Base de données botanique

**AlexandreR31** · 05/02/2018, 21h48

Bonjour à tous,

Je dois monter une base de données pour un protocole floristique puis faire une interface web pour faciliter la saisie (au bureau ou sur smartphone).

Voici le protocole :

- c’est un échantillonnage qui a lieu en France métropolitaine, où il y a une dizaine de transects par départements en moyenne.
- chaque transects possède 10 points référencés géographiquement et espacés de 100m
- les transects sont en fait la liaison entre les points. Ainsi pour le transect 123, il y a 10 points notés 123_1 , 123_2 , 123_3 , … , 123_10.
- sur chacun de ces points, le technicien doit dénombrer le nombre d’individus par espèces (dans un rayon de 5m)
- il y a environ une vingtaine d’espèces actuellement
- le technicien doit dénombrer pour chaque espèce le nombre de tiges (plantules, arbustes) et le nombre de graines au sol.
- il y a 4 passages par an
- sachant que pour chacun des passages et/ou années, on applique un filtre pour dénombrer (ou pas) certaines espèces (via une colonne avec des booléens à côté de chaque espèce)
- la date et l’heure de description du point est enregistrée.

Actuellement, les techniciens prennent les notes sur une feuille (avec un tableau) puis les saisissent dans une base Access.

Nous aimerions passer le tout sur une base Postgresql pour pouvoir avoir une interface géographique (on pense soit via un websig, soit via QGis)

Voici le résumé des étapes qu’on envisage :

Pour faciliter la saisie, il faudrait que le technicien au moment de sa saisie, commence d’abord par renseigner les éléments liés au transect (matérialisé par l’association de 10 points)

son nom et prénom
son organisme et son département
la date et l’heure du 1er relevé
et le numéro de la route

Ensuite, pour chacun des 10 points,

il faut qu’il recherche le point, qu’il clique dessus
puis qu’il enregistre l’heure du relevé (jusqu’à maintenant, on ne le faisait pas)
puis en face le nom de chaque espèces précise le nombre de tiges et le nombre de graines

Sachant que pour chaque point, il faut que les renseignements du transect soient associés aux points.

À terme, on aimerait que le technicien puisse pointer l’emplacement exact des points (via une photo aérienne très précise).

J’essai de faire le MCD, mais je n’y arrive pas.

- je ne vois pas comment faire pour toute les informations descriptives du transect soient enregistrée et associée aux différents points alors que le technicien devra cliquer sur le point pour avoir le formulaire de saisie (vu que ce sera un websig)
- pour que mon formulaire soit dynamique et contienne la liste d’espèce et le nombre d’individus à côté, est ce que je dois faire une table avec le nom des espèces comme champs ou une table à part entière avec la liste de mes espèces que j’appele.
- connaissez vous des protocoles similaires sur lesquels je pourrais me baser pour construire ma base de données et mon mcd ?

Merci,

Alex

**fsmrel** · 06/02/2018, 03h45

Bienvenue Alex,

Parler de botanique, voilà qui nous change de la prise de commandes...

Mais, précisons que le MCD décrit le QUOI et absolument pas le COMMENT. Qu’un technicien « recherche le point, qu’il clique dessus » ne relève manifestement pas du QUOI, ça ne concerne pas le MCD, c’est le genre de phrase à gommer.

Prenez l’habitude de formuler les règles de gestion des données en ce sens, voyez par exemple la discussion Société d’audiovisuel, dans laquelle delarita attaque par le bon bout, en énonçant bille en tête les règles de gestion des données, quitte à ce que celles-ci soient affinées et évoluent au fil de la discussion...

Soyez attentif à ne pas rendre perplexe le lecteur, lequel peut être confronté à des ambiguïtés : quand vous écrivez « la date et l’heure de description du point est enregistrée. » il est probable que cette description concerne directement non pas un point, mais un passage...

je vous laisse méditer sur le MCD qui suit (réalisé avec DB-MAIN, voyez ici), le commenter, voire le contester. Il s’agit seulement ici de mettre en place un objet de discussion.

Et surtout, fournissez le catalogue des règles de gestion des données.

Si le MCD merisien vous désarçonne, on peu revoir tout ça dans un contexte du niveau d’en dessous, avec MySQL Workbench.

