Discussion :

[perlaud]

Salut,

j'ai un bout de code qui me permet de lire un fichier fasta et de séparer la séquence du commentaire:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
 
  while(<IN>) ## tant que le fichier IN est parcouru
      {
        chomp; # si saut de ligne on le supprime
        if (/^>(\S+)\s?.*$/) # si ca commence par un chevron, on ne prend pas le chevron et on ne prends que le premier mot qui est avant l'espace
          {
            if ($hdr eq '' and $comment eq '') { ## si $hdr et si $comment sont "vides 
              $comment = $1; ## $comment = ce qui est dans la première parenthèse de l'expression régulière
              ## donc = (\S+) c'est-à-dire tout ce qui est après le chavron et qui (n'est pas un espace) est avant l'espace
              next; } ## provoque la fin de l'execution du bloc 
 
            $hdr = $1;
            last; ## provoque la fin de la boucle, ni l'increment ni le test ne sont effectues
          }
 
        if ($hdr ne '' and $comment eq '') { ## si $hdr n'est pas "vide" et si $comment est "vides 
          $comment = $hdr; }
        $sequence .= $_; ## concatenation des lignes lues 
      }
 
    if ($comment eq '' and $sequence eq '') {
      last; } # si c'est la fin du fichier c'est-a-dire que la ligne lue est vide
  }

Voici les deux types de fichier que je peux entrer :
soit le fichier ne comprends qu'une seule sequence :

[EDITE PAR CHOUPI, sequence trop longue ! voir MP]

Donc ca marche très bien si j'entre les noms des fichiers en lignes de commandes, mais maintenant, j'aimerai ne plus avoir à entrer le fichier et pouvoir saisir directement la sequence en format FASTA dans mon terminal.

Mon problème est que je n'arrive pas à trouver de condition de sortie de ma boucle : j'ai remplacer

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

  while(<IN>)

par

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

  while(<STDIN>)

mais bien sûr ça ne marche pas car cela me fait taper une infinité de fois sur entrée et la suite du programme n'apparait pas.

logique! <STDIN> n'est pas une condition de sortie de ma boucle....
Mais je ne voitt pas comment faire......!

Merci

[Jedai]

tu mets un last if m/^$/; au début de ta boucle.

--
Jedai

[perlaud]

je comprends ce que tu veux dire par

last if m/^$/;

c'est-à-dire sort de la boucle si ca commence par une fin de chaine
mais je ne sais pas comment l'incorporer dans la boucle, de plus je crois que je dois rajouter des accolades?

Merci

[Arioch]

Relis ce que Jedai t'as indiqué... Tu le mets en début de ta boucle (juste en dessous du while).