Discussion :

[olivier0112]

Bonjour à tous,
je débute dans la bioinformatique et j'aurais besoin de votre aide,
voilà le problème: je dispose d'un fichier fasta contenant une 100 ene de séquences de type CRISPR (DR et Spacer). J'aimerai pouvoir les poster sur un site qui propose une base de donnée afin de les identifier. Cependant le site n'accepte qu'une seule séquence à la fois. Désirant automatiser tout ça je me tourne vers vous.
J'avais dans l'idée de réaliser une boucle et d'envoyer comme ça plusieurs requêtes HTTP, seulement je ne sais pas trop comment m'y prendre. Quelqu'un pourrait il m'aiguiller ?
merci d'avance.

[Gardyen]

de quel site parles-tu ?

as-tu essayé Ensembl (limité à 30) ou NCBI ?

[olivier0112]

de quel site parles-tu ?

as-tu essayé Ensembl (limité à 30) ou NCBI ?

salut,
le site web que je veux utilisé possède une data base bien particulière (DB de CRISPR), passer par le blast du NCBI ou ensemble ne donne rien de pertinent.

[Gardyen]

es-tu sûr que tu ne peux ne soumettre qu'une seule séquence ? la plupart des sites laisse l'option d'en soumettre plusieurs, fais des tests !

ensuite tu peux récupérer la base de données et faire ton blast en local, mais ça dépend de la taille et de l'accessibilité de la base, ainsi que de ta puissance de calcul.

évidemment tu peux soumettre des requêtes http (avec le module LWP::Simple par exemple), mais il existe la plupart du temps des moyens plus rapides que le manuel.

[olivier0112]

salut
oui je suis certain qu'il n y est d'autre moyen
la base de donnée n'est pas téléchargeable (ça aurait été trop simple)
et la recherche ne se fait qu'a partir d'une seul séquence et impossible de lui donner en entré un fichier Fasta de plus d'une seq
j'ai déjà tout essayer, c est pour cela que je me tourne vers l 'envoie de requete