Discussion :

[clmin]

Bonjour,

je souhaiterai travailler sur des fichiers BAM, de préférence en perl. Pour cela, j'ai voulu installer Bio-SamTools, qui est a priori exactement ce qu'il me faut.
Malheureusement au cours de l'installation du module, on me demande

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

Please enter the location of the bam.h and compiled libbam.a files:

Gné? Ca m'a pris un peu de temps à réaliser qu'il falait d'abord installer SamTools.

Bon ok, je télécharge Samtools, et c'est là que commencent mes ennuis. Outre le fait que le dossier téléchargé ne comporte rien qui ressemble de près ou de loin à un exécutable, absolument tout les tuto d'installation que j'ai pu trouver sur internet concernent UNIX. Or, je suis sous windows. J'ai fini par trouver une version de SamTools sur le site BOW (Bioinformatics On Windows), mais le dossier téléchargé ne comporte que 4 exécutables, ce qui est certes utile car je vais pouvoir utiliser SamTools (ce dont je n'avais pas particulièrement besoin, mais bon), mais ne règle pas mon problème d'installation de Bio-SamTools.
Y a-t-il quelque chose que je puisse faire?

[Gardyen]

tu peux installer un environnement Unix sous windows avec par exemple Cygwin, et chercher à installer à l'intérieur ?

sinon tu peux décompresser les BAM en SAM et créer ton propre parser, mais ça demande un peu de temps pour se familiariser avec le format...

Bon courage !

[clmin]

Merci Gardyen, je vais essayé. Je verrai si un environnement UNIX sous windows est suffisant pour l'installation de Bio-SamTools.
Sinon, je ferai mes propres fonctions.