Traduction en SQL, faite par DB-MAIN :

Code SQL :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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create table TECHNICIEN (
     TechnicienId numeric(5) not null,
     TechnicienNom varchar(64) not null,
     TecnicienPrenom varchar(64) not null,
     constraint Technicien_PK primary key (TechnicienId));
 
create table ESPECE (
     EspeceId numeric(5) not null,
     EspeceNom varchar(64) not null,
     constraint Espece_PK primary key (EspeceId));
 
create table DEPARTEMENT (
     DepartementId numeric(3) not null,
     DepartementNo char(3) not null,
     DepartementNom varchar(64) not null,
     constraint Departement_PK primary key (DepartementId));
     constraint Departement_No unique (DepartementNo),
 
create table TRANSECT (
     TransectId numeric(5) not null,
     TransectNom varchar(64) not null,
     DepartementId numeric(3) not null,
     constraint Transect_PK primary key (TransectId));
 
create table POINT (
     TransectId numeric(5) not null,
     PointId numeric(5) not null,
     Coordonnees char(32) not null,
     constraint Point_PK primary key (TransectId, PointId));
 
create table PASSAGE (
     TransectId numeric(5) not null,
     PointId numeric(5) not null,
     PassageId numeric(5) not null,
     PassageDate date not null,
     PassageHeure numeric(5) not null,
     TechnicienId numeric(5) not null,
     constraint Passage_PK_ID primary key (TransectId, PointId, PassageId));
 
create table COMPTAGE (
     TransectId numeric(5) not null,
     PointId numeric(5) not null,
     PassageId numeric(5) not null,
     EspeceId numeric(5) not null,
     NbTiges numeric(5) not null,
     NbGraines char(1) not null,
     constraint Comptage_PK primary key (TransectId, PointId, PassageId, EspeceId));
 
alter table TRANSECT add constraint Transect_Departement_FK
     foreign key (DepartementId)
     references DEPARTEMENT;
 
alter table POINT add constraint Point_Transect_FK
     foreign key (TransectId)
     references TRANSECT;
 
alter table PASSAGE add constraint Passage_Point_PK
     foreign key (TransectId, PointId)
     references POINT;
 
alter table PASSAGE add constraint Passage_Technicien_FK
     foreign key (TechnicienId)
     references TECHNICIEN;
 
alter table COMPTAGE add constraint Comptage_Passage_FK
     foreign key (TransectId, PointId, PassageId)
     references PASSAGE;
 
alter table COMPTAGE add constraint Comptage_Espece_FK
     foreign key (EspeceId)
     references ESPECE;

A suivre...

**AlexandreR31** · 06/02/2018, 10h32

Bonjour fsmrel,

Merci beaucoup pour cette réponse et ces informations détaillées.
Donc vous confirmez bien que la base de donnée doit être conçue sans forcément tenir compte des exigences de la solution utilisée pour la consulter ou l'alimenter. Car c'est ce qu'on m'avait dit, et je trouve pas ça très logique.
Je prend le temps de regarder votre réponse et amènerait des détails.

MErci

**escartefigue** · 06/02/2018, 13h32

Au niveau conceptuel la réponse est clairement oui, peut importe le "comment" pour établir le MCD
Au niveau logique et physique, ce n'est pas la même chose

**fsmrel** · 06/02/2018, 14h59

Dans un MCD on tient toujours comptes des exigences ressortissant uniquement aux données ! (structure, intégrité des données). Après traduction (automatique) du MCD en MLD puis en script SQL (pour satisfaire le SGBD, disons PostgreSQL), au moyen du langage relationnel (SQL en l’occurrence), on doit pouvoir interroger (et mettre à jour) la base de données.

Par exemple :

— Quels sont les points appartenant au transect tr1 ?
— A quel transect appartient le point pt1 ?

L’association PT_TRAN permet de répondre à ces questions.

le script SQL pourra être aménagé du fait des considérations techniques : prise en compte par exemple de l’interface graphique, c'est-à-dire mise en conformité de l’attribut Coordonnees de l’entité-type POINT (le type de cet attribut n’est actuellement là qu’à titre purement symbolique). Je ne connais rien aux interfaces géographiques, mais je serais étonné que l’impact d’un tel interface soit important sur la modélisation : il s’agit après tout d’avoir un point d’entrée dans la base de données, et seule l’entité-type POINT (ou plutôt la table SQL POINT) est concernée.

