Discussion :

[Anne-Sophie55]

Bonjour,
J'utilise la version R 3.5.1 et le package Adegenet.

Je convertis un object GenInd en GenLight pour pouvoir mettre les positions de mes SNPs. Mais justement je n'arrive pas à les integrer.

J'ai un fichier avec les valeurs des SNPs (Mydata) : ex :
SNP1 SNP2 SNP3
Gen1 AA AG TT
Gen2 AT GG TA
Gen3 TT AG TT

Et j'ai un fichier avec la position de chaque SNP (listSNP): ex:
SNP Chromosome Position
SNP1 2 456
SNP2 5 10000
SNP3 7 1000000

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
datachromosome <-(listSNP$chromosome) 
Mydata1 <- new("genlight",Mydata)
Mydata1@chromosome <-datachromosome

Mais ça ne marche pas. Pouvez-vous m'aider ?

[A. D.]

Mais ça ne marche pas. Pouvez-vous m'aider ?

=> C'est-à-dire ? Vous obtenez un message d'erreur ? Les données ne sont pas dans le format attendu ?

L'idéal serait de fournir un exemple minimal qui permet de reproduire l'erreur. Merci.


Cordialement,


A.D.

[Anne-Sophie55]

Je ne reçois pas de message d'erreur mais ceci

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
Mydata3$chromosome
NULL

[A. D.]

Bonjour,

Si vous souhaitez que quelqu'un puisse vous aider, il va falloir fournir plus d'informations.
Par exemple, là vous indiquez un élément appelé "Mydata3" alors qu'il n'existe pas dans votre message initial...
L'idéal serait de fournir un exemple minimal reproductible.


Cordialement,


A.D.