Discussion :

[Gui_mar]

Bonjour à tous,

Je suis débutant en Rstudio et j'aimerai faire une Partial Least Square regression. Cependant, j'ai un problème avec cette fonction. J'ai fait l'exemple proposé par R avec les données de "gasoline" et tout marchait. Mais, une fois que je veux faire les mêmes manipulations avec mes données, cela ne fonctionne plus.

J'ai donc plusieurs questions concernant cette fonction.

QUESTION 1

Mes données que vous trouverez en pièce jointes sont composés de 4 variables avec 2200 observations. J'aimerai construire un modèle permettant de prédire la "nitrogenConcentration" en fonction de la "reflectance" des différentes "lettreFiltres" ET de savoir quels "filtres" sont les plus pertinents dans ce modèle.

Mon code R est le suivant :

Code :

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# 1. importation donnée
# -------------------------
data1 <- read.table("tableReflec.txt", header = TRUE)
 
# 2. unstack data
# -----------------
#unstack nitrogen content
unstack_Nc <- unstack(data1,nitrogenContent ~ lettreFiltre)
Nc <- unstack_Nc[,1]
remove(unstack_Nc)
#unstack reflectance
unstack_reflec <- unstack(data1, reflectance ~ lettreFiltre)
myName <- paste("reflectance",names(unstack_reflec),sep = ".")
names(unstack_reflec)<-myName
remove(myName)
 
# 3. Données comprenant Nc et la reflectance pour les différents filtres
# ------------------------------------------------------------------------------
#ré-organisation des données
dataReflec <- data.frame(Nc)
dataReflec <-cbind(dataReflec, unstack_reflec)
 
# 4. PLS
# -------
# tools -> install package -> PLS
library(pls)
model1 <-plsr(Nc ~ reflectance, ncomp = 10, data = dataReflec, validation = "LOO")

Cependant, quand je lance la dernière ligne, j'ai une erreur qui est la suivante :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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 Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'reflectance' not found

Je ne comprends pas pourquoi cette fonction fonctionne avec "gasoline" et pas avec mes data. Quelqu'un peut-il m'aider ? Qu'est ce que je dois faire pour que cela fonctionne ?


QUESTION 2

En faisant des recherches sur internet pour mon problème, je suis tombé sur une autre fonction qui est la plsreg1 qu'il est possible d'obtenir avec le package "plsdepot". Quelqu'un peut m'expliquer la différence entre cette fonction et la fonction plsr ? De plus, j'ai l'impression qu'il y a peu d'information sur la plsreg1. Je n'ai pas trouvé d'exemple utilisant cette fonction sur le net. Si quelqu'un a des infos, je suis preneur !


QUESTION 3

Je cherche à connaitre les filtres les plus pertinents à partir de la PLS. Quelle serait la fonction me permettant de savoir cela ?


Voila, je sais que cela fait beaucoup de question et je vous remercie d'avance pour le temps que vous consacrerez pour y répondre.

[mgdondon]

Bonjour,

Pour la question 1, regardez les variables de votre dataframe :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> str(dataReflec)
'data.frame':   100 obs. of  23 variables:
 $ Nc           : Factor w/ 20 levels "1,517652909",..: 6 6 6 6 16 16 16 16 16 5 ...
 $ reflectance.C: chr  "0,202671843" "0,165985539" "0,173286093" "0,169737653" ...
 $ reflectance.D: chr  "0,747592317" "0,72951367" "0,746762618" "0,798906662" ...
 $ reflectance.E: chr  "0,685135927" "0,681837985" "0,641565542" "0,701946705" ...
 $ reflectance.F: chr  "0,112163732" "0,106268533" "0,113702118" "0,141888272" ...
 $ reflectance.G: chr  "0,6960181" "0,74570945" "0,733342551" "0,787896104" ...
 $ reflectance.H: chr  "0,786357694" "0,783463668" "0,746364103" "0,827268237" ...
 $ reflectance.I: chr  "0,82179844" "0,818998806" "0,773832905" "0,870556139" ...
 $ reflectance.J: chr  "0,152798078" "0,147347286" "0,158615086" "0,155012075" ...
 $ reflectance.K: chr  "0,19408357" "0,184442954" "0,193900458" "0,19890541" ...
 $ reflectance.L: chr  "0,341029819" "0,329576688" "0,330063025" "0,341601525" ...
 $ reflectance.M: chr  "0,78255731" "0,774544918" "0,748626076" "0,809571834" ...
 $ reflectance.N: chr  "0,734007496" "0,722985112" "0,709600438" "0,781156204" ...
 $ reflectance.O: chr  "0,13775839" "0,137410699" "0,139899526" "0,139151141" ...
 $ reflectance.P: chr  "0,730689094" "0,74376731" "0,727342791" "0,79828918" ...
 $ reflectance.Q: chr  "0,217262358" "0,20012315" "0,212368801" "0,220672568" ...
 $ reflectance.R: chr  "0,135845476" "0,131859859" "0,139920352" "0,135856372" ...
 $ reflectance.S: chr  "0,101905775" "0,102918888" "0,102723908" "0,098420588" ...
 $ reflectance.T: chr  "0,173348915" "0,168110266" "0,176966688" "0,175772202" ...
 $ reflectance.U: chr  "0,104756954" "0,105194447" "0,106940128" "0,105765752" ...
 $ reflectance.V: chr  "0,108046515" "0,108311626" "0,112239316" "0,111808309" ...
 $ reflectance.W: chr  "0,706650459" "0,709110088" "0,686123813" "0,749089015" ...
 $ reflectance.X: chr  "0,626906058" "0,621217274" "0,623974779" "0,67256695" ...

Remarque : RStudio est une surcouche de R. Votre question n'est pas spécifique à RStudio.

Cordialement,

[Gui_mar]

Bonjour,

Merci d'avoir répondu.
Je ne suis pas sûr de pas bien comprendre votre remarque. Grâce à votre commentaire, je comprends que les variables de mon dataframe ne sont pas les mêmes que celles obtenues avec l'exemple de "gasoline". Et du coup, je veux bien comprendre pourquoi la fonction ne fonctionnait pas. Mais comment je fais pour que mon dataFrame fonctionne avec le fonction plsr ? Avez-vous une idée de la manière dont je dois m'y prendre pour que le fonction marche avec mes données ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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str(gasoline)
'data.frame':	50 obs. of  2 variables:
 $ octane: num  85.3 85.2 88.5 83.4 87.9 ...
 $ NIR   : AsIs [1:50, 1:401] -0.050193 -0.044227 -0.046867 -0.046705 -0.050859 ...
  ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. ..$ : chr  "1" "2" "3" "4" ...
  .. ..$ : chr  "900 nm" "902 nm" "904 nm" "906 nm" ...

Merci d'avance,

Bien à vous,

[dev_ggy]

Bonjour,

Code R :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

model1 <-plsr(Nc ~ ., ncomp = 10, data = dataReflec, validation = "LOO")

Au plaisir de vous lire

[Gui_mar]

Super, ça a l'air de fonctionner. Mais comment savez-vous tout cela ... ? Juste changer le "reflectance" par un point, il faut le savoir...

Un tout grand merci.

Bonne journée.