Question à propos du test kruskal-Wallis et du test post-hoc "kruskalmc"

**Romain__M** · 08/06/2015, 16h35

Bonjour à tous chers utilisateurs de R,

J'ai une question qui n'est pas réellement un problème de script mais plutôt une question d'ordre général sur le résultat de mon "kruskalmc":

Lorsque je réalise mon kruskal.test j'obtiens une p-value de 0.001752, je veux donc savoir au sein de quels groupes se situent les différences significatives et pour cela j'ai choisi d'utiliser le test post-hoc "kruskalmc" mais là petit problème: je ne vois aucune différence significative !

Quelqu'un pourrait-il m'éclairer ?

Merci d'avance,

Romain.

**A. D.** · 09/06/2015, 15h00

Bonjour,

Je n'ai malheureusement pas la réponse à votre question (qui ne concerne pas tout à fait R directement...), mais peut-être pourriez-vous poster l'exemple de code et les résultats obtenus qui vous posent problème ?

Bonne continuation

Cordialement,

A.D.

**Romain__M** · 09/06/2015, 17h13

Bonjour A.D,

Merci beaucoup d'avoir pris le temps de me répondre !

Voici un extrait de mon jeu de données:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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nom	annee	passage	NNH4	NNO2	NNO3	Classe_herbiers
A	2014	E01	0,041118421	0,003043478	0,022580645	1
A	2014	E02	0,041118421	0,003043478	0,022580645	1
A	2014	E03	0,041118421	0,003043478	0,022580645	1
A	2014	E04	0,041118421	0,003043478	0,022580645	1
A	2014	E05	0,041118421	0,006086957	0,022580645	1
A	2014	E06	0,041118421	0,003043478	0,022580645	1
A	2014	E07	0,041118421	0,006086957	0,022580645	1
A	2014	E08	0,131578947	0,009130435	0,022580645	1
A	2014	E09	0,090460526	0,012173913	0,022580645	1
A	2014	E10	0,370065789	0,006086957	0,022580645	1
B	2014	E01	0,041118421	0,003043478	0,022580645	1
B	2014	E02	0,041118421	0,003043478	0,022580645	1
B	2014	E03	0,041118421	0,003043478	0,022580645	1
B	2014	E04	0,065789474	0,003043478	0,022580645	1
B	2014	E05	0,057565789	0,003043478	0,022580645	1
B	2014	E06	0,246710526	0,003043478	0,022580645	1
B	2014	E07	0,041118421	0,003043478	0,022580645	1
B	2014	E08	0,041118421	0,003043478	0,022580645	1
B	2014	E09	0,041118421	0,003043478	0,022580645	1
B	2014	E10	0,148026316	0,003043478	0,022580645	1
C 	2014	E01	0,082236842	0,003043478	0,022580645	1
C 	2014	E02	0,205592105	0,006086957	0,022580645	1
C 	2014	E03	0,090460526	0,006086957	0,022580645	1
C 	2014	E04	0,148026316	0,006086957	0,022580645	1
C 	2014	E05	0,78125	0,009130435	0,022580645	1
C 	2014	E06	1,340460526	0,01826087	0,022580645	1
C 	2014	E07	0,238486842	0,01826087	0,022580645	1
C 	2014	E08	0,082236842	0,003043478	0,022580645	1
C 	2014	E09	0,287828947	0,012173913	0,022580645	1
C 	2014	E10	0,041118421	0,003043478	0,022580645	1
G	2014	E01	0,057565789	0,003043478	0,022580645	3
G	2014	E02	0,041118421	0,003043478	0,022580645	3
G	2014	E03	0,041118421	0,003043478	0,022580645	3
G	2014	E04	0,041118421	0,003043478	0,022580645	3
G	2014	E05	0,041118421	0,003043478	0,022580645	3
G	2014	E06	0,049342105	0,003043478	0,022580645	3
G	2014	E07	0,041118421	0,003043478	0,022580645	3
G	2014	E08	0,041118421	0,003043478	0,022580645	3
G	2014	E09	0,041118421	0,003043478	0,022580645	3
G	2014	E10	0,041118421	0,003043478	0,022580645	3
H	2014	E01	0,049342105	0,003043478	0,022580645	2
H	2014	E02	0,164473684	0,003043478	0,022580645	2
H	2014	E03	0,041118421	0,003043478	0,022580645	2
H	2014	E04	0,337171053	0,003043478	0,022580645	2
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H	2014	E06	0,304276316	0,01826087	0,022580645	2
H	2014	E07	0,057565789	0,003043478	0,022580645	2
H	2014	E08	0,106907895	0,003043478	0,022580645	2
H	2014	E09	0,041118421	0,003043478	0,022580645	2
H	2014	E10	0,049342105	0,003043478	0,022580645	2
I	2014	E01	0,041118421	0,003043478	0,04516129	2
I	2014	E02	0,041118421	0,003043478	0,022580645	2
I	2014	E03	0,106907895	0,003043478	0,022580645	2
I	2014	E04	0,057565789	0,003043478	0,022580645	2
I	2014	E05	0,090460526	0,003043478	0,022580645	2
I	2014	E06	0,090460526	0,003043478	0,022580645	2
I	2014	E07	0,041118421	0,003043478	0,022580645	2
I	2014	E08	0,106907895	0,003043478	0,022580645	2
I	2014	E09	0,041118421	0,003043478	0,022580645	2
I	2014	E10	0,065789474	0,003043478	0,022580645	2
J	2014	E01	0,041118421	0,003043478	0,022580645	3
J	2014	E02	0,427631579	0,006086957	0,022580645	3
J	2014	E03	0,402960526	0,003043478	0,022580645	3
J	2014	E04	0,78125	0,003043478	0,022580645	3
J	2014	E05	0,699013158	0,009130435	0,022580645	3
J	2014	E06	0,394736842	0,009130435	0,04516129	3
J	2014	E07	0,041118421	0,003043478	0,022580645	3
J	2014	E08	0,049342105	0,003043478	0,022580645	3
J	2014	E09	0,049342105	0,003043478	0,022580645	3
J	2014	E10	0,041118421	0,003043478	0,022580645	3
K	2014	E01	0,131578947	0,003043478	0,04516129	3
K	2014	E02	0,049342105	0,003043478	0,022580645	3
K	2014	E03	0,041118421	0,003043478	0,022580645	3
