Discussion :

[hermet]

Bonjour à tous,

Je souhaiterai associer le chiffre des lignes paires du fichier 2 aux données du fichier 1. La difficulté est que les numéros ne sont pas dans l'ordre, le/les
derniers chiffres des lignes impaires du fichier 2 correpondent a/aux derniers chiffres des lignes paires du fichier 1.
Idealement je souhaiterai avoir un fichier type csv avec une colonne nom, une colonne sequence et une colonne match

Fichier 1
>Sequenc0
TGCCATTGTGATTGGGGGGGGGGGGGGGGG
>Sequenc1
gagcTGGCTTTTCTTGTGGGGTGAGGATGGACATTCTGCCATTGTGAT
>Sequenc2
TGGACATTCTGCCATTGTGAT
>Sequenc3
NgNNNGCTTTTTCTTGTGGGGTGAGGATGGACATTCTGCCATTGTGAT
>Sequenc4
GTGGGGTGAGGATGGACATTCTGCCATTGTGAT
>Sequenc5
CTTGTGGGTGAGGATGGACATTCTGCCATTGTGAT
>Sequenc6
GCGGTGTGTATTACTGTGCGAGAGAATTTCGCCCCCAGTATCAGCTGCTA
>Sequenc7
GGGATGGACATTCTGCCATTGTGAT
>Sequenc8
TGAGCTGGCTTTTCTTGTGGGTGAGGATGGACATTCTGCCATTGTGAT
>Sequenc9
CTGGACTTTTTCTTGTGGGGTGAGGATGGACATTCTGCCATTGTCGAT
>Sequenc10
TGGGTGGCTGGGTTTTGTGGGGTGAGGATGGACTTTCTGCCCATTGTGAT
>Sequenc11
TGGGTGGCTGGGTTTTGTGGGGTGAGGATGGACTTTCTGCCCATTGTGAT


Fichier 2

IonXpress_022_R_2016_09_01_14_18_35_dsde_Profit-166-ABC1234-DS-010916_Auto_user_Profit-166-ABC1234-DS-010916_166_prinseq_good_rf63.fastq.a60.bam.DS.txt.fasta0
1
IonXpress_022_R_2016_09_01_14_18_35_dsde_Profit-166-ABC1234-DS-010916_Auto_user_Profit-166-ABC1234-DS-010916_166_prinseq_good_rf63.fastq.a60.bam.DS.txt.fasta1
6
IonXpress_022_R_2016_09_01_14_18_35_dsde_Profit-166-ABC1234-DS-010916_Auto_user_Profit-166-ABC1234-DS-010916_166_prinseq_good_rf63.fastq.a60.bam.DS.txt.fasta10
1
IonXpress_022_R_2016_09_01_14_18_35_dsde_Profit-166-ABC1234-DS-010916_Auto_user_Profit-166-ABC1234-DS-010916_166_prinseq_good_rf63.fastq.a60.bam.DS.txt.fasta11
1
IonXpress_022_R_2016_09_01_14_18_35_dsde_Profit-166-ABC1234-DS-010916_Auto_user_Profit-166-ABC1234-DS-010916_166_prinseq_good_rf63.fastq.a60.bam.DS.txt.fasta2
35
IonXpress_022_R_2016_09_01_14_18_35_dsde_Profit-166-ABC1234-DS-010916_Auto_user_Profit-166-ABC1234-DS-010916_166_prinseq_good_rf63.fastq.a60.bam.DS.txt.fasta3
5
IonXpress_022_R_2016_09_01_14_18_35_dsde_Profit-166-ABC1234-DS-010916_Auto_user_Profit-166-ABC1234-DS-010916_166_prinseq_good_rf63.fastq.a60.bam.DS.txt.fasta4
24
IonXpress_022_R_2016_09_01_14_18_35_dsde_Profit-166-ABC1234-DS-010916_Auto_user_Profit-166-ABC1234-DS-010916_166_prinseq_good_rf63.fastq.a60.bam.DS.txt.fasta5
1
26
IonXpress_022_R_2016_09_01_14_18_35_dsde_Profit-166-ABC1234-DS-010916_Auto_user_Profit-166-ABC1234-DS-010916_166_prinseq_good_rf63.fastq.a60.bam.DS.txt.fasta6
54
IonXpress_022_R_2016_09_01_14_18_35_dsde_Profit-166-ABC1234-DS-010916_Auto_user_Profit-166-ABC1234-DS-010916_166_prinseq_good_rf63.fastq.a60.bam.DS.txt.fasta7
13
IonXpress_022_R_2016_09_01_14_18_35_dsde_Profit-166-ABC1234-DS-010916_Auto_user_Profit-166-ABC1234-DS-010916_166_prinseq_good_rf63.fastq.a60.bam.DS.txt.fasta8
5
IonXpress_022_R_2016_09_01_14_18_35_dsde_Profit-166-ABC1234-DS-010916_Auto_user_Profit-166-ABC1234-DS-010916_166_prinseq_good_rf63.fastq.a60.bam.DS.txt.fasta9
3





