Discussion :

[Patricia OBEID]

Bonjour,
Je fais appel à vous car je ne sais pas comment écrire ce que je souhaite faire ...
J'ai un dataframe contenant les données pour des analyses faites sur 2 gènes (SREBF et FADS2) avec 3 types de traitement (NT, TA et TB).
J'ai deux colonnes de résultats "DeltaCt" et "DCtMoy".
Chaque traitement a été analysé 3 fois.
Je voudrais faire la soustraction pour chaque gène de la valeurs DCtMoy de l'échantillon "NT" unique de ce gène.
Dans le df joint, cela correspondrait à oter 7.451 aux 9 premières lignes puis 4.128 aux 9 lignes suivantes.
Je cherche donc à écrire :
df$DDeltaCt <- df$DeltaCt - (dfDCtRefMoy du traitement NT du gène considéré)
mais je ne trouve pas la bonne syntaxe ... :-(

Voici donc mon dataframe ;

Code :

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df<- structure(list(Samples2 = c("NT", "NT", "NT", "TA", "TA", "TA", 
"TB", "TB", "TB", "NT", "NT", "NT", "TA", "TA", "TA", "TB", "TB", 
"TB"), TheGene = c("SREBF", "SREBF", "SREBF", "SREBF", "SREBF", 
"SREBF", "SREBF", "SREBF", "SREBF", "FADS2", "FADS2", "FADS2", 
"FADS2", "FADS2", "FADS2", "FADS2", "FADS2", "FADS2"), DeltaCt = c(7.48, 
7.52, 7.355, 8.2, 8.09, 8.35, 7.875, 7.66, 7.745, 4.35, 4.045, 
3.99, 4.44, 4.285, 4.44, 3.975, 3.93, 3.95), DCtMoy = c(7.451666667, 
7.451666667, 7.451666667, 8.213333333, 8.213333333, 8.213333333, 
7.76, 7.76, 7.76, 4.128333333, 4.128333333, 4.128333333, 4.388333333, 
4.388333333, 4.388333333, 3.951666667, 3.951666667, 3.951666667
)), .Names = c("Samples2", "TheGene", "DeltaCt", "DCtMoy"), class = "data.frame", row.names = c(NA, 
-18L))

Je vous remercie d'avance de l'aide et des conseils que vous pourrez me donner.
Patricia

[A. D.]

Bonjour,

Si j'ai bien compris votre problématique, voici une possibilité :

Code :

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library(dplyr)
 
df %>% group_by(TheGene) %>% mutate(DDeltaCt= DeltaCt - first(DCtMoy))

HTH


Cordialement,


A.D.

[Patricia OBEID]

Bonjour,
merci pour votre proposition que j'ai testée ce matin.
Après quelques adaptations, j'obtiens un DDeltaCt mais sous forme de "tibble" !?
Je ne connais pas ce format et je ne sais pas comment récupérer les valeurs de la colonne DDeltaCt pour compléter mon df existant.
Une piste à me donner ?
Merci d'avance,
Patricia

[A. D.]

Bonjour,

Le format "tibble" est celui lié au package "dplyr". Vous pouvez accéder à une colonne donnée comme dans le cas d'un dataframe, par exemple :

Code :

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D <- df %>% group_by(TheGene) %>% mutate(DDeltaCt= DeltaCt - first(DCtMoy))
 
D$DDeltaCt

Sinon, vous pouvez aussi faire :

Code :

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D <- as.data.frame(D)

Cordialement,


A.D.

[Patricia OBEID]

Merci beaucoup
Patricia