Discussion :

[Haache]

Bonjour
J'ai un problème et je sais que j'aurai la solution ici parce que vous êtes très forts.
Bref j'utilise des codes C++ en R pour optimiser le temps d'exécution de mes programmes. J'ai premièrement utiliser Rcpp avec RcppArmadillo pour améliorer une fonction que j'ai créée sous R. La fonction permet de faire un bootstrap. Lorsque j'ai créé la version C++ que j'ai utilisé en R, le temps d'exécution du programme à été divisé par 16 (Ah oui c'est beaucoup). Donc si mon code R faisait 16 heures, C++ me permet de le ramener à 1h. Je vous invite à jeter un coup d’œil au programme que j'ai posté sur mon siteweb personnel.

Maintenant je veux utiliser les packages dans mes fonctions C++. Dans mes recherches j'ai découvert que je dois utiliser une autre bibliothèque C++ qui est RInside.h. Mais j'ai une erreur quand je la charge.



J'ai fait plusieurs recherches sans solution. J'ai installé Rtools sur la racine C:\. J'ai la dernière version de R que j'utilise via la dernière version de RStudio. J'ai les packages Rcpp RInside RcppArmadillo (Je crois que j'ai tout ce qu'il faut). Dans le chemin d'installation de mon R, il n'y a pas d'espace comme il est recommandé (le chemin est C:\R). Je sais que le problème est un problème de chemin d'un fichier source. Je ne maitrise pas trop mais j'ai crois avoir lu ça quelque part.

Quelqu'un peut m'aider ?

[Haache]

Bonjour
Merci d'avoir répondu
Mais j'ai l'impression que vous n'avez pas vraiment lu mon poste. J'ai dit que j'ai tout ce qu'il faut. J'ai charge RInside. J'ai installé Rtools.

[Haache]

Ok
J'ai chargé le package et quand je charge la librairie <RInside.h> dans mon code cpp j'ai cette erreur.

[GENDRAUD]

Bonjour,

J'ai déjà eu un problème similaire.

J'utilise maintenant un makefile comme celui là maintenant.

Code :

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## include headers and libraries for R 
RCPPFLAGS :=		$(shell R CMD config --cppflags)
RLDFLAGS :=		$(shell R CMD config --ldflags)
RBLAS := 		$(shell R CMD config BLAS_LIBS)
RLAPACK := 		$(shell R CMD config LAPACK_LIBS)
 
## include headers and libraries for Rcpp interface classes
RCPPINCL :=		$(shell Rscript -e 'Rcpp:::CxxFlags()')
RCPPLIBS :=		$(shell Rscript -e 'Rcpp:::LdFlags()')
 
## include headers and libraries for RInside embedding classes
RINSIDEINCL :=		$(shell Rscript -e 'RInside:::CxxFlags()')
RINSIDELIBS :=		$(shell Rscript -e 'RInside:::LdFlags()')
 
 
CPPFLAGS		= -Wall -O3 
CXXFLAGS		= $(RCPPFLAGS) $(RCPPINCL) $(RINSIDEINCL)
LDFLAGS			= -s
LDLIBS			= $(RLDFLAGS) $(RBLAS) $(RLAPACK) $(RCPPLIBS) $(RINSIDELIBS)
CC			= g++
 
sources 		:= $(wildcard *.cpp)
programs 		:= $(sources:.cpp=)
 
all:			$(programs)
 
clean:
			rm -vf $(programs)

Voice des src qui normalement compile avec ce makefile

Code c++ :

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int main(int argc, char *argv[])
 {
 
    RInside R(argc, argv);		// create an embedded R instance 
 
     R["txt"] = "Hello, world!\n";	// assign a standard C++ string to 'txt'		// assign string var to R variable 'txt'
 
    std::string evalstr = "cat(txt)";
    R.parseEvalQ(evalstr); 		// eval the init string, ignoring any returns
 
    exit(0);
}

Code c++ :

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#include <RInside.h>			// for the embedded R via RInside
#include <Rcpp.h>			// for the R / Cpp interface used for transfer
 
int main(int argc, char *argv[]) {
 
    RInside R(argc, argv);		// create an embedded R instance 
 
    std::string txt = "Hello, world!\n";// assign a standard C++ string to 'txt'
    R.assign( txt, "txt"); 		// assign string var to R variable 'txt'
 
    std::string evalstr = "cat(txt)";
    std::string evalstr2 = "txt2 <- \"foo\\n\"";
    std::string evalstr3 = "cat(txt2)";
    for (int i=0; i<4000; i++) 
    {
	R.parseEvalQ(evalstr2);
	R.parseEvalQ(evalstr);
	R.parseEvalQ(evalstr3);
    }
	exit(0);
}

Code c++ :

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#include "RInside.h"			// for the embedded R via RInside
#include "Rcpp.h"			// for the R / Cpp interface used for transfer
 
int main(int argc, char *argv[]) {
 
    RInside R(argc, argv);		// create an embedded R instance 
 
    std::string txt = "Hello, world!\n";// assign a standard C++ string to 'txt'
    R.assign( txt, "txt"); 		// assign string var to R variable 'txt'
 
    std::string evalstr = "txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; txt <- \"foo\\n\"; cat(txt)"; 
    for (int i=0; i<1e1; i++) {
	R.parseEvalQ(evalstr); 		// eval the init string, ignoring any returns
    }
    exit(0);
}

[Haache]

Merci GENDRAUD

Je vais essayer. Finalement je n'ai plus utiliser Rinside. En fait je voulais juste appeler un package R dans C++. Donc ça n'avait pas besoin de Rinside.

Merci. Je vais essayer quand même solution.

[GENDRAUD]

Bonsoir,

Maintenant, c'est moi qui est une question. (Mais cette question est assez proche de la question en cours et qui fait suite au message juste au dessus.)

Comment fait-on pour utiliser une fonction chargé dans un package R qu'il faut inclure?

Je sais que l'on peut passer dans une fonction c++ un argument de type function. (si bien sûr on inclus Rcpp).

Mais notre fonction c++ devra obligatoirement être lancé depuis R.

Merci d'avance de votre aide

Pierre-Olivier GENDRAUD