Discussion :

[clmin]

Bonjour,

je cherche un moyen d'obtenir des informations sur mes snp en ne connaissant QUE la position
Pas le NOM/ID/AssessionNB ou quoi que soit d'autre. Juste chr1:123456
Avec cela, j'aimerai connaître au moins:
- le nom du gene (SYMBOL HUGO de preference), ou sinon un quelconque id qui pourrait être converti
- la localisation (intronique, exonique, UTR, ...)
- le transcrit

Essentiellement, il me faudrait quelque chose comme:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
ma_fonction(c("chr1:6528589", "chr1:6529443", "chr1:6529807", "chr1:6529823", "chr1:6530189", "chr1:6530435", "chr1:6530965"))
#donnant en résultat:
chr1:6528589     exon     PLEKHG5     ENST1454541545
chr1:6528589     exon     PLEKHG5     ENST0012313121
chr1:6528589     exon     PLEKHG5     ENST1878978799
chr1:6529443     exon     PLEKHG5     ENST1454555555
chr1:6529443     exon     PLEKHG5     ENST0012313121
chr1:6529443     exon     PLEKHG5     ENST1878978799
chr1:6529807     intron   PLEKHG5     ENST1454541545
chr1:6529807     intron   PLEKHG5     ENST0012313121
chr1:6529807     intron   PLEKHG5     ENST1878978799
chr1:6529823     exon     PLEKHG5     ENST1454541545
chr1:6529823     exon     PLEKHG5     ENST0012313121
chr1:6529823     exon     PLEKHG5     ENST1878978799
chr1:6530189     3UTR     PLEKHG5     ENST1454541545
chr1:6530189     3UTR     PLEKHG5     ENST0012313121
chr1:6530189     3UTR     PLEKHG5     ENST1878978799
chr1:6530435     exon     PLEKHG5     ENST1454541545
chr1:6530435     exon     PLEKHG5     ENST0012313121
chr1:6530435     exon     PLEKHG5     ENST1878978799
chr1:6530965     exon     PLEKHG5     ENST1454541545
chr1:6530965     exon     PLEKHG5     ENST0012313121
chr1:6530965     exon     PLEKHG5     ENST1878978799

Quelqu'un aurai une piste?

Merci!

[Emmanuel R]

Bonsoir,

En imaginant que tes données se trouvent dans un objet noté d et que les codes sont dans la première colonne :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
codes <- c("chr1:6528589", "chr1:6529443", "chr1:6529807", "chr1:6529823", "chr1:6530189", "chr1:6530435", "chr1:6530965")
d[d[,1] %in% codes,]

Bonne soirée.

[clmin]

C'est pas vraiment ce que je demande.
Les SEULES données que j'ai sont mes positions chromosomiques. Ce que je veux, c'est un package pour interroger une base de donnée pour me donner d'autres informations que je n'ai pas.
Dans ton exemple, je N'AI PAS l'objet d.
Aussi, une bdd n'aurait pas chaque position, mais plutôt des segments (chr1:6528000-6529500 au lieu de chr1:6528589), donc %in% ne serait pas marcher dans ce cas.

[Theta]

Tu peux pas récupérer une séquence de quelques dizaines de pb de chaque côté de la position et faire un blast (il existe pas mal d'outils pour ça, y compris avec R)?

[clmin]

Je n'ai pas les séquences non plus.
SEULEMENT les positions (et les changements de nucléotides).

[Theta]

Une position n'a de sens que sur une séquence donnée, à priori un génome de référence.

[clmin]

je connais le génome de référence. C'est possible de le mettre en paramètre.