Discussion :

[Djosh975]

Bonjour,

Je suis actuellement en stage dans le domaine du biomédical à Varsovie. J'ai quelques soucis avec Matlab.

Ci-dessous une image obtenu grâce au microscope, on peut voir une fibre (partie grise) qui est en partie recouverte (partie blanche).

Pour mon stage, je dois faire un programme Matlab, facile à utiliser pour la laboratoire une fois que je serais parti afin de déterminer le ratio entre partie recouverte et non-recouverte d'images similaires...

J'ai donc dans un premier temps transformé l'image en une image binaire, le soucis étant que j'inclus alors la background dans la partie noire de l'image, ce qui fausse mon résultat.

J'ai alors essayé le traitement en étudiant les contours présent dans l'image. Le soucis et que ce n'est pas assez précis à nouveau, il me manque des parties et ou des fibres entières avec ce traitement.

Je suis à cours d'idée pour déterminer le plus précisément possible le ratio entre parti couverte et non recouverte.

Merci infiniment de votre aide pour ce sujet,
Désolé si cela semble facile pour vous, je ne m'y connais que très peu en Matlab.


Cordialement,
Joshua

[Kangourou]

salut,

a priori le problème n'est pas Matlab mais le traitment d'images. Donc je pense que transférer ce topic dans le forum traitement d'images permettrait d'avoir une meilleure chance de réponse !

Ensuite le problème ne semble pas simple... Juste pour être sûr : tu as bien trois fibres différentes (une en diagonale, une à droite, et une qui passe derrière) sur ton image exemple ? Une première étape serait de segmenter la région contenant les fibres. Le bord des fibres semble un peu plus clair et un peu plus droit, dnc ca peut être une piste. mais ca semble quand même assez complexe...

a++

[Djosh975]

Bonjour,

Il y a 3 fibres bien couverte, celle en diagonale en dessous et les deux autres de face, mais il y a aussi une au niveau du coin droit avec quelque particules dessus, et finalement une dernière fibre sous celle en diagonale qui n'est pas du tout couverte...
Le problème n'est pas du tout Matlab, mais mes compétences en Matlab...
Une analyse sur la première couche de fibre a été simple a réaliser, le soucis étant ces vues 3D, je ne sais pas du tout comment m'y prendre. Les différences de contraste entre les différentes couches, m'ont posé un problème, je n'ai pas toutes les fibres complètes...

[Kangourou]

Salut,

ok pour les fibres. Honnêtement, je pense que trouver un algorithme qui va détecter automatiquement les fibres ça va pas être facile... les bords sont peu marqués, et il y a une forte hétérogénéité en fonction de la position.

Une première piste pourrait être de développer une approche semi-automatique. On offre à l'utilisateur la possibilité de délimiter la position des fibres, et le programme analyse un "taux de recouvrement" dans chacune des régions d'intérêt. Cela permettra d'avoir une solution utilisable. Après développer une interface graphique sous Matlab demande aussi un peu de travail.

A++

[ToTo13]

A première vue, la seule différence entre la partie recouverte et la partie non recouverte est la différence de texture : lisse/homogène pour la partie non recourverte, bruitée/hétérogène pour la partie recourverte.

Je vois donc deux approches pour ce problème :
- tu fais de l'extraction de caractéristique pour caractériser localement la texture (haralick, size zone matrix, run length matrix, granulométrie, local binary pattern) et tu fais du clustering pour chaque pixel.
- tu segmentes manuellement les différentes zones et tu utilises un Fully Convolutional Network (FCN), ça devrait très bien fonctionner dans ce cas là.