Discussion :

[vinserm]

Bonjour à tous

Je suis entrain d'écrire un script dont le but est d'obtenir un tableur synthetique à partir de données importantes de blast

Je suis bloqué à une étape : comment associer un microorganisme (ligne gb) à plusieurs query tout en gardant la ligne entière de Query et en associant les scores (50 0.41) à la query

Je pars d'un fichier de type :

Query= query1 cov=46.92 len=3767 gc=25.96 nseq=1154
gb|JX025555.1| Human rhinovirus A strain HRV-A71_p1047_sR141_200... 44.6 7.0
gb|HQ647181.2| Cotia virus SPAn232, complete genome 50.0 0.41
>gb|KM595078.1| Cotia virus strain SPAn880, complete genome
Query= query 2 cov=54.67 len=1555 gc=28.17 nseq=549
gb|JX025555.1| Human rhinovirus A strain HRV-A71_p1047_sR141_200... 44.6 7.0
Query= query 3 cov=45.79 len=3087 gc=23.68 nseq=946
gb|JX025555.1| Human rhinovirus A strain HRV-A71_p1047_sR141_200... 44.6 7.0
gb|HQ647181.2| Cotia virus SPAn232, complete genome 50.0 0.41


et souhaite obtenir quelque chose comme ca :
gb|HQ647181.2| Cotia virus SPAn232, complete genome Query= query1 cov=46.92 len=3767 gc=25.96 nseq=1154 44.6 7.0 Query= query 2 cov=54.67 len=1555 gc=28.17 nseq=549 44.6 7.0 Query= query 3 cov=45.79 len=3087 gc=23.68 nseq=946 50.0 0.41
gb|JX025555.1| Human rhinovirus A strain HRV-A71_p1047_sR141_200... Query= query1 cov=46.92 len=3767 gc=25.96 nseq=1154 44.6 7.0 Query= query 2 cov=54.67 len=1555 gc=28.17 nseq=549 44.6 7.0
gb|KM595078.1| Cotia virus strain SPAn880, complete genome Query= query1 cov=46.92 len=3767 gc=25.96 nseq=1154 >

Merci pour votre aide

[Lolo78]

Cela ne semble pas bien compliqué, mais comment on identifie qu'une query se rapport à un microorganisme plutôt qu'à un autre?

[disedorgue]

Bonjour,

Le résultat désiré ne serait pas plutot:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
gb|JX025555.1| Human rhinovirus A strain HRV-A71_p1047_sR141_200... Query= query1 cov=46.92 len=3767 gc=25.96 nseq=1154 44.6 7.0 Query= query 2 cov=54.67 len=1555 gc=28.17 nseq=549 44.6 7.0 Query= query 3 cov=45.79 len=3087 gc=23.68 nseq=946 44.6 7.0
gb|HQ647181.2| Cotia virus SPAn232, complete genome Query= query1 cov=46.92 len=3767 gc=25.96 nseq=1154 50.0 0.41 Query= query 3 cov=45.79 len=3087 gc=23.68 nseq=946 50.0 0.41
gb|KM595078.1| Cotia virus strain SPAn880, complete genome Query= query1 cov=46.92 len=3767 gc=25.96 nseq=1154 >

[vinserm]

oui exactement ca disedorgue.
Mon but final est d'évaluer le nombre de query pour chaque microorganisme (et ne pas perdre d'informations au passage)

[Lolo78]

Bonjour,

voici un essai (en supposant que j'ai compris ce que tu désires obtenir).

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
 
use strict;
use warnings;
 
my (@queries, %viruses);
my $count;
 
while (my $line = <DATA>) {
	chomp $line;
	if ($line =~ /^Query= query\s?(\d+)/) {
	    $count = $1;
		$queries[$count] = $line;
	} else {
		next unless $line =~ /^gb/;
		push @{$viruses{$line}}, $count;
	}
}
 
for my $vir (keys %viruses) {
	print "$vir @queries[@{$viruses{$vir}}] \n";
}
 
__DATA__
Query= query1 cov=46.92 len=3767 gc=25.96 nseq=1154
gb|JX025555.1| Human rhinovirus A strain HRV-A71_p1047_sR141_200... 44.6 7.0
gb|HQ647181.2| Cotia virus SPAn232, complete genome 50.0 0.41
gb|KM595078.1| Cotia virus strain SPAn880, complete genome
Query= query 2 cov=54.67 len=1555 gc=28.17 nseq=549
gb|JX025555.1| Human rhinovirus A strain HRV-A71_p1047_sR141_200... 44.6 7.0
Query= query 3 cov=45.79 len=3087 gc=23.68 nseq=946
gb|JX025555.1| Human rhinovirus A strain HRV-A71_p1047_sR141_200... 44.6 7.0
gb|HQ647181.2| Cotia virus SPAn232, complete genome 50.0 0.41

