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Bioinformatique Perl Discussion :

Statistics::Basic et récupération de valeurs


Sujet :

Bioinformatique Perl

  1. #1
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    Par défaut Statistics::Basic et récupération de valeurs
    Bonjour,
    Je souhaite effectuer quelques statistiques sur un jeu de données et pour cela j'utilise le module Statistics::Basic. Mais, je n'arrive pas à stocker les valeurs des résultats dans un hash. Voici le bout de code:

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    10
     
    use Statistics::Basic qw(:all);
     
    my %cand_pkamean;
    foreach my $cand (keys %cand_pka)
    {
        my $vector_pka=$cand_pka{$cand};
        my $mean= mean($vector_pka);
        %{$cand_pkamean{$cand}}=$mean;
    }
    %cand_pka contient des listes de valeurs (pour chaque $cand) dont je souhaite calculer la moyenne. Je souhaite ensuite stoker cette moyenne dans un nouveau hash (clé=$cand, valeur=moyenne calculée).
    Si j'affiche le contenu de ce nouveau hash (%cand_pkamean) avec Dumper, j'obtiens l'affichage d'un hash de hash:

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    9
     
    $VAR1 = {
              '103904783_entry_00001_conf_01' => {
                                                   '7' => undef
                                                 },
              '103905032_entry_00001_conf_01' => {
                                                   '5.5' => undef
                                                 }
            };
    Or j'aimerais seulement un hash de cette forme:

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    5
     
    $VAR1 = {
              '103904783_entry_00001_conf_01' => '7',
              '103905032_entry_00001_conf_01' => '5.5'
            };
    Quelqu'un peut-il m'aider s'il-vous-plait? Merci beaucoup.

  2. #2
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    Avatar de Lolo78
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    Si j'ai bien compris, remplace simplement la ligne où tu alimentes ton hash de moyennes:
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    2
     
    %{$cand_pkamean{$cand}}=$mean;
    par la ligne suivante:

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    1
    2
     
    $cand_pkamean{$cand} = $mean;
    ce qui te donnera un hash simple.

  3. #3
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    Merci beaucoup Lolo78!
    C'était tout bête finalement :/ ... Je me mélange un peu

    Par contre, le Dump du coup affiche tout l'objet. Pour n'avoir que la moyenne dans la valeur de %cand_pkamean, il faut écrire:

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    $cand_pkamean{$cand}=$mean->query;
    encore merci

  4. #4
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    N'oubliez pas le tag .
    Sinon un module de statistic sympa : Statistics::Descriptive.

  5. #5
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    oui, merci!

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