Discussion :

[AntoineUCSD]

Bonjour
Je travaille sur des analyses evolutives phylogenetiques de type bayesienne avec notamment des software comme beast et j'aurais besoin d'aide pour adapter un script perl afin de retravailler un des fichiers obtenus (fichier txt).
A partir de ce type de fichier en PJ 'history.txt'


Je souhaiterais obtenir un fichier final organisé de la sorte (4 colonnes: from - to - time - states)
from to time states
A B 69.381812150211935 500000

Mais le script supprime la colonne 'states'???


Le script en question:

#!/usr/bin/perl

$num_args = $#ARGV + 1;
if (($num_args != 1) && ($num_args != 3)) {
print "Usage: collect_times <burning #> [from_state] [to_state]\n";
exit(-1);
}

$burn_in = $ARGV[0];
$print_all = 1;
if ($num_args == 3) {
$print_all = 0;
$from = $ARGV[1];
$to = $ARGV[2];
} else {
$from = "ALL";
$to = "ALL";
}

print STDERR "Removing states < $burn_in as burn in.\n";
print STDERR "Recording jumps from $from to $to.\n";

for ($i = 0; $i < 3; $i++) {
$line = <STDIN>;
}

print "from\tto\ttime\n";
while($line = <STDIN>) {
chomp($line);
($state, $count, $jumpf) = split('\t',$line,3);
if ($state >= $burn_in) {
$jumpf =~ s/\{//;
$jumpf =~ s/\}//;
@jumps = split(',',$jumpf);
$n_jumps = scalar(@jumps);
for ($i = 0; $i < $n_jumps; $i++) {
$tmp = $jumps[$i];
$tmp =~ s/\[//;
$tmp =~ s/\]//;
@info = split(':',$tmp);
$info[2] =~ s/\s\d+$//;
if (
($print_all == 1) ||
(($info[0] eq $from) && ($info[1] eq $to))
) {
print "$info[0]\t$info[1]\t$info[2]\n";
}
}
}
}



Merci beaucoup pour votre aide!!!
Amicalement,

[Gardyen]

Bonjour,
premier point, pour afficher du code utilise la balise code (#) pour le rendre plus lisible

ensuite j'ai pu noter que le fichier que tu as joint ne correspond pas aux traitements que tu exécutes, par exemple

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
$tmp =~ s/\[//;
$tmp =~ s/\]//;
@info = split(':',$tmp);

alors qu'il n'y a ni crochets, ni : dans tes données ?

[AntoineUCSD]

Merci de votre aide.
Ce que je ne comprends pas, c'est que lorsque j'execute la commande, j'obtiens ou fichier intermediaire assez proche de ce que je souhaiterais (attached) mais l'annotation 'states' est supprimée. Effectivement le '{' semble egalement etre un probleme secondaire dans ce script.
Auriez vous une idée pour l'adapter?

Merci bcp et bonne journée,

[Gardyen]

tu récupères state à cette ligne

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

($state, $count, $jumpf) = split('\t',$line,3);

, mais quand tu affiches les info, tu n'affiches pas $state

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

print "$info[0]\t$info[1]\t$info[2]\n";

De plus il faudrait revoir le découpage de $jumpf, comme je l'ai précisé dans le premier message. Regarde du côté des expressions régulières cf FAQ

[AntoineUCSD]

Merci beaucoup.
Je vais revoir mes 'basiques' mais ces conseils devraient bcp m'aider.

Bonne journée,