Discussion :

[Kinethe]

j'ai tapé un code qui me permedt de compter le nombre de chevron ">" dans un fichier fasta

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl -w
## marche bien , ne compte que les > chevrons en debut de ligne
## si>>>>> alors c'est égal à 1 >
use strict;
 
my $fichier;
my $sequence;
my $chevron=0;
my @table;
my $tot=0;
my $i=0;
 
print "\nChemin du fichier a traiter : ";
chomp ($fichier = <STDIN>); 
 
open (FIC , "$fichier") || die "Probleme d'ouverture: $!"; 
while ($sequence = <FIC>) 
{ 
chomp $sequence;
push (@table, $sequence);
}
$tot=(scalar @table);
close FIC;
 
while ($i< $tot)
{
#print "$table[$i]\n";
while ($table[$i]=~ /^>/g) { $chevron =$chevron+1; }
$i++;
}
print "\nNombre de chevron $chevron\n";

ce code marche très bien,
maintenant j'aimeerai pouvoir compter le nb de retour à la ligne mais je n'y arrive pas!

j'ai remplacer

while ($table[$i]=~ /^>/g) { $chevron =$chevron+1; }

par

while ($table[$i]=~ /\n/g) { $chariot =$chariot+1; }

mais ca ne donne rien.....est-ce qu'il faut ajouter des caractères d'échappement pour le "\n"?

comment faire?

merci
:o :o :o

[fsapet]

salut,

tu cherches a compter le nombre de sequences dans un fichier FASTA ?


et compter le nombre de \n, ca revient a compter le nombre de lignes non ? ( je pense que ca revient au meme, si ton \n est bien le caractere de fin de ligne)

alors pour compter les lignes d'un fichier, on trouve la recette sur un bouquin Oreilly

$compte += tr/\n/\n/ while sysread(FILE, $_, 2 ** 16);

FILE est le descripteur qui pointe sur ton fichier


voila

ps : pense a BIOPERL

[Kinethe]

merci! ca fonctionne, tu as raison c'est plus simple de compter les lignes.

par curieusité, je peux te demander à quoi sert :

$compte += tr/\n/\n/ while sysread(FIC, $_, 2 ** 16);

notament les deux retour chariot côte à côte ( pourquoi un seul ne suffit pas?), le 2**16 et le sysread.

Kinethe

[fsapet]

resalut

j'ai trouver cette recette dans un bouquin (perl en action, cookbook en anglais, qui contient un ensemble de solutions commentees a des problemes plus ou moins simples, que tout programmeur aura a resoudre)

donc voici ce que j'ai compris :

sysread parcours le fichier (boucle while) et lit la variable $_ (2 ** 16 correspond a la taille limite de $_ )

ensuite pour chaque ligne lu tu fait tr/\n/\n/, qui remplace en fait \n par \n , en clair ca ne fait rien (on remplace par la meme valeur), saut que ca renvoie 1 quand ca effectue un remplacemet donc ceal permet de compter les lignes et d'incrementer $compte

voila ce que j'ai compris, mais je ne suis pas un expert alors si quelqu'un a des complements a apporter....

[Kinethe]

merci tes explications sont très claires!