Discussion :

[BioGen]

Bonjour à tous,

Je suis novice en analyse de données de RNA-seq (désolé pour les erreurs de terminologie...)
Mon objectif est d'identifier les transcrits différentiellement exprimés entre ma condition "maladie" versus "sain".

J'ai reçu de l'analyste les résultats issus de mes manips et pour chaque échantillon (personne malade ou en santé), j'ai un set de fichiers .bam, .bai, .bed . Il me dit que les données sont alignées point
En fouillant pour trouver des pipelines d'analyses afin d'aboutir aux gènes différentiellement exprimés, j'ai lut qu'on pouvait utiliser entre autres, la suite Cufflinks avec les .bam en input dans l'environnement Unix.
J'ai aussi lu qu'on pouvait utiliser le langage Perl.

J'ai quelques questions: A quoi servent les fichiers .bed ? et sont-ils a intégrer dans l'input?
J'ai lu qu'il fallait un .gtf pour l'analyse des données mais je n'en ai pas, est-ce qu'on peut analyser les .bam seuls comme input avec Cufflinks.

Toute information est la bienvenue
Merci d'avance pour votre aide

BioGen

[Lolo78]

Bonjour,

il est possible que quelqu'un sur ce forum soit en mesure de t'apporter des réponses, mais c'est un forum sur l'utilisation du langage de programmation Perl, pas sur la génétique. Et tes questions n'ont pratiquement rien à voir avec Perl. Le mieux serait à mon avis de poser ce genre de question sur des forums de biologie ou de génétique, où tu auras bien plus de chances, je pense, de trouver des réponses utiles.

[Gardyen]

(De retour de vacances )
Les fichiers BED sont des fichiers utilisés pour afficher tes données (cf UCSC Genome Browser) et ne sont donc pas utiles pour l'analyse.

Le fichier gtf contient les annotations de ton génome de référence, il a été utilisé pour l'alignement et peut être utile pour l'analyse, mais n'est pas nécessaire (cf manuel de cufflinks)

Bon courage !