Discussion :

[VictorBarcelone]

Bonjour à tous,

Je suis Victor, étudiant en master dans le domaine sciences du végétale. J'aurai besoin de vos conseils sur la création du Macro ImageJ étant donné que je ne connais pas ce langage. Je vous donne le contexte de mon étude. Je voudrai quantifier le % de couverture d'une parcelle. Pour ce-là j'ai déterminé la surface non occupé, la surface occupé et la surface total de ma photo.
Plus particulièrement j'ai besoin d'exporter le tableau de résultats ROI sur un fichier Excel, afin d’obtenir 1 ligne( image1) et 4 colonnes: Label / Surface noir / Surface végétale / Surface total ; ainsi qu'avoir une 5ème colonne avec un calcul automatique du % de couverture (rapport entre surface végétale divisé par la surface total). J'ai absolument besoin de passer par une macro mais je ne connais pas ce langage, et du coup j'y arrive pas du tout.

Est-ce que quelqu'un pourrait m'aider ?

Voici ma petit macro ainsi qu'une des photos à traiter:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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run("Channels Tool...");
run("Make Composite");
Stack.setDisplayMode("grayscale");
Stack.setChannel(2);
setAutoThreshold("Default");
//run("Threshold...");
setThreshold(0, 25);
run("Convert to Mask", "method=Default background=Light");
run("Create Selection");
run("ROI Manager...");
roiManager("Add");
run("Make Inverse");
roiManager("Add");
run("Select All");
roiManager("Add");
roiManager("Measure");

Voici l'une des photos à traiter:

Pièce jointe 176381Pièce jointe 176381

Je m'excuse d'avance si je fais des fautes d'orthographe mais je suis espagnol et ça fait que 5 mois que j'habite en France...

En vous remerciant par avance pour votre aide.

A bientôt,

Victor.

[ToTo13]

Quels résultats ?
Qu'as tu calculé dans ta ROI ?

[VictorBarcelone]

Quels résultats ?
Qu'as tu calculé dans ta ROI ?

Bonjour,

Je vous donne le contexte de mon étude. Je voudrai quantifier le % de couverture d'une parcelle. Pour ce-là j'ai déterminé la surface non occupé, la surface occupé et la surface total de ma photo.

Plus particulièrement j'ai besoin d'exporter le tableau de résultats ROI sur un fichier Excel, afin d’obtenir 1 ligne par chaque image et 4 colonnes: Label / Surface noir / Surface végétale / Surface total ; ainsi qu'avoir une 5ème colonne avec un calcul automatique du % de couverture (rapport entre surface végétale divisé par la surface total). J'ai absolument besoin de passer par une macro mais je ne connais pas ce langage, et du coup je n’y arrive pas du tout.

En vous remerciant par avance pour votre aide. Muchas gracias.

Victor.

[Tchoukatroc]

Bonjour,

Si tu sauvegardes ton fichier results de ImageJ, tu pourras l'ouvrir directement avec Excel. Dans les anciennes versions de ImageJ, le fichier results était enregistré sous format texte .txt que tu peux ouvrir avec Excel grâce à la fonction import de Excel. La version actuelle 1.49r enregistre ton fichier results en format .xls que tu peux donc ouvrir directement avec Excel.

Cordialement,

Cédric

[ToTo13]

+1 pour le fichier sauvegardé en texte, mais j'ai l'impression qu'il n'en est pas encore là.

j'ai déterminé la surface non occupé, la surface occupé et la surface total de ma photo.
...
Label / Surface noir / Surface végétale / Surface total

As tu utilisé une commande particulière pour cela ?
Est ce qu'elle te renvoie déjà un tableau de mesures ?
Ou tu as réussi à faire une segmentation et tu souhaites maintenant faire les mesures.

[Michel Bolivia]

Bonjour,

Je vous donne le contexte de mon étude. Je voudrai quantifier le % de couverture d'une parcelle. Pour ce-là j'ai déterminé la surface non occupé, la surface occupé et la surface total de ma photo.

Plus particulièrement j'ai besoin d'exporter le tableau de résultats ROI sur un fichier Excel, afin d’obtenir 1 ligne par chaque image et 4 colonnes: Label / Surface noir / Surface végétale / Surface total ; ainsi qu'avoir une 5ème colonne avec un calcul automatique du % de couverture (rapport entre surface végétale divisé par la surface total). J'ai absolument besoin de passer par une macro mais je ne connais pas ce langage, et du coup je n’y arrive pas du tout.

En vous remerciant par avance pour votre aide. Muchas gracias.

Victor.

Buenos dias Victor,

Por favor nos podrias entregar tu macro ImageJ para facilitar la quantification du % de couverture de parcelle.

En effet, nous voulons standardiser notre évaluation du couvert végétal du sol par le blé ceci de l'évaluation d'une core collection/coleccion nucleo jusqu'à l'évaluation de lignées en cours de sélection.

D'avance un grand merci.

Muy atte.

Michel
(Santa Cruz de la Sierra, Bolivia)