K	2014	E04	0,065789474	0,003043478	0,022580645	3
K	2014	E05	0,074013158	0,003043478	0,022580645	3
K	2014	E06	0,254934211	0,003043478	0,022580645	3
K	2014	E07	0,041118421	0,003043478	0,022580645	3
K	2014	E08	0,041118421	0,003043478	0,022580645	3
K	2014	E09	0,041118421	0,003043478	0,022580645	3
K	2014	E10	0,041118421	0,003043478	0,022580645	3
L	2014	E01	0,041118421	0,003043478	0,022580645	2
L	2014	E02	0,189144737	0,003043478	0,022580645	2
L	2014	E03	0,074013158	0,003043478	0,04516129	2
L	2014	E04	0,041118421	0,003043478	0,022580645	2
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L	2014	E06	0,090460526	0,003043478	0,022580645	2
L	2014	E07	0,041118421	0,003043478	0,022580645	2
L	2014	E08	0,041118421	0,003043478	0,022580645	2
L	2014	E09	0,041118421	0,003043478	0,022580645	2
L	2014	E10	0,041118421	0,003043478	0,022580645	2
M	2014	E01	0,041118421	0,003043478	0,022580645	1
M	2014	E02	0,041118421	0,003043478	0,022580645	1
M	2014	E03	0,041118421	0,003043478	0,022580645	1
M	2014	E04	0,041118421	0,003043478	0,022580645	1
M	2014	E05	0,049342105	0,003043478	0,022580645	1
M	2014	E06	0,049342105	0,003043478	0,022580645	1
M	2014	E07	0,041118421	0,003043478	0,022580645	1
M	2014	E08	0,041118421	0,003043478	0,022580645	1
M	2014	E09	0,041118421	0,003043478	0,022580645	1
M	2014	E10	0,041118421	0,003043478	0,022580645	1
N	2014	E01	0,041118421	0,003043478	0,496774194	2
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N	2014	E03	0,041118421	0,003043478	0,022580645	2
N	2014	E04	0,041118421	0,003043478	0,383870968	2
N	2014	E05	0,057565789	0,003043478	0,022580645	2
N	2014	E06	0,041118421	0,003043478	0,022580645	2
N	2014	E07	0,041118421	0,003043478	0,022580645	2
N	2014	E08	0,041118421	0,003043478	0,022580645	2
N	2014	E09	0,049342105	0,003043478	0,022580645	2
N	2014	E10	0,041118421	0,003043478	0,022580645	2
O	2014	E01	0,238486842	0,006086957	0,022580645	1
O	2014	E02	0,254934211	0,006086957	0,022580645	1
O	2014	E03	0,041118421	0,003043478	0,022580645	1
O	2014	E04	0,041118421	0,003043478	0,022580645	1
O	2014	E05	0,041118421	0,003043478	0,022580645	1
O	2014	E06	0,082236842	0,003043478	0,022580645	1
O	2014	E07	0,049342105	0,003043478	0,022580645	1
O	2014	E08	0,041118421	0,003043478	0,022580645	1
O	2014	E09	0,213815789	0,006086957	0,022580645	1
O	2014	E10	0,082236842	0,009130435	0,022580645	1
P	2014	E01	0,041118421	0,003043478	0,022580645	2
P	2014	E02	0,041118421	0,003043478	0,022580645	2
P	2014	E03	0,041118421	0,003043478	0,022580645	2
P	2014	E04	0,041118421	0,003043478	0,022580645	2
P	2014	E05	0,082236842	0,003043478	0,022580645	2
P	2014	E06	0,139802632	0,003043478	0,022580645	2
P	2014	E07	0,041118421	0,003043478	0,022580645	2
P	2014	E08	0,213815789	0,003043478	0,022580645	2
P	2014	E09	0,041118421	0,003043478	0,022580645	2
P	2014	E10	0,090460526	0,003043478	0,022580645	2
Q	2014	E01	0,041118421	0,006086957	0,022580645	1
Q	2014	E02	0,074013158	0,003043478	0,022580645	1
Q	2014	E03	0,041118421	0,003043478	0,022580645	1
Q	2014	E04	0,131578947	0,003043478	0,022580645	1
Q	2014	E05	0,041118421	0,003043478	0,022580645	1
Q	2014	E06	0,041118421	0,003043478	0,022580645	1
Q	2014	E07	0,041118421	0,003043478	0,022580645	1
Q	2014	E08	0,090460526	0,003043478	0,022580645	1
Q	2014	E09	0,057565789	0,003043478	0,022580645	1
Q	2014	E10	0,065789474	0,003043478	0,022580645	1
R 	2014	E01	0,041118421	0,003043478	0,022580645	3
R 	2014	E02	0,131578947	0,003043478	0,022580645	3
R 	2014	E03	2,796052632	0,003043478	0,090322581	3
R 	2014	E04	3,289473684	0,006086957	0,022580645	3
R 	2014	E05	4,6875	0,006086957	0,022580645	3
R 	2014	E06	3,519736842	0,027391304	0,090322581	3
R 	2014	E07	0,041118421	0,19173913	0,248387097	3
R 	2014	E08	0,049342105	0,003043478	0,022580645	3
R 	2014	E09	0,041118421	0,003043478	0,022580645	3
R 	2014	E10	0,041118421	0,003043478	0,022580645	3
T 	2014	E01	0,041118421	0,003043478	0,022580645	3
T 	2014	E02	0,041118421	0,003043478	0,022580645	3
T 	2014	E03	0,041118421	0,003043478	0,022580645	3
T 	2014	E04	0,041118421	0,003043478	0,022580645	3
T 	2014	E05	0,074013158	0,003043478	0,022580645	3
T 	2014	E06	0,057565789	0,003043478	0,022580645	3
T 	2014	E07	0,041118421	0,003043478	0,022580645	3
T 	2014	E08	0,041118421	0,003043478	0,022580645	3
T 	2014	E09	0,041118421	0,003043478	0,022580645	3
T 	2014	E10	0,065789474	0,003043478	0,022580645	3
U	2014	E01	0,041118421	0,003043478	0,022580645	3
U	2014	E02	0,197368421	0,003043478	0,022580645	3
U	2014	E03	0,041118421	0,003043478	0,022580645	3
U	2014	E04	0,041118421	0,003043478	0,022580645	3
U	2014	E05	0,041118421	0,003043478	0,022580645	3
U	2014	E06	0,041118421	0,003043478	0,022580645	3
U	2014	E07	0,041118421	0,003043478	0,022580645	3
U	2014	E08	0,041118421	0,003043478	0,022580645	3
U	2014	E09	0,115131579	0,003043478	0,022580645	3
U	2014	E10	0,189144737	0,003043478	0,022580645	3

