Discussion :

[dgxn88]

Bonjour tout le monde,

Je cherche à compter des tâches sur des photos de poissons. Pour ceci, j'ai enregistré une macro que j'ai ensuite modifié pour que ça analyse en "batch mode", càd que quand je lance la macro, ImageJ me demande de sélectionner un dossier de photos et la macro analyse les photos de ce dernier. Cependant j'ai un problème que je n'arrive pas à résoudre: la fenêtre summary s'ouvre pour chaque photos analysée et se referme aussi tôt l'analyse de la photo suivante commencée. De ce fait, je n'ai pas le summary complet de toute l'analyse mais seulement de la dernière photo analysée.

Est-ce que l'un d'entre vous a déjà rencontré ce problème ou saurait me conseillé? Merci beaucoup.

Pour ma part, je suis nouveau ici et débutant. Je viens de commencer un doctorat en biologie et vais être amené à utiliser souvent ImageJ dans mes recherches.

Voici le code que j'utilise:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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// "BatchProcessFolders"
//
// This macro counts all the files in a folder and any
// subfolders in that folder.
 
   dir = getDirectory("Choose a Directory ");
   setBatchMode(true);
   count = 0;
   countFiles(dir);
   n = 0;
   processFiles(dir);
   //print(count+" files processed");
 
   function countFiles(dir) {
      list = getFileList(dir);
      for (i=0; i<list.length; i++) {
          if (endsWith(list[i], "/"))
              countFiles(""+dir+list[i]);
          else
              count++;
      }
  }
 
   function processFiles(dir) {
      list = getFileList(dir);
      for (i=0; i<list.length; i++) {
          if (endsWith(list[i], "/"))
              processFiles(""+dir+list[i]);
          else {
             showProgress(n++, count);
             path = dir+list[i];
             processFile(path);
          }
      }
  }
 
  function processFile(path) {
       if (endsWith(path, ".JPG")) {
           open(path);
//setTool("rectangle");
makeRectangle(4, 976, 5468, 2296);
run("Crop");
run("Set Scale...", "distance=720.01 known=10 pixel=1 unit=cm global");
run("Split Channels");
run("Close");
run("Close");
run("Enhance Contrast...", "saturated=0.8 normalize");
setAutoThreshold("Default");
//run("Threshold...");
setOption("BlackBackground", false);
run("Convert to Mask");
run("Analyze Particles...", "size=0.012-0.12 circularity=0.50-1.00 show=Nothing  summarize ");
      }
  }

[Tchoukatroc]

Bonjour,

Le problème vient peut-être de la fonction setBatchMode. Essaye pour voir de la supprimer, ou alors de rajouter setBatchMode("exit and display") après la fonction processFile(dir).
Si ça ne marche pas, tu peux enregistrer chaque summary dans un dossier en plaçant ce code après run("Analyze Particles...", "size=0.012-0.12 circularity=0.50-1.00 show=Nothing summarize ");

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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selectWindow("Summary");
save(path);
run("Close");

[dgxn88]

Super merci ça a marché!

En plus sans ça, je vois ce que Imagej fais sur les images et je peux mieux ajuster les paramètres d'analyses. Merci beaucoup!