le rendu pour cet exemple serait quelque chose comme :
nom sequence match
Sequenc0 TGCCATTGTGATTGGGGGGGGGGGGGGGGG 1
Sequenc1 gagcTGGCTTTTCTTGTGGGGTGAGGATGGACATTCTGCCATTGTGAT 6
Sequenc2 TGGACATTCTGCCATTGTGAT 35
Sequenc3 NgNNNGCTTTTTCTTGTGGGGTGAGGATGGACATTCTGCCATTGTGAT 5
Sequenc4 GTGGGGTGAGGATGGACATTCTGCCATTGTGAT 24
et ainsi de suite

Je pensais à un script perl qui recupérait la fin des lignes du fichiers 2 et les data et qui les confronterai au fichier 1.
Mais j'ai du mal à voir comment mettre ca dans un script, ca n'est peut être pas la bonne démarche
Merci beaucoup pour votre aide!

[BufferBob]

salut,

Je pensais à un script perl qui recupérait la fin des lignes du fichiers 2 et les data et qui les confronterai au fichier 1.

ca me semble pas bête, je pense que ferai fait pareil
on ouvre le fichier2, on récupère toutes les fins de lignes qui contiennent "fasta", et la valeur sur la ligne suivante, avec ça on crée un hash
on ouvre ensuite le fichier1 et pour chaque ligne ">Sequenc" on fait correspondre le tout, idem en récupérant la ligne d'après et en utilisant les valeurs contenues dans le hash

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
use strict;
use warnings;
 
my %tab;
 
open(my $fh, 'fichier2') or die "err fichier2";
while (<$fh>) {
   if ($_ =~ /fasta(\d+)$/) {
      my $l = <$fh>;
      chomp $l;
      $tab{$1} = $l;
   }
}
close($fh);
 
open($fh, 'fichier1') or die "err fichier1";
while (<$fh>) {
   if ($_ =~ /^>Sequenc(\d+)/) {
      my $l = <$fh>;
      chomp $l;
      print "Sequenc" . $1 . " " . $l . " " . $tab{$1} . "\n";
   }
}
close($fh);

mais il y a peut-être plus court/perl-esque ?

[Lolo78]

Bonjour,

je procéderais comme BufferBob (++): lecture préalable du fichier 2 et stockage dans un tableau ou un hachage de la matrice de correspondance entre le numéro de fasta et le numéro placé sur la ligne suivante.

Puis lecture du fichier 1 et utilisation de la matrice de correspondance pour récupérer le numéro voulu afin d'écrire le fichier résultat.

[hermet]

génial merci Bufferbob, ca marche super bien!

pour appronfondir, quesqu'il pourrait y avoir de plus 'perlesque'?

[Lolo78]

Franchement, non, ou pas vraiment.

Exemple de simplification possible:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
 
while (<$fh>) {
   if ($_ =~ /fasta(\d+)$/) {
      my $l = <$fh>;
      # ...

pourrait être écrit plus brièvement:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
 
while (<$fh>) {
   if (/fasta(\d+)$/) {
      my $l = <$fh>;
      # ...

Est-ce mieux? Bah, c'est discutable. C'est un peu plus concis, mais sans doute moins clair pour un débutant...