Discussion :

[hadjira10]

j'ai utiliser le code tel qu'il est, mais le

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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id = 0
imgs_to_process = np.load(output_path+'fullimages_{}.npy'.format(id))
def resample(image, scan, new_spacing=[1,1,1]):
    # Determine current pixel spacing
    spacing = map(float, ([scan[0].SliceThickness] + scan[0].PixelSpacing))
    spacing = np.array(list(spacing))
 
    resize_factor = spacing / new_spacing
    new_real_shape = image.shape * resize_factor
    new_shape = np.round(new_real_shape)
    real_resize_factor = new_shape / image.shape
    new_spacing = spacing / real_resize_factor
 
    image = scipy.ndimage.interpolation.zoom(image, real_resize_factor)
 
    return image, new_spacing
 
print "Shape before resampling\t", imgs_to_process.shape
imgs_after_resamp, spacing = resample(imgs_to_process, patient, [1,1,1])
print "Shape after resampling\t", imgs_after_resamp.shape

voila le messge d'erreurs que j'ai

example.py:136: RuntimeWarning: invalid value encountered in divide
new_spacing = spacing / real_resize_factor
Shape after resampling (0, 256, 256)
Traceback (most recent call last):

[VinsS]

Salut,

Tu ne montres pas l'entièreté du message d'erreur. Pas grand chose d'ailleurs.

En regard du print "Shape after resampling (0, 256, 256)" il semble, néanmoins, que ton code soit allé jusqu'au bout.

[hadjira10]

File "example.py",RuntimeWarning: invalid value encountered in divide
new_spacing = spacing / real_resize_factor
Shape after resampling (0, 256, 256)
Traceback (most recent call last):
File "example.py", line 278, in <module>
img = imgs_after_resamp[10]
IndexError: index 10 is out of bounds for axis 0 with size 0

tous le message d'erreur

[VinsS]

Rien à voir avec le code que tu montres.

Le message te dis simplement que tu as un dépassement d'index.

Peut-être en rapport avec "Shape after resampling (0, 256, 256)" où la première valeur de shape est 0.

Rajoute des print dans ta fonction resample() pour voir comment évoluent les valeurs qui y sont traitées.

[hadjira10]

le problème se pose en spacing quand j'ai affiche spacing je trouve que c nan c pour ça que tous e reste ne marche pas

example.py:101: RuntimeWarning: invalid value encountered in divide
new_spacing = spacing / real_resize_factor
('Shape before resampling:', (192, 128, 128))
('Shape after resampling:', (0, 256, 256))
('spacing:', array([ nan, 1., 1.]))
Slice Thickness: 0.000000
Pixel Spacing (row, col): (2.000000, 2.000000)

[VinsS]

Ce print avec nan apparaît après le resample

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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('Shape after resampling:', (0, 256, 256))
('spacing:', array([ nan, 1., 1.]))

c'est dans la fonction resample() que tu dois mettre les print

[hadjira10]

oui c bon pour spacing.

('spacing:', array([ 0., 2., 2.], dtype=float32))
example.py:102: RuntimeWarning: invalid value encountered in divide
new_spacing = spacing / real_resize_factor
('Shape before resampling:', (192, 128, 128))
('Shape after resampling:', (0, 256, 256))

mais pourquoi Shape after resampling: prendre cette valeur (0, 256, 256))