IdentifiantMot de passe
Loading...
Mot de passe oublié ?Je m'inscris ! (gratuit)
Navigation

Inscrivez-vous gratuitement
pour pouvoir participer, suivre les réponses en temps réel, voter pour les messages, poser vos propres questions et recevoir la newsletter

  1. #1
    Membre actif

    Femme Profil pro
    Consultant en sécurité
    Inscrit en
    juillet 2008
    Messages
    12
    Détails du profil
    Informations personnelles :
    Sexe : Femme
    Localisation : Belgique

    Informations professionnelles :
    Activité : Consultant en sécurité

    Informations forums :
    Inscription : juillet 2008
    Messages : 12
    Points : 237
    Points
    237
    Par défaut Générer un arbre taxonomique sous freemind depuis la base NCBI
    Bonjour,

    Je vous propose un nouvel élément à utiliser : Générer un arbre taxonomique sous freemind depuis la base NCBI

    Petit script pour générer le fichier freemind contenant les taxons indiqués en paramètre...



    Il faut une base mysql en local avec les données du NCBI .

    http://linnaeus.zoology.gla.ac.uk/~rpage/tbmap/downloads/ncbi/

    Qu'en pensez-vous ?

  2. #2
    Rédacteur/Modérateur

    Avatar de Lolo78
    Homme Profil pro
    Conseil - Consultant en systèmes d'information
    Inscrit en
    mai 2012
    Messages
    3 612
    Détails du profil
    Informations personnelles :
    Sexe : Homme
    Localisation : France, Yvelines (Île de France)

    Informations professionnelles :
    Activité : Conseil - Consultant en systèmes d'information
    Secteur : High Tech - Opérateur de télécommunications

    Informations forums :
    Inscription : mai 2012
    Messages : 3 612
    Points : 12 464
    Points
    12 464
    Billets dans le blog
    1
    Par défaut
    Bonsoir,

    A vrai dire, taxonomique, j'ai peut-être une vague idée (encore que...), mais freemind et NCBI, pour moi, c'est du chinois (ou de l'arabe ou de l'hébreu, bref, je ne comprends pas).

    Mais je ne peux que t'encourager vivement si tu contribues à la communauté.

  3. #3
    Membre actif

    Femme Profil pro
    Consultant en sécurité
    Inscrit en
    juillet 2008
    Messages
    12
    Détails du profil
    Informations personnelles :
    Sexe : Femme
    Localisation : Belgique

    Informations professionnelles :
    Activité : Consultant en sécurité

    Informations forums :
    Inscription : juillet 2008
    Messages : 12
    Points : 237
    Points
    237
    Par défaut
    Citation Envoyé par Lolo78 Voir le message
    Bonsoir,

    A vrai dire, taxonomique, j'ai peut-être une vague idée (encore que...), mais freemind et NCBI, pour moi, c'est du chinois (ou de l'arabe ou de l'hébreu, bref, je ne comprends pas).

    Mais je ne peux que t'encourager vivement si tu contribues à la communauté.
    Merci!
    Freemind est un outil pour faire des «mind map» (Carte heuristique - graphique en arbre )... NCBI est un organisme qui propose une base (non représentative) taxonomique [classement en fonction de critères]...
    Perso., je la trouve assez complète même si je suis plus habituée à la représentation LUCA... (Last Universal Common Ancestor).


    Voci un exemple d'extraction montrant les critères communs pour les abeilles-bourdons-guêpes et frelons - même fourmis...
    Nom : Sélection_003.png
Affichages : 680
Taille : 72,0 Ko

    Cette base pourrait servir à faire un arbre phylogénétique complet par exemple (si on a assez de mémoire et l'outil ad oc)...

    ;-)

  4. #4
    Membre actif

    Femme Profil pro
    Consultant en sécurité
    Inscrit en
    juillet 2008
    Messages
    12
    Détails du profil
    Informations personnelles :
    Sexe : Femme
    Localisation : Belgique

    Informations professionnelles :
    Activité : Consultant en sécurité

    Informations forums :
    Inscription : juillet 2008
    Messages : 12
    Points : 237
    Points
    237
    Par défaut Même chose mais en .GML
    Une petite adaptation permet de générer des fichiers .gml (qu'on peut ouvrir avec yEd par exemple)...

    Par contre, c'est tellement simple niveau programmation, que je ne vois pas l'intérêt d'en faire un autre post dans les sources bioinformatique...

    Donc, le voici : ncbi2gml.pl

    Exemple de ce qui est produit sous yEd :
    Nom : Sélection_021.png
Affichages : 581
Taille : 121,2 Ko

Discussions similaires

  1. Réponses: 2
    Dernier message: 28/10/2004, 16h54
  2. [IBEasy] migration sous firebird depuis Interbase
    Par kase74 dans le forum InterBase
    Réponses: 14
    Dernier message: 23/06/2004, 15h56
  3. Sous Word depuis Delphi
    Par alexmorel dans le forum API, COM et SDKs
    Réponses: 9
    Dernier message: 17/06/2004, 12h45
  4. XSL pour visualiser arbre XML sous forme de tableau en HTML
    Par mattmat dans le forum XSL/XSLT/XPATH
    Réponses: 4
    Dernier message: 28/03/2003, 10h55
  5. Réponses: 2
    Dernier message: 26/02/2003, 11h47

Partager

Partager
  • Envoyer la discussion sur Viadeo
  • Envoyer la discussion sur Twitter
  • Envoyer la discussion sur Google
  • Envoyer la discussion sur Facebook
  • Envoyer la discussion sur Digg
  • Envoyer la discussion sur Delicious
  • Envoyer la discussion sur MySpace
  • Envoyer la discussion sur Yahoo