeurs dans mon vecteur 'A' de base (celles qui m'intéressent). Seulement certaines ne sont pas "espacé" de 40 itérations et donc j'ai en quelque sorte des doublons (voir plus, jusqu'à 5 fois la même valeur environ) pour un même plateau. J'essaye donc de moyenné les valeurs (dans mon vecteur A) pour toutes les itérations espacé de moins de 40 itérations. Je vous met le petit bout de script que je viens d'écrire (en précisant que je l'ai rapidement fait et donc je vais continuer à chercher et à améliorer).

Code :

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seuil=0;
id =find(diff(C3)~=seuil);
 
id2 = diff(diff(id)==1);
debut = find([id>0],true);
fin = find([true,id'<0])+1;
[~,idx] = max(fin-debut);
debut(idx): fin(idx);
 
B5=find([id2==1]); 
k=40;
for i=[1:5];
    for z=1:175-i;
        for n=1:ncols;
       if abs((B5(z+i,n))-(B5(z,n)))<k;
           B6(z,n)=mean(C3(B5(z:z+i)));
       else
           B6(z,n)=C3(B5(z,n));
       end
        end
    end
end

Je tiens à préciser que le vecteur C3 correspond à mon vecteur A (données d'absorbance brut) lissé, corrigé et nettoyé des valeurs inutiles.