Et le script associé:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
data$Classe_herbiers <- as.factor(data$Classe_herbiers)
 
shapiro.test(data$NNO2)
 
bartlett.test(NNO2 ~ Classe_herbiers, data=data)
 
kruskal.test(NNO2 ~ Classe_herbiers, data=data)
 
## charger package "pgirmess"
 
kruskalmc(NNO2 ~ Classe_herbiers, data=data)

Je ne pense pas avoir fait d'erreur en choisissant cette méthode si ?

En vous remerciant d'avance pour votre aide,

Cordialement,

Romain.

**sesenuccia** · 10/06/2015, 08h34

Bonjour Romain,

Je ne suis pas experte mais je ne pense pas qu'il y ait d'erreur dans ton script.
Avez-vous essayé de réaliser un autre test posthoc que kruskalmc ?

Pour ma part, j'utilise plus souvent le test suivant :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

pairwise.wilcox.test(NNO2,classe_herbiers,p.adj="bonf")

En espérant que ça puisse vous être utile.

Cordialement,

Serena

**Romain__M** · 10/06/2015, 10h12

Merci beaucoup sesenuccia ! Avec ta méthode, R décèle effectivement une différence significative entre mes classes 1 et 2 !
Je ne comprends pas trop pourquoi je n'obtiens pas la même chose avec kruskalmc (il serait sûrement plus judicieux que je fasse ces tests directement sur les moyennes par étangs (A, B, [...], U.)), je ré-essaierai en faisant ça au cas où !

En tout cas merci beaucoup pour ton aide, le principal c'est que ça fonctionne maintenant !

Bonne continuation,

Romain.

Question à propos du test kruskal-Wallis et du test post-hoc "kruskalmc"

R

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