Si le technicien te1 clique sur un point en particulier (disons pt1) en fournissant les coordonnées (disons co1) de ce point, le système est à même de créer un passage pa1 : l’association PAS_PT permet de rattacher le passage pa1 au point pt1, et l’association PAS_TEC permet de rattacher le passage pa1 au technicien te1.

Si on veut savoir combien on a compté de tiges de l’espèce es1 pour le transect tr1, pas de problème. Sont parties prenantes : l’entité-type TRANSECT, l’association PT_TRAN, l’entité-type POINT, l’association PAS_PT, l’entité-type PASSAGE, l’association COMPTAGE, l’entité-type ESPECE.

Qu’est-ce que tout cela a d’illogique ?

Si on ne peut pas satisfaire telle requête (pertinente) d’interrogation, alors il faudra faire évoluer le MCD, mais sans avoir à remettre en cause l’édifice (sinon c’est que la conception est biaisée, foireuse dès le départ !)

Question : qu’entendez-vous

— Par « le nombre d’individus à côté » ?

— Par « route » ? Est-ce l’arbre qui cache la forêt ?

**AlexandreR31** · 14/02/2018, 18h13

Bonsoir,
Merci pour votre aide*!
Fsmrel est-il possible d’avoir l’article sur la normalisation dont delarita fait référence*?

Je précise un peu mieux ma demande du coup*:
Protocole actuel*:
Un technicien appartient à une ou plusieurs structures (association, entreprise), sachant qu’il peut en changer (d’où date_structure dans l’association TECHNICIEN_STRUCTURE)
Le ou les technicien(s) font un passage qui est décrit par une date, une heure de début, et qui sera validé plus tard.
Le Technicien se positionne sur un point (positionné grâce à un point GPS)
Sur ce point il compte le nombre de tiges et de graines pour chaque espèce (dont la liste est issue du référentiel Taxref)
Il fait cela sur 10 points à chaque sortie. Ces 10 points constituent un transect (qui appartient à un département).
Voici le MCD que j’ai fait*:
Nom : MCD_Appli_Bota1.jpg
Affichages : 983
Taille : 190,7 Ko

Nom : MCD_Appli_Bota1.jpg
Affichages : 983
Taille : 190,7 Ko

Évolution du protocole:
Nous aimerions que chaque tige ou graine soit positionnée géographiquement, mais qu’elle soit rattachée tout de même au numéro du point. Est ce qu’il suffie de rajouter la geométrie dans la relation COMPTAGE du coup*?

Merci pour votre aide.

**escartefigue** · 14/02/2018, 19h40

Bonsoir,

Il manque des règles de gestion pour pouvoir valider l'ensemble du modèle, notamment la partie basse du schema.

Quelques remarques en vrac :
Typage des données
Veillez à utiliser les types adaptés, une heure doit être de type time ou timestamp surtout pas du varchar, une coordonnée spatiale doit être de type spatial

Clefs étrangères
Elles n'ont rien à faire dans le modèle conceptuel
Conceptuellement, un transept possède ses attributs propres et est identifié de façon certaine et unique par son identifiant propre, rien d'autre.
Les clefs étrangères n'apparaissent qu'au niveau tabulaire, la génération du MLD à partir du MCD s’occupera de ces considérations automatiquement si vous utilisez un logiciel de modélisation

Et aussi, la relation "comptage" (l'usage est généralement de nommer les associations par des verbes à l'infinitif), est peu évolutive
vous auriez pu banaliser le comptage en modélisant comme suit
PASSAGE 1,n --- compter --- 0,n ELEMENT 1,1 --- typer --- 0,n TYPE_ELEMENT
ESPECE 1,n --- posseder -------1,1-┘

Le type d'élément pouvant être graine, feuille, racine, tige, bourgeon, etc...

