Discussion :

[hermet]

Bonjour à tous!

Je suis encore novice en informatique et j'ai un petit problème à résoudre :
J'ai deux fichiers
fichier1

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
organism_hit						query s1	s2	s3	s4
Homo sapiens chromosome 8, clone RP11-211C9		16	20	30	50	60
Drosophila melanogaster GH21254 full length cDNA	5	0	0	55	47	
Brugia timori genome assembly B_timori	                4	57	545	55	5	
H sapiens chromosome 6, clone RP11-211C9		16	20	47	53	98
Drosophila melanogaster full genome	                5	4	7	78	90
Drosophila melanogaster from clone CH73-111B21		6	12	14	69	79

fichier2

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
Family;genus;species					organism			hit
Hominidae;Homo;Homo sapiens sapiens			Homo sapiens			sapiens
Drosophilidae;Drosophila;Drosophila melanogaster	Drosophila melanogaster		Drosophila melanogaster

et je souhaiterai associer le fichier 2 au fichier 1 (selon la colonne hit du fichier 2) pour donner quelque chose comme ca

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
Family;genus;species					organism		organism_hit						query	s1	s2	s3	s4
Hominidae;Homo;Homo sapiens sapiens			Homo sapiens		Homo sapiens chromosome 8, clone RP11-211C9		16	20	30	50	60
Drosophilidae;Drosophila;Drosophila melanogaster	Drosophila melanogaster	Drosophila melanogaster GH21254 full length cDNA	5	0	0	55	47	
										Brugia timori genome assembly B_timori			4	57	545	55	5	
Hominidae;Homo;Homo sapiens sapiens			Homo sapiens		H sapiens chromosome 6, clone RP11-211C9		16	20	47	53	98
Drosophilidae;Drosophila;Drosophila melanogaster	Drosophila melanogaster	Drosophila melanogaster full genome			5	4	7	78	90
Drosophilidae;Drosophila;Drosophila melanogaster	Drosophila melanogaster	Drosophila melanogaster from clone CH73-111B21		6	12	14	69	79

comment réaliser simplement ce type de fichier?? par la suite je vais etre amener à mettre plus d'informations dans le fichier2

Merci!

[Gardyen]

Le plus simple sera probablement de stocker les infos du fichier 2 dans un hash, de le parcourir à chaque ligne de ton fichier 1 pour chercher avec le 'hit'.

ou alors tu peux chercher dans tout ton fichier 1 chaque occurrence de tes 'hits' avec grep par exemple.

Dans les 2 cas, choisis bien tes 'hits'.

Essaie de voir quelle solution te convient le mieux voire trouves-en une autre, puis reviens si tu as des problèmes.

[hermet]

merci pour ta réponse Gardyen
comment arriver à stocker les infos dans un hash, le parcourir à chaque ligne du fichier 1 et le faire matcher pour chaque hit?

[Gardyen]

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