Discussion :

[Wassy]

Bonjour tous le monde,

Je débute en perl, et je crois avoir un problème de boucle infinie. Voila j'ai un répertoire dans lequel se trouve des fiches EMBL. Je dois parcourir chaque fiche de mon répertoire pour y extraire le numéro d'accession de mes séquences ainsi que les séquences et le écrire dans un autre fichier.
J'ai donc fais cela:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
 
use warnings;
use strict;
 
my $sequence="";
my $seq; 
my $id;
my $ficheEMBL="ID+fiche";
my $nomFichier="ID+fiche";
my $line="";
 
# ouvre le répertoire contenant toutes les fiches EMBL.txt
opendir(DIR,$ficheEMBL) || die "Impossible d'ouvrir le fichier";
open(OUT, ">totalNumAc+Seq.txt") || die "Impossible d'ouvrir le fichier";
 
while($nomFichier = readdir(DIR))
{
 
	# ouvre chaque fichier comprit dans le repertoire
	open(FILE,$ficheEMBL."/".$nomFichier)||die "Impossible d'ouvrir le fichier";
 
	#regarde s'il y a des fichiers cachés "." ou/et ".." si oui passe les fichiers sans les traiter
	if($nomFichier eq "." or $nomFichier eq "..")
	{
		# permet de passer le fichier
		next;
	}
 
	while ($line = <FILE>) 
	{
 
		if ($line =~ m/^AC\s+(\S+);/m) 
		{ 
		        my $id = $1 ; 
			print OUT ">$id, ";
 
		}
 
		elsif ($line =~ m/^DE\s+([^\n]+)/mg) 
		{
			my $title = $1;
		        print OUT" $title ";
		}
 
		# quand on arrive à la séquence on met $seq à 1
		# afin de récupérer les lignes suivantes
 
		elsif ($line =~ m/^SQ/)
		{
			$seq = 1;
		}
 
		# si $seq est à 1, cela signifie que nous sommes dans la séquence
		# donc on récupère la ligne dans la variable $sequence
 
		elsif ( ($seq) && ($line =~ /([\sa-z]+)\d+/))
		{
			$sequence.= $1; 
			$sequence =~ tr/acgt/ACGT/;
 
		}
 
	} 
	# suppression des espaces 
	$sequence =~ s/\s//g;	 
	print OUT "\n$sequence.";
	close (FILE) || die "Impossible de fermer le fichier";
	exit(0);
}
 
close (OUT)  || die "imposible de fermer le fichier"; 
# ferme le répertoire
closedir (DIR)  || die "Impossible de fermer le répertoire";

Je n'arrive pas à trouver mon erreur, alors si vous avez des conseilles pour moi je suis preneuse

[Lolo78]

Ton répertoire s'appelle "ID+fiche"? Bizarre comme nom de répertoire. Surtout que ton code semple impliquer que le nom de fichier est aussi "ID+fiche". A mon avis, il y a une erreur dès cet endroit;

[Wassy]

Oui je sais les noms ne sont pas très explicite, mais ça ne pose pas de problème dans mon programme. (enfin je crois)
J'ai trouvé une erreur, j'oubliais de remettre $sequence et $seq à 0 ou vide. Mais quand je lance mon programme même si il m'affiche se que je souhaite dans mon fichier il ne me rend pas la main sur le terminal et ne traite pas toutes les fiches de mon répertoire.
Pouvez vous m'aider

[Wassy]

Voici, mon programme:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
 
use warnings;
use strict;
 
 
 
my $sequence="";
my $seq; 
my $id;
my $ficheEMBL="ID+fiche";
my $nomFichier="ID+fiche";
my $line="";
 
# ouvre le répertoire contenant toutes les fiches EMBL.txt
opendir(DIR,$ficheEMBL) || die "Impossible d'ouvrir le fichier";
open(OUT, ">totalNumAc+Seq.txt") || die "Impossible d'ouvrir le fichier";
 
while($nomFichier = readdir(DIR))
{
 
	# ouvre chaque fichier comprit dans le repertoire
	open(FILE,$ficheEMBL."/".$nomFichier)||die "Impossible d'ouvrir le fichier";
	$sequence =""; 
	$seq=0;
	#regarde s'il y a des fichiers cachés "." ou/et ".." si oui passe les fichiers sans les traiter
	if($nomFichier eq "." or $nomFichier eq "..")
	{
		# permet de passer le fichier
		next;
	}
 
	while ($line = <FILE>) 
	{
 
	 	#print "coucou\n";
		if ($line =~ m/^AC\s+(\S+);/m) 
		{ 
		    my $id = $1 ; 
			print OUT ">$id, ";
 
		}
 
		elsif ($line =~ m/^DE\s+([^\n]+)/mg) 
		{
			my $title = $1;
		    print OUT" $title ";
		}
 
		# quand on arrive à la séquence on met $seq à 1
		# afin de récupérer les lignes suivantes
		elsif ($line =~ m/^SQ/)
		{
			$seq = 1;
		}
 
		# si $seq est à 1, cela signifie que nous sommes dans la séquence
		# donc on récupère la ligne dans la variable $sequence
		elsif ( ($seq) && ($line =~ /([\sa-z]+)\d+/))
		{
			$sequence.= $1; 
			$sequence =~ tr/acgt/ACGT/;
 
		}
 
	} 
 
	# suppression des espaces 
	$sequence =~ s/\s//g;	 
	print OUT "\n$sequence\n";
	close (FILE) || die "Impossible de fermer le fichier";
 
}
 
close (OUT)  || die "imposible de fermer le fichier"; 
# ferme le répertoire
closedir (DIR)  || die "Impossible de fermer le répertoire";

[Lolo78]

Une petite erreur de logique. Ton test:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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	if($nomFichier eq "." or $nomFichier eq "..")
	{
		# permet de passer le fichier
		next;
	}

doit être fait avant d'ouvrir le fichier, pas après.

Aussi avant d'ouvrir le fichier j'ajouterais un test éliminant les répertoires ou tout ce qui n'est pas fichier:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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next unless -f $nomFichier;

ce qui, du coup rend le test sur les noms "." et ".." inutile, car "." et '.." ne sont pas des fichiers mais des répertoires.

Il me semble qu'il y a une erreur de logique (si j'en crois le commentaire) ici:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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		elsif ($line =~ m/^SQ/)
		{
			$seq = 1;
		}
 
		# si $seq est à 1, cela signifie que nous sommes dans la séquence
		# donc on récupère la ligne dans la variable $sequence
		elsif ( ($seq) && ($line =~ /([\sa-z]+)\d+/))
		{
			$sequence.= $1; 
			$sequence =~ tr/acgt/ACGT/;
 
		}

mais ce n'est pas cela qui ferait partir ton programme dans une boucle infinie. Si $seq est à 1, tu ne rentres pas dans le elsif qui suit, du moins pas sur la même ligne. Mais je ne suis pas sûr de comprendre ton intention dans ce code.

Essaie déjà de corriger ces trucs, et vois si ça change quelque chose.

[Wassy]

Merci Lolo78,

Je prend note de tes conseilles je vais modifier mon code en conséquence.
Je me suis rendu compte cette après midi, qu'en faite certaine de mes séquence étaient des génomes complet donc c'est pour ça que cela prenait beaucoup de temps, je n'avais pas de boucle infinie.
Encore merci pour d'avoir prit le temps de regarder mon programme