Discussion :

[Shyma]

Bonjour,

Voilà, j'ai deux fichiers avec à l’intérieur des données différentes, le fichier 1 ($1, $2, je voudrais l'organiser en table de hash où tab[longeur]=valeur
le fichier 1 se présente ainsi :
45 CRTTARR
594 GFIIEJ
2 GFTTG
61 GPPAN
----
----
----

Le fichier 2, est beaucoup plus volumineux, je voudrais comparer $2 des deux fichiers, si c'est le même code, j'affiche la valeur $1 du fichier1 , dans $3 du fichier 2

PS / Le tout dans un seul script

Merci de votre aide

[N_BaH]

Bonjour,

est-ce qu'on peut avoir les deux fichiers, et le résultat attendu ? on visualisera mieux.

as-tu regardé ce que join peut faire ?
ça a l'air de correspondre à ce que tu veux faire...

[Shyma]

Salut @N_BaH

Bah oui j'ai pensé à ça, mais les fichiers ne sont pas disposés pareil !

J'ai le fichier 1 qui est comme ceci ($1, $2), je voudrais l'organiser en table de H, clé/valeur, et le comparer avec le fichier 2, qui aura le même code que $2, et si c'est le cas, récupérer la valeur qui correspond dans fichier 1 et l'afficher dans le fichier2.

Fichier 1:
421 tr|Q16951|5HTB2_APLCA
509 uu|Q25414|5HTR_LYMST
4 pp|P35904|ACH1_ACHFU
531 ss|P35903|ACHC_ACHFU
229 pa|P58154|ACHP_LYMST
376 aa|Q964E3|ACTC_BIOAL
376 ll|P92179|ACTC_BIOGL
376 mr|Q964E1|ACTC_BIOOB

Fichier 2 :
NOM: tr|Q16951|5HTB2_APLCA 266 342 . Large_h 713836 737603 + 176 M 27 81 S 0 1 5 0 2 I 0 23532 3 0 2 S 1 2 M 6 18 G 0 3 M 42 126

(le fichier 2 a plusieurs lignes comme celle qui j'ai partagé, mais il n'est pas complètement comme cette ligne, j'ai pris juste la ligne qui m’intéresse pour récupérer la valeur dans le fichier1, et l'utiliser après pour un calcul d'un score)

Vous remarquez ici, le $2 des deux fichiers est le même, je voudrais donc récupérer la valeur 421 et l'afficher dans le fichier 2, donc pour tous les noms identiques récupérer les valeurs qui vont avec.

Merci de votre aide et désolée si j'ai mal expliqué

[Sve@r]

Bonjour

J'ai le fichier 1 qui est comme ceci ($1, $2)

Assez confu comme explication. C'est quoi pour toi "$1" et "$2" ???

récupérer la valeur qui correspond dans fichier 1 et l'afficher dans le fichier2.

Ca veut dire quoi la phrase "je veux afficher une valeur dans le fichier" ??? Quand on affiche c'est à l'écran qu'on affiche, pas dans un fichier...

et désolée si j'ai mal expliqué

Ben oui. Ce qui se conçoit bien s'énonce clairement.

Bon bref voici mon jeu d'essai
Fichier f1

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
421 tr|Q16951|5HTB2_APLCA
509 uu|Q25414|5HTR_LYMST
4 pp|P35904|ACH1_ACHFU
531 ss|P35903|ACHC_ACHFU
229 pa|P58154|ACHP_LYMST
376 aa|Q964E3|ACTC_BIOAL
376 ll|P92179|ACTC_BIOGL
376 mr|Q964E1|ACTC_BIOOB

Fichier f2

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

tr|Q16951|5HTB2_APLCA 266 342

Script

Code bash :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
#!/bin/bash
cat f2 |while read ligne; do
	clef=$(echo "$ligne" |cut -f1 -d' ')
	result=$(grep "$clef$" f1)
	echo $result |cut -f1 -d' '
done

Resultat:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
$ ./essai.sh 
421

[N_BaH]

les fichiers ne sont pas disposés pareil

ça n'a pas d'importance : join utilise les champs qu'on lui indique.
le plus problématique, c'est que tu ne souhaites pas récupérer la totalité du premier champ.

awk peut le faire, mais c'est à toi de t'exercer, et de nous montrer ce que tu as fait, et où tu bloques.

tu dois aussi faire un effort pour articuler ta pensée, l'exprimer de manière intelligible pour les autres, et illustrer ton propos par des exemples cohérents.
y compris quand ça ne fait pas ce que tu souhaites.

rigueur à la conception
clarté à l'énoncé

[jack-ft]

Salut @N_BaH

Bah oui j'ai pensé à ça, mais les fichiers ne sont pas disposés pareil !

