Discussion :

[Cracramon]

Bonsoir à toutes et à tous !!
Je dois faire des tests sur un dataset.
Voici une partie de mon dataset (appelé df_tumor) :


Je voudrais tester par exemple la normalité en utilisant shapiro.test de RNAage selon le statut vital (dont les valeurs sont 0 et 1), donc faire deux groupes, un groupe RNAAGE avec ceux qui ont une statut vital 0 et un groupe avec ceux qui ont un statut vital 1.

Je pensais faire quelque chose genre :

Error in shapiro.test(RNAAGE ~ vital_status, df_tumor) :
unused argument (df_tumor)

ou

shapiro.test(df_tumor$RNAAGE ~ vital_status)
Error: is.numeric(x) n'est pas TRUE

Mais chaque fois j'ai une erreur, donc je me demandais si c'était possible ou pas !

Merci beaucoup pour votre aide !!!

[mgdondon]

Bonjour,

Vous pouvez utiliser une fonction d'agrégation comme by() ou tapply() :

Code :

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> df_tumor <- read.csv("D:temp/test.txt")
> by(df_tumor$RNAAGE, df_tumor$vital_status, shapiro.test)
df_tumor$vital_status: 0
 
        Shapiro-Wilk normality test
 
data:  dd[x, ]
W = 0.98405, p-value = 0.7582
 
------------------------------------------------------------ 
df_tumor$vital_status: 1
 
        Shapiro-Wilk normality test
 
data:  dd[x, ]
W = 0.91852, p-value = 0.3065

Code :

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> tapply(df_tumor$RNAAGE, df_tumor$vital_status, shapiro.test)
$`0`
 
        Shapiro-Wilk normality test
 
data:  X[[i]]
W = 0.98405, p-value = 0.7582
 
 
$`1`
 
        Shapiro-Wilk normality test
 
data:  X[[i]]
W = 0.91852, p-value = 0.3065

Cordialement,