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Bioinformatique Perl Discussion :

Comment savoir quel adaptateur séquence utiliser


Sujet :

Bioinformatique Perl

  1. #1
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    Par défaut Comment savoir quel adaptateur séquence utiliser
    Bonjour,

    Alors voilà, je dois concevoir un petit outil qui nettoie des données en fastq dans le but de faire des contigs et de chercher des SNPs, je fais un pipeline de logiciels, et là je suis à Cutadapt qui vire les adaptateurs, la ligne de commande est:

    cutadapt -f fastq -a "AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACTGACCAATCTCGTATG" -o infile.fastq outfile.fastq

    ma question est d'ou ramène-t-on les séquences d'adaptateurs? sur la ligne de commande précédente c'était juste un exemple!!

    Merci
    Amel

  2. #2
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    C'est du Perl? Ou ça n'a rien à voir?

  3. #3
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    Et bien je code en Python, je n'avais pas vu que j'étais dans la section Perl désolée! Mais seulement ma question se porte sur de la bio!!

  4. #4
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    Bah, pas de problème. Peut-être que quelqu'un fréquentant cette rubrique pourra t'aider, mais pas moi, c'est sûr. Pour moi, "contigs ... SNPs ... Cutadapt ... adaptateurs ...", c'est du chinois ou de l'hébreu.

  5. #5
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    Après la bataille...
    Les adaptateurs à retirer dépendent du protocole utilisé pour le séquençage, il faut donc chercher quels sont ceux qui ont été utilisés dans ton expérience.
    De plus cutadapt n'est pas forcément utile suivant le type de séquences utilisées, est-ce nécessaire dans ton cas ?
    Nous les geeks, c'est pas qu'on a une case en moins, c'est juste qu'on compte à partir de zéro.
    Plus les choses changent, plus elles restent les mêmes

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