Discussion :

[vidici]

je ne comprends pas vraiment l'énoncé du problème, mais s'il sagit d'essayer d'imiter le coté aléatoire d'un phénomène naturel, alors il faudrait couper selon une plage d'aléatoire et recommencer l'opération autant de fois que nécessaire, jusqu'a obtenir la moyenne voulue.
je pense

[6ril23]

je ne comprends pas vraiment l'énoncé du problème, mais s'il sagit d'essayer d'imiter le coté aléatoire d'un phénomène naturel, alors il faudrait couper selon une plage d'aléatoire et recommencer l'opération autant de fois que nécessaire, jusqu'a obtenir la moyenne voulue.
je pense

en fait, si j'ai bien compris, Isabella cherche à créer des séquences aléatoires afin de pouvoir faire les même traitements que sur son jeu de données réelles.
Ainsi tu peux trouver les résultats sur/sous-exprimés par rapports à quelque chose d'aléatoire et donc potentiellement intéressant à étudier

[Lolo78]

heu ça me parait pas foncièrement différent de ce que je fais: le désaventage de ta méthode, tu vas devoir tester que la sous séquence ne dépasse pas de chaque côté de la séquence.

Oui, j'avais mal lu ton code, ça ressemble sans doute. Sauf que pour la longueur du fragment tu fais un rand 50, ce qui donne un nombre aléatoire entre 0 et 50, et empêche que la moyenne soit de 50 (ça va générer une moyenne de l'ordre de 25). Il faudrait donc ajouter 25 au nombres aléatoires générés pour avoir les longueurs de fragments susceptibles d'avoir une moyenne proche de 25.

[vidici]

en fait, si j'ai bien compris, Isabella cherche à créer des séquences aléatoires afin de pouvoir faire les même traitements que sur son jeu de données réelles.
Ainsi tu peux trouver les résultats sur/sous-exprimés par rapports à quelque chose d'aléatoire et donc potentiellement intéressant à étudier

mouvais..
en tout cas je me suis pris au jeu et brouillonner mon petit truc

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
#!/usr/bin/perl5.16
use strict;
use warnings;
 
my $chaine="CCGCAGTCGCCGCCTCCGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAACAACTACAACAACAACAACAACAGCCACCAGGGCAGCAACAACCACACCAGTTACAACAGCCCCAACACCAACAGCGATAACAACAACATATAGATCGCGGAATCTGCTGAAAGCCACCGCCAAAGTGAAGAAGAAGAAAAAGTGGAAGCAAATCTCCTTCGTCGACGACCAGCAACGCTTGAAGCAAGCAGCGACGTCGGCGGAGCGCAAACGCTCCACCAGCAGCGCCCCGCCCGCCCTCGAGAGCAACGTACCGCCGCGGTTGGGGCGCTTTCTGCGGCAAAAGAGCAGCGAAACTAACAGCGCTGCAACGTCAGCAGCAGCGGCGGCAGTGCAAACGGAAGCGGAAACAGGACGCCGGAAATCGTCGGCGGCATCGATAATCGCAGCGGCAGCGGGCGCTGCTGGTTTGCACAACAATAACAGCAGCAGCTGCGCAGCGACCGCCAGCGAGGAGCAAAACTCGAGCGGTACGCTCACCGGCAGCAGCGGCAATACTTCCACGTCGACGTGGTGCGGCAGCATCAACTTCCTGGTGTATATGG"; 
 
#To generate a random number between, for example, 100 and 150
my $range = 40;
my $minimum = 30;
my @hasard;
my $dep=0;
my $long_chaine = length($chaine);
my $cpt = 0;
my $moyen = 0;
	while ( 1 ){
 
	my $random_number = int(rand($range)) + $minimum;
#
	my $taille=$random_number;
	my $morceau = substr($chaine, $dep, $taille);
	$dep = $taille+$dep;
	print ">$morceau\n";
	print ">$taille\n";
	$cpt = $taille +$cpt;
	my $compte =$cpt;
	push(@hasard, $compte);
	if ($dep>$long_chaine) {
#correction d une erreur
		#$moyen=$hasard[-1]/@hasard;
		#my $lmorceau=length($morceau);
                 my $totalhasard = $hasard[-2]+length($morceau);
                $moyen=$totalhasard/@hasard;
		print "moyen >$moyen\n";
		print "total chaine  >$hasard[-1]\n";
		print "long >@hasard\n";
		my $longdernschaine = length($morceau);
		#print "morceau >$morceau\n";
		if (($moyen > 48 && $moyen < 52) && ($longdernschaine  > 30 && $longdernschaine < 60 )) {
 
			last;
		}else{
 
                @hasard=();
                $dep=0;
                $cpt = 0;
                $moyen = 0;
	}
	}	
}

ce qui donne par exemple
>CCGCAGTCGCCGCCTCCGCAGCAGCAGCAGCAGCA
>35
>GCAACAACTACAACAACAACAACAACAGCCACCAGGGCAGCAACAACCACACCAGTTAC
>59
>AACAGCCCCAACACCAACAGCGATAACAACAACATATAGATCGCGGAATCTG
>52
>CTGAAAGCCACCGCCAAAGTGAAGAAGAAGAAAAAGTGGAAGCAA
>45
>ATCTCCTTCGTCGACGACCAGCAACGCTTGAAGCAAGCAGCGACGTCGGCGGAGCG
>56
>CAAACGCTCCACCAGCAGCGCCCCGCCCGCCCTCGAGAGCAACGTACCGCCGCGG
>55
>TTGGGGCGCTTTCTGCGGCAAAAGAGCAGCGAAACTAACAGCGCTGCAACGTC
>53
>AGCAGCAGCGGCGGCAGTGCAAACGGAAGCGGAAACA
>37
>GGACGCCGGAAATCGTCGGCGGCATCGATAATCGCAGCGGCAGCGGGCGC
>