Les PGI ne sont cependant pas exempts d'inconvénients :
La mise en œuvre peut s'avérer complexe si le périmètre fonctionnel est mal déterminé ou trop mouvant ou le projet mal piloté ;
coût élevé et pouvant rapidement augmenter en fonction de l'industrie et de la complexité du projet.
Par exemple, l'entreprise Dow Chemical, spécialisée dans la fabrications de produits chimiques, a dépensé 500 millions de dollars et passé sept ans à implémenter un logiciel d'ERP qui s'est révélé obsolète avant même de pouvoir être exploité.
L'option fonctionnellement riche des solutions de logiciels libres si elle réduit les coûts de licence, ne supprime pas les coûts d'accompagnement et de formation. Le paramètre coût est également fonction de la lourdeur et de la rigidité de mise en œuvre de l'outil qui peuvent être accrues par les difficultés de son appropriation par les utilisateurs.
De telles difficultés peuvent même, à terme, conduire à la faillite de l'entreprise concernée.
À la fin des années 1990, l'entreprise FoxMeyer Drug Corp a accusé le groupe SAP de l'avoir conduite à la faillite à cause des dépenses engendrées et des difficultés rencontrées par l'implémentation de leur PGI9.
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