**AlexandreR31** · 15/02/2018, 11h18

Bonjour,

Merci escartefigue pour les retours.
J'en ai tenu compte, en fait, j'utilise JMerise, et il n'y a pas de format spatial, c'est pour ça que j'ai mis en varchar, mais je changerais au moment de la génération du script.
voici donc une nouvelle version du MCD, est ce que ça vous semble correct et cohérent?
Nom : MCD_Appli_Bota2.jpg
Affichages : 997
Taille : 149,1 Ko

Nom : MCD_Appli_Bota2.jpg
Affichages : 997
Taille : 149,1 Ko

Merci

**escartefigue** · 15/02/2018, 12h29

Dans ma réponse précédente, je proposais de typer les éléments

Le but de la manoeuvre est de rendre le modèle de données aussi indépendant que possible des évolutions futures.
Si demain il faut non seulement compter les tiges et les graines, mais aussi les racines, bourgeons ou tout autre fragment végétal, il suffit de créer le nouveau type dans la table "type élément" et d'ajouter une occurrence dans la table "élément"
Pour respecter cette modélisation, il faut donc un seul attribut "nombre_élément" et non plus autant de nombres que de types d'élément dans la table élément

EDIT : vous avez oublié d'enlever la FK dans l'entité-type "POINT"

**AlexandreR31** · 15/02/2018, 15h10

Merci escartefigue, j'avais en effet zappé cette partie de message.
Voici une nouvelle version:
Nom : MCD_Appli_Bota3.jpg
Affichages : 917
Taille : 141,5 Ko

Nom : MCD_Appli_Bota3.jpg
Affichages : 917
Taille : 141,5 Ko

du coup, avec ce type de Modélisation, j'arriverais bien à renseigner les emplacements de mes différentes espèces et les différents éléments?

**escartefigue** · 15/02/2018, 16h47

L'entité-type "TYPE_ELEMENT" ne doit pas contenir deux attributs tiges et graine, mais les attributs (exemple) :
EL_id integer (PK), EL_code char(4), EL_libellé varchar(128), etc...
Dans les tables, vous aurez par exemple pour ces 3 colonnes
1, TIGE, tige
2, GRNE, graine
3, BRGN, bourgeon
4, RACN, racine
etc...

**fsmrel** · 15/02/2018, 19h43

Bonsoir Alex,

J’ai plusieurs fers au feu, je regarderai donc un peu plus tard votre MCD et vos échanges avec escartefigue.

Concernant l’article sur la normalisation, c’est ici.

A bientôt j’espère !

**fsmrel** · 16/02/2018, 03h00

A partir de votre MCD, on peut dire que pour le passage pa1, daté da1 à l’heure ha1, participèrent les techniciens te1, te2, te3. Est-ce exact ? Merci de préciser la règle de gestion des données (à l’instar de delarita, numérotez les règles, l’exercice est fastidieux, mais un jour vous vous féliciterez d’avoir pris cette précaution).

Envoyé par AlexandreR31

Un technicien appartient à une ou plusieurs structures (association, entreprise), sachant qu’il peut en changer (d’où date structure dans l’association TECHNICIEN_STRUCTURE)

il y a là un début de règle de gestion des données, mais à compléter : au même instant, un technicien peut-il être dans plus d’une structure ?

Envoyé par AlexandreR31

Le ou les technicien(s) font un passage qui est décrit par une date, une heure de début, et qui sera validé plus tard.

Plusieurs techniciens peuvent faire équipe pour effectuer un passage donné ?

Envoyé par AlexandreR31

Il fait cela sur 10 points à chaque sortie

Sortie et Passage sont-ils synonymes ? Tournée pourrait-il aussi convenir ? Qu’en est-il de Route ?

Selon le MCD, un passage concerne au moins un point : Le passage pa1 peut donc concerner les points pt1, pt2, pt3, mais alors pourquoi pas tous les points du transect ? Quelle est la règle de gestion des données (si elle existe...) ?

Mais bon, supposons que le passage pa1 concerne seulement les points pt1, pt2, pt3. Ce passage a eu lieu à la date da1 et à l’heure ha1. Cet instant vaut pour les 3 points, lesquels sont espacés d’une centaine de mètres. L’équipe de techniciens arrive-elle à faire ses relevés dans les 3 points en même temps ? Même en se répartissant les tâches travaillant chacun sur un point différent ? Merci de nous raconter sous forme d’une petite histoire ce que vit cette équipe à cet instant, au grand air.

