Discussion :

[ruswal]

Bonjour,

Je fais un cluster par la méthode de Ward, puis une ACP. J'aimerais colorier les individus selon leur appartenance à leur classe sur le plot de l'ACP. Je m'explique

J'utilise les données protein du package PCAmixdata

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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library(PCAmixdata) 
data(protein)

Ensuite je standardise les données

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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n <- nrow(protein)
Z <- sweep(protein,2,STATS=colMeans(protein),FUN="-")
Z <- sweep(Z,2,STATS=apply(Z,2,sd)*sqrt((n-1)/n),FUN="/") # Z is the standardized data.frame

Ensuite une partition en 5 clusters

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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D <- dist(Z)
tree <- hclust(D^2/(2*n),method="ward.D")
 
P5 <- cutree(tree,k=5) 
P5 <- as.factor(P5)

Ensuite une ACP

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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library(FactoMineR)
res <- PCA(data.frame(P5,protein),quali.sup=1,graph=FALSE)

Je veux obtenir le graphique suivant



J'ai essayé un plot(res, col =) mais ça ne colorie pas les observations selon leur cluster.

EDIT : ne pas tenir compte de la deuxième image, je n'arrive pas à la supprimer

Comment faire ?

[faubry]

Il faut utiliser l'argument 'habillage' du plot.

[ruswal]

Effectivement. Il fallait écrire

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

plot(res, habillage = "P5")

Merci de ton aide. Résolu

[ruswal]

En fait j'ai un petit souci. Il y a le numéro des clusters qui apparaît aussi sur le graphe.
J'obtiens ceci (ce n'est pas les données d'avant). J'ai entouré ce que je ne souhaite pas voir



Je veux obtenir ça