Discussion :

[elouet]

salut, j'ai une petite question
je suis fait l'analyses de données que j'ai collecter et malheureusement je doit me planter quelque part parce je n'arrive pas a faire un test de tukey, ou plutôt ça me donne un output assez étrange.

mes données:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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   ind    2.5nm       5nm     7.5nM      10nM      15nM
1  1.2 5.727353  6.349803  8.672253  9.886538 11.435773
2  5.0 1.425350  2.560601  4.178350  7.046492 13.157040
3  7.0 2.647176  3.193655  4.301247  4.110901  5.438107
4 11.0 6.869915 11.311770  8.126716  8.820812 12.309390
5 14.0 5.607382  5.427680  6.670416 13.697630 14.216160
6 17.0 7.881724  9.585309  8.467050  8.720872 10.163420
7 20.0 8.601200  9.710629 15.457800 24.379480 16.136160

mes commandes pour l'ANOVA:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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X_new <- data.frame(CLR["ind"],stack(CLR, select = -c(ind)))
colnames(X_new)<-c("ind","values","concentration")
X_new$ind<-as.factor(X_new$ind)
CLR.aov <- aov(X_new$values ~ X_new$concentration + X_new$ind) 
summary(CLR.aov)

l'output des stats

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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                               Df Sum Sq Mean Sq F value   Pr(>F)    
X_new$concentration   4  201.1   50.28   6.889 0.000767 ***
X_new$ind                 6   353.3   58.89   8.069 7.71e-05 ***
Residuals                   24  175.2    7.30                     
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

la commande pour le tukey:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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posthocCLR <- TukeyHSD(CLR.aov, 'X_new$concentration', conf.level=0.95)
summary(posthocCLR)

Le dit output étrange:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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                               Length Class  Mode   
X_new$concentration 40     -none- numeric

je ne comprend pas trop pourquoi ça marche pas ou ce que fait faux .....
merci d'avance !!!

[tototode]

Bonjour,

rien n'est "Faux", tu aurais pu faire plus simple mais tu as bien tous tes résultats. La seule chose c'est qu'il n'y a pas de fonction summary propre à la fonction TukeyHSD, que les résultats sont déjà dans l'objet posthocCLR et que tu n'as plus qu'à taper : posthocCLR et tu les auras. Tout ça est détaillé dans les exemples de l'aide de la fonction TukeyHSD.

cdlt