Ce qui affiche:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
 
gb|HQ647181.2| Cotia virus SPAn232, complete genome 50.0 0.41 Query= query1 cov=46.92 len=3767 gc=25.96 nseq=1154 Query= query 3 cov=45.79 len=3087 gc=23.68 nseq=946
gb|KM595078.1| Cotia virus strain SPAn880, complete genome Query= query1 cov=46.92 len=3767 gc=25.96 nseq=1154
gb|JX025555.1| Human rhinovirus A strain HRV-A71_p1047_sR141_200... 44.6 7.0 Query= query1 cov=46.92 len=3767 gc=25.96 nseq=1154 Query= query 2 cov=54.67 len=1555 gc=28.17 nseq=549 Query= query 3 cov=45.79 len=3087 gc=23.68 nseq=946

En l'état, je considère l'ensemble des lignes comme identifiants des virus. Il y a peut-être des choses à changer si l'identifiant à considérer est seulement "Cotia virus SPAn232" par exemple.

[vinserm]

Bonjour,

voici un essai (en supposant que j'ai compris ce que tu désires obtenir).

Exactement ce que je voulais! Je vais intégrer cette étape à mon pipeline d'analyse
Merci beaucoup!

[vinserm]

Encore une question, si je ne veux pas tenir en compte les scores à la fin de chaque ligne de microorganismes (par exemple 44.6 et 7.0 sur la ligne
gb|JX025555.1| Human rhinovirus A strain HRV-A71_p1047_sR141_200... 44.6 7.0) comment dois je procéder?

Je pensais créer un nouveau fichier dans lequel j'élimine les colonnes de score et sur lequel j'applique le script. Existe t-il plus simple et surtout quelque chose qui ne me ferais pas générer de nouveaux fichiers (car très volumineux)?

[Lolo78]

Il suffit de retraiter la ligne quand elle commence par "gb", par exemple en modifiant la boucle while comme suit (je ne peux pas tester maintenant, mais je pense que ça devrait marcher):

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
 
while (my $line = <DATA>) {
	chomp $line;
	if ($line =~ /^Query= query\s?(\d+)/) {
	    $count = $1;
		$queries[$count] = $line;
	} else {
		next unless $line =~ /^gb/;
		$line =~ s/\d+\.\d+\s+\d+\.\d+$//; # suppression des "scores" en fin de ligne
		push @{$viruses{$line}}, $count;
	}
}

[vinserm]

ca marche que dans de rares cas, étrange car je ne vois pas de différences entre mes lignes de microorganismes (décallage tabulation...)

[Lolo78]

A l'évidence tes données ne sont pas conformes à ce que j'ai supposé.

Si l'on suppose que tes lignes ont peut-être des espaces (non visibles) en fin de ligne empêchant la regex de reconnaître les données, tu peux déjà essayer la regex comme suit:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
 
$line =~ s/\d+\.\d+\s+\d+\.\d+\s*$//; # suppression des "scores" en fin de ligne

Sinon, peux-tu fournir un échantillon de lignes pour lesquelles ça ne marche pas?

[vinserm]

effectivement, ce sont les scores qui ne sont pas homogènes, il y a des chiffres avec/sans virgules, avec/sans exposant
je n'ai pas encore réussi mais il faut que je sois plus permissif

[Lolo78]

Du coup, il faut peut-être utiliser plutôt une classe de caractères comprenant chiffres, points et espaces:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
 
$line =~ s/[\d+\.\s]+$//; # suppression des "scores" en fin de ligne

Ou:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
 
$line =~ s/[\d+\.\sEe]+$//; # suppression des "scores" en fin de ligne

si tu peux aussi avoir des marques d'exposants.

[vinserm]

après de nombreux essais, je n'arrive pas à me débarasser de ces catégories de scores (début exposant, chiffres ronds et 2 caractères avant virgule)
"lete genome 600 9e- Query="
"lete genome 87.8 7e- Query="
"lete genome 159 8e- Query="

[Lolo78]

Je n'avais pas pensé aux exposants négatifs, il faudrait ajouter un moins ("-") dans l'expression régulière:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
 
$line =~ s/[-\d+\.\sEe]+$//; # suppression des "scores" en fin de ligne

[vinserm]

d'accord
je n'y était pas du tout en cherchant les chiffres ronds et 2 caractères avant virgule, il faut que je me remette dessus pour comprendre les dernières lignes qui m'échappent.
En tout cas merci! j'ai le format output attendu!

[Lolo78]

d'accord
il faut que je me remette dessus pour comprendre les dernières lignes qui m'échappent.

N'hésite pas à demander si tu désires des explications.