J'ai le fichier 1 qui est comme ceci ($1, $2), je voudrais l'organiser en table de H, clé/valeur, et le comparer avec le fichier 2, qui aura le même code que $2, et si c'est le cas, récupérer la valeur qui correspond dans fichier 1 et l'afficher dans le fichier2.

Fichier 1:
421 tr|Q16951|5HTB2_APLCA
509 uu|Q25414|5HTR_LYMST
4 pp|P35904|ACH1_ACHFU
531 ss|P35903|ACHC_ACHFU
229 pa|P58154|ACHP_LYMST
376 aa|Q964E3|ACTC_BIOAL
376 ll|P92179|ACTC_BIOGL
376 mr|Q964E1|ACTC_BIOOB

Mon interprétation est que la 1ère ligne de "Fichier 1" contient les champs:
$1 == 421
$2 == tr|Q16951|5HTB2_APLCA

(D'ailleurs, ce serait plus clair, si on connaissait les noms des champs (genre "score" et "identifiant du joueur")

Fichier 2 :
NOM: tr|Q16951|5HTB2_APLCA 266 342 . Large_h 713836 737603 + 176 M 27 81 S 0 1 5 0 2 I 0 23532 3 0 2 S 1 2 M 6 18 G 0 3 M 42 126

(le fichier 2 a plusieurs lignes comme celle qui j'ai partagé, mais il n'est pas complètement comme cette ligne, j'ai pris juste la ligne qui m’intéresse pour récupérer la valeur dans le fichier1, et l'utiliser après pour un calcul d'un score)

Vous remarquez ici, le $2 des deux fichiers est le même,

Mon interprétation est que la 1ère ligne de "Fichier 2" contient les champs:
$1 == NOM:
$2 == tr|Q16951|5HTB2_APLCA
$3 == 266
etc.

je voudrais donc récupérer la valeur 421

Pour la ligne indiquée de "Fichier 2", le "$2" est "tr|Q16951|5HTB2_APLCA", qui correspond à la ligne de "Fichier 1" qui commence par "421".

et l'afficher dans le fichier 2, donc pour tous les noms identiques récupérer les valeurs qui vont avec.

Est-ce que tu veux faire l'équivalent de:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
sed -i 's/tr|Q16951|5HTB2_APLCA/421/' "Fichier 2"
 
=>
 
NOM: 421 266 342 . Large_h 713836 737603 + 176 M 27 81 S 0 1 5 0 2 I 0 23532 3 0 2 S 1 2 M 6 18 G 0 3 M 42 126

C'est bien ce que tu veux comme résultat?

Si tu veux un autre résultat, merci de nous le présenter...

Merci de votre aide et désolée si j'ai mal expliqué

[Shyma]

Tout d'abord, merci pour vos réponses !

Alors pour mieux comprendre ce que je veux faire; Comparer dans les deux fichiers, si il y a le même code, en l’occurrence comme ici, on a "tr|Q16951|5HTB2_APLCA" qui est présent dans les deux fichiers. Ensuite, si le code se trouve, récupérer la valeur qui lui correspond dans le fichier1 (ici c'est 421), pour l'afficher et pouvoir l'utiliser pour calculer le score, qui dans mon exemple (NOM: B(un premier score que j'ai calculé) 421)
J'ai besoin de calculer ce score là : (B/421)*100. (J'espère que c'est assez clair ! )

Fichier 1

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
421 tr|Q16951|5HTB2_APLCA
509 uu|Q25414|5HTR_LYMST
4 pp|P35904|ACH1_ACHFU
531 ss|P35903|ACHC_ACHFU
229 pa|P58154|ACHP_LYMST
376 aa|Q964E3|ACTC_BIOAL
376 ll|P92179|ACTC_BIOGL
376 mr|Q964E1|ACTC_BIOOB

Fichier 2

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

 NOM: tr|Q16951|5HTB2_APLCA 266 342 . Large_h 713836 737603 + 176 M 27 81 S 0 1 5 0 2 I 0 23532 3 0 2 S 1 2 M 6 18 G 0 3 M 42 126

Résultat :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

 NOM: B(un premier score que j'ai calculé) 421

En fait, j'ai un script awl, qui fait le traitement sur les deux fichiers pour générer un troisième avec les résultats de mes calculs.

