Bonjour,
On me demande s'il est possible d'utiliser le filtre d'espèces du logiciel Mascot (Matrixscience) les bases NCBInr et Uniref100. Pour info, Mascot, est utilisé pour la spectrométrie de masse et les séquences utilisées sont protéiques.
Or, d'après ce que j'ai lu, ces bases sont non redondantes, c'est à dire qu'elles clusturisent sous une seule séquence de référence toutes les séquences identiques.
Par exemple (toujours si j'ai bien compris) si la même séquence est présente chez l'humain et la souris, une seule de ces 2 entrées sera présente dans la base (mettons la souris pour l'exemple).
Dans ce contexte, je me demande l'intérêt d'avoir un filtre d'espèces. Est-ce si on positionne le filtre de Mascot sur Humain, la séquence précédente va remonter? Mascot fait-il un lien externe à la base de donnée pour retrouver cette information ou l'information est-elle tout bonnement perdue?
Merci d'avance à ceux qui pourraient m'aider.
Pierre
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