Discussion :

[Alexll7]

Bonjour,

J'essaie d'ouvrir un fichier .mha avec la fonction mha_read_volume de la toolbox "Read Medical Data 3D". Quand j’exécute la commande "V = mha_read_volume('C:\Users\Alex 1\Documents\Stage\TravailPerso\DonneesCoeur\LVENDO.mha')" j'obtiens l'erreur suivante :

« Error using mha_read_volume>zlib_decompress (line 86) Java exception occurred: java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space
at java.util.Arrays.copyOf(Unknown Source)
at java.io.ByteArrayOutputStream.grow(Unknown Source)
at java.io.ByteArrayOutputStream.ensureCapacity(Unknown Source)
at java.io.ByteArrayOutputStream.write(Unknown Source)
at com.mathworks.mlwidgets.io.InterruptibleStreamCopier.copyStream(InterruptibleStreamCopier.java:74)
at com.mathworks.mlwidgets.io.InterruptibleStreamCopier.copyStream(InterruptibleStreamCopier.java:51)
Error in mha_read_volume (line 74) V = zlib_decompress(Z,DataType); »

J'ai testé de régler cela en fouillant les forums. J'ai donc augmenté la mémoire java grâce à HOME>PREFERENCES>GENERAL>JAVA_HEAD_MEMORY ou par la création d'un fichier java.opts, j'ai essayé de changer HOME>PREFERENCES>GENERAL>"Enable MathWorks source control intergation" par "None" mais aucune de ces 2 choses ne fonctionne. Avez vous une autre idée ?

En vous remerciant par avance,

Alexandre

[Jerome Briot]

As-tu essayé avec un fichier mha plus petit ?

[Alexll7]

Oui hélas j'ai testé avec un .mha de seulement 388ko et j'ai exactement la même erreur... Sur 2 ordis différents avec 2 licences matlab différentes d'ailleurs, serait-il possible que ce soit dû aux fichiers .mha eux-mêmes ?
Sinon, aurais-tu une autre idée ?
Merci d'avance,
Alexandre

[Jerome Briot]

Peux-tu nous fournir le fichier de 388 ko ?

Avec quelles versions de MATLAB as-tu testé ?
Voir la FAQ :
Comment trouver le numéro de la version de MATLAB installée sur ma machine ?
Comment savoir si ma machine est une architecture 32 bits ou 64 bits ?

[Alexll7]

J'ai une erreur quand j'essaie de l'uploader en pièce jointe (alors que j'ai essayé avec une simple photo et ça marche, le .mha ne doit pas être accepté...?), je te l'envoie donc par FileSender (outil développé par le Réseau National de télécommunications pour la Technologie, l'Enseignement et la Recherche) : https://filesender.renater.fr/?s=dow...9-49cda519776e.

Sinon j'ai testé sur 2 PCs avec une architecture 64 bits, l'un avec Matlab2016a (9.0.0.341360) et l'autre avec Matlab2016b (9.1.0.441655).

Merci d'avance,

Alexandre

[Alexll7]

Et, pour info, j'ai pu ouvrir les fichiers .mha sur MedInria donc ils ne semblent pas avoir de problèmes quelconques

[Jerome Briot]

J'arrive bien à lire le fichier en augmentation la mémoire Java.

As-tu bien redémarré MATLAB à chaque fois que tu modifies ce paramètre ?

[Alexll7]

En effet je n'avais pas checké spécifiquement ce .mha là en fait (qui est le plus petit). Celui là, en mettant la mémoire java au max, j'arrive à l'ouvrir.
Par contre, dès 570ko par exemple (ce fichier : https://filesender.renater.fr/?s=dow...3-3d110fc72968), même avec la mémoire java au max je n'arrive pas à l'ouvrir...
Mais du coup, il n'y a peut être aucune solution.
Arrives tu à lire ce fichier de ton côté ?

Merci d'avance,

Alexandre

[Jerome Briot]

Je peux lire ce fichier en montant la mémoire à 1300 MB

Quelle est la valeur maximale que tu peux définir ?
Ne travaillerais-tu pas avec une version 32bits de MATLAB ?

Que renvoi ceci ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

computer

[Alexll7]

Ah... Je ne peux monter qu'à 1006Mb de mon côté.
Et je suis bien en version 64 bits, computer me renvoie "PCWIN64"
1300Mb c'est le minimum que tu dois mettre pour le lire ?

[Alexll7]

J'ai trouvé un autre ordi où je peux monter la mémoire à 16360Mb, j'ai donc pu tout ouvrir même le fichier .mha de 265Mo.
Du coup, c'est bon pour moi même si, sur mon ordi perso, je suis très limité pour l'ouverture des .mha. Ca ne semble pas être un problème et bien provenir seulement d'un manque de mémoire Java.
En tout cas, merci pour tout !
Bonne journée,

Alexandre

[Jerome Briot]

Quelle version de Windows utilises-tu ?

Que renvoi ceci dans MATLAB ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

version -java

[Alexll7]

Je suis sous Windows 8.1 et j'ai :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
>> version -java
 
ans =
 
Java 1.7.0_60-b19 with Oracle Corporation Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM mixed mode

[Jerome Briot]

Quelle est la quantité de mémoire RAM présente sur l'ordinateur ?

Normalement 4Go puisque MATLAB semble utiliser le ratio 1/4 pour déterminer automatiquement la quantité maximale de mémoire Java
Voir ici : https://fr.mathworks.com/matlabcentr...#answer_134142

Tu devrais pouvoir dépasser cette limite en éditant le fichier de préférence de MATLAB
Essaie d'ajouter JavaMemHeapMax=I1300 à la fin du fichier et redémarre MATLAB
Voir ici : https://fr.mathworks.com/matlabcentr...#answer_265238

[Alexll7]

En effet j'ai bien 4 Go de RAM.
Et en éditant le fichier de préférence, j'arrive bien à lire le .mha que je t'avais envoyé ! (par contre je dois monter à 1400 et non à 1300)
Merci beaucoup pour cette astuce de changer directement dans le fichier de préférence pour dépasser la limite, je ne l'avais vu nulle part ailleurs.
Merci pour tout,

Très bonne journée à toi,

Alexandre