Encore une fois, désolée pour ma mauvaise explication

Le $1, et $2 (du fichier1) correspondent en fait aux colonnes, $1=colonne1, $2=colonne2.

[N_BaH]

c'est bizarre,
quand on commence à te lire, on se dit que tu as compris comment exposer tes intentions,
et puis, à la fin, on se retrouve avec une nouvelle donnée, floue.

En fait, j'ai un script awl, qui fait le traitement sur les deux fichiers pour générer un troisième avec les résultats de mes calculs.

donc, tu n'as pas besoin de nous !?

[Shyma]

Bonjour @N_BaH

Bien sure que si j'ai besoin d'aide, le script en question traite le fichier 2(réorganiser, supprimer quelques lignes, et calculer quelques données), et là je suis à l'étape où j'ai besoin de récupérer le résultat du fichier 1 pour définir un score.
Mon problème :
1- Comment stoker les données du fichier 1 en table de Hash?
2- Comment comparer les deux fichiers, et récupérer le résultat.

Voilà grosso modo où je bloque.

[disedorgue]

Bonjour,

Tu ne veux vraiment pas donner un aperçu de ton code...

Un départ (code pas du tout testé) :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

awk -F\| 'FNR == NR { A[$2]=$1; next }; $2 in A { print "ici, $2 du fichier 2 existe bien dans fichier 1, donc le $1 de fichier 1 est: " A[$2]}' fichier1 Fichier2

[Shyma]

Bonjour @disedorgue

Le script seul marche et donne le résultat que je veux, quoi que, mon but c'est de faire un seul script, c-à-d avec le premier qui traite le fichier 2. Mais sinon, voilà un aperçu de mon code qui traite le fichier2.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
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12
cat Fichier2 |grep -v '#'| sed 's/;/\t/g' \
   | awk '{if ($3 == "Info1") print $1"      ", " "$2, " "$3, " "$4, " "$5, " "$6, " "$7, " "$12," "$16, " "$19, " "$9, " "$10}
          {if ($3 == "Info2") print $1"      ", " "$2, " "$3, " "$4, " "$5, " "$6," " $7}
          {if ($3 == "Info3") a=$12}
          {if ($3=="Info4") b=$12}
          {if ($3 == "intron") print $1"      ", " "$2, " "$3, " "$4," " $5," "$6, " "$7, " "$9, a, b}
          {if ($1=="Info5") print $1="Moyenne"_+++1, ($4-$3)+1}
          {if ($1=="Info6") }
          {
             cat Fichier1 FNR == NR { A[$2]=$1; next };
             $2 in A { print length = A[$2]}
          }' > fichierTri

Pour l'instant, j'essai ta réponse, mais il y a des erreurs

[N_BaH]

il y a des erreurs

mais lesquelles !?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

cat nbr_aciA FNR == NR { A[$2]=$1; next };

cat nbr_aciA, c'est sans doute une erreur de recopie.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

cat Fichier2 |grep -v '#'| sed 's/;/\t/g'

cat est un UUOC (Useless Use Of Cat) : grep sait lire un fichier tout seul, mais
les manipulations faites par grep et sed devraient figurer dans le code awk.

[Shyma]

@N_Bah

Je n'ai pas compris, que veux-tu dire par

mais
les manipulations faites par grep et sed devraient figurer dans le code awk.

J'essaie, à partir de mon script lire le fichier1, comparer et récupérer les données qui m’intéressent, et l’afficher.

L’erreur, c'est que je n'arrive pas à le lire justement, donc à charger la table (cat fichier 1)

Mon script, je le commence par "cat fichier2", et ensuite je fais un traitement sur, je pense qu'il n'arrive pas à l'ouvrir à cause de ça.