Envoyé par AlexandreR31

Nous aimerions que chaque tige ou graine soit positionnée géographiquement, mais qu’elle soit rattachée tout de même au numéro du point. Est ce qu’il suffit de rajouter la géométrie dans la relation COMPTAGE du coup ?

L’ajout de la géométrie dans COMPTAGE revient à une redondance déguisée (et à l’individualisation des graines et tiges, contrairement à ce que l’on a pu comprendre au début de la discussion) : le défi est de trouver un moyen de rattacher un élément (sans individualisation) à son (ses) point(s) et en connaître ainsi les coordonnées. Je vois 2 solutions (escartefigue en a peut-être d’autres...) :

(1) Transformer l’association EST_SUR en entité-type et établir l’association COMPTAGE entre ELEMENT et EST_SUR :

Pour une occurrence de ELEMENT, on a n occurrences de COMPTAGE, et une occurrence de COMPTAGE détermine une occurrence de EST_SUR, laquelle détermine une occurrence de POINT, et une occurrence de PASSAGE. On sait donc compter les éléments pout un passage dans un point donnés et on sait quel est ce point, avec ses coordonnées.

(2) Associer un passage à un seul point.

(3) On remet tout à plat, avec des règles de gestion en béton, avant de modéliser...
____________________________

Vous avez fait figurer un attribut Nombre_element dans l’entité-type ELEMENT : Que dénombrez-vous ici ? Certainement pas les éléments par point ou par passage. Mais selon les 2 scénarios ci-dessus, on vient de voir qu’on était en mesure de le faire :

Pour une paire d’occurrences {ELEMENT, EST_SUR} (ou {ELEMENT, PASSAGE} selon le scénario), on a m occurrences de COMPTAGE : m est le nombre d’éléments comptés.

Je compte sur escartefigue pour vérifier si je suis pas à côté de la plaque (ou encore si JPHi33 ou autre bonne âme passe dans le coin...)

**escartefigue** · 16/02/2018, 08h43

Tout à fait d'accord avec les remarques de FSMRel, dommage je ne vois pas les images attachées

**fsmrel** · 16/02/2018, 13h31

Ave Capitaine,

J'ai remplacé http par https, cela a-t-il un effet ?

**escartefigue** · 16/02/2018, 15h30

Toujours pas

peut être un bug local, par contre je vois bien les schémas postés par AlexandreR31 ...
bizarre

**fsmrel** · 16/02/2018, 16h44

Ça craint...

Je n’utilise pas la balise ATTACH, mais la balise IMG, depuis toujours...

Est-ce que tu vois encore les images de mes messages d’antan ? Par exemple dans le message :

https://www.developpez.net/forums/d1...n-materiel/#10

Les images de mes articles ?

http://fsmrel.developpez.com/basesre...normalisation/

http://fsmrel.developpez.com/basesre...les/workbench/

Celles de mes billets (blog) ?

Celle de ma 1re réponse à Alex ? https://www.developpez.net/forums/d1...s-botanique/#2

Peux-tu accéder directement aux images :
http://www.fsmwarden.com/developpez_...R31_mcd_v2.png
http://www.fsmwarden.com/developpez_...R31_mcd_v3.png

Il faudrait voir si un garçon sérieux, genre CinePhil a le même problème...

**Oishiiii** · 16/02/2018, 17h30

Bonjour à tous,

De mon côté les images s'affichent bien.

**escartefigue** · 16/02/2018, 18h57

Bon ben de chez moi toutes les images passent

Ouf

**fsmrel** · 16/02/2018, 19h34

Envoyé par escartefigue

Bon ben de chez moi toutes les images passent

Ouf

Je dirais même plus : Ouf ! Peut-être as-tu au bureau un bloqueur de sites a priori non respectables, du genre fsmwarden.com ?

Envoyé par Oishiiii

De mon côté les images s'affichent bien.

Merci, et quel plaisir de revoir l’excellent Oishiiii !

J’ai retrouvé « le message » qui a mis fin aux berlues d’Alzheimer, c’est du grand Oishiiii, ça mérite quand même plus que 2 pouces verts...

Les enfants, allez plusser Oishiiii !

Base de données botanique

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