En gros, je ne sais pas comment appliquer cette comparaison avec le fichier1, alors que tout le script traite le fichier2.

[N_BaH]

tu n'as pas bien lu le code de disedorgue. awk lit les deux fichiers. dans le man de awk, regarde la différence entre NR et FNR.

ce que font grep et sed (traiter les lignes qui ne sont pas des commentaires, et remplacer les ; par des tabulations) devrait être fait par awk, en l'intégrant dans le code awk.
comment le dire plus clairement ?

[Shyma]

Je comprends que cela nous permet la manipulation des deux fichiers en même temps, et cela permet de ne pas confondre (par exemple $1 du fichier 1 du fichier 2 )...MAIS, je ne sais pas comment cela s'utilise.

J'ai utilisé sa réponse comme elle est, mais cela ne marche pas

[N_BaH]

cela ne marche pas

[...] illustrer ton propos par des exemples cohérents.
y compris quand ça ne fait pas ce que tu souhaites.

en même temps, copier des bouts de code dans du préexistant sans remettre à plat toute la démarche, ben, ouais, ça marche pas.

[Shyma]

Bah c'est pour comprendre ce que fait le code justement, je débute avec awk, donc je ne connais pas du tout les fonctions FNR et NR (d'ailleurs si tu peux m'expliquer ça m'aiderai beaucoup), bien que j'ai vu des exemples, je ne saisi toujours pas comment les utiliser)

Concernant ta remarque pour sed et grep, comment les intégrer dans awk ? -----je n'ai pas compris !!

Pour le cat fichier 2, au début de mon script, tu me conseilles de l'enlever et de mettre à la fin avec le fichier 1 (exemple : fichier 2 fichier 1) ???

[disedorgue]

Sinon quand on a plein de filtre pour le fichier2 avant de passer dans le awk qui doit traiter en premier le fichier1, on peut le faire sous cette forme (en rouge les références au fichier2) :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

cat fichier2 | filtre 1 | filtre 2 | filtre n | awk -F\| 'FNR == NR {A[$2]=$1 ; next} {..............}' fichier1 -

Dans ce cas, le tiret final est la référence à l'entrée du pipe vu par awk, et donc le fichier1 sera bien traité en premier par awk.
Reste plus qu'à remplacer le {..............} par ton code qui traite le fichier2 et la corrélation entre les 2 fichiers.
Le FNR == NR {A[$2]=$1;next} doit rester au début du code awk !!!

[disedorgue]

Bah c'est pour comprendre ce que fait le code justement, je débute avec awk, donc je ne connais pas du tout les fonctions FNR et NR (d'ailleurs si tu peux m'expliquer ça m'aiderai beaucoup), bien que j'ai vu des exemples, je ne saisi toujours pas comment les utiliser)

FNR ==> compteur de ligne du fichier en cours.
NR ==> compteur de ligne global.
next ==> dit à awk de passer à la ligne suivante.

Donc, l'égalité FNR==NR reste vrai tant qu'on lit le premier fichier, car FNR sera réinitialisé à chaque nouveau fichier, ce qui 'nest pas le cas pour NR qui lui continue à s'incrémenter.

[Shyma]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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cat Fichier2 |grep -v '#'| sed 's/;/\t/g'\| awk -F\| 'FNR == NR {A[$2]=$1 ; next}    
          {if ($3 == "Info1") print $1"      ", " "$2, " "$3, " "$4, " "$5, " "$6, " "$7, " "$12," "$16, " "$19, " "$9, " "$10}
          {if ($3 == "Info2") print $1"      ", " "$2, " "$3, " "$4, " "$5, " "$6," " $7}
          {if ($3 == "Info3") a=$12}
          {if ($3=="Info4") b=$12}
          {if ($3 == "info5") print $1"      ", " "$2, " "$3, " "$4," " $5," "$6, " "$7, " "$9, a, b}
          {if ($1=="Info6") print $1="Moyenne"_+++1, ($4-$3)+1}
          {if ($1=="info6" A[$2]=$1; next };$2 in A { print length = A[$2]}
          }' Fichier1 - > fichierTri

Si il traite le fichier 1 d'abord, comment faire la transition au fichier 2 ? Faut-il ajouter autre chose ?

Avec le code, il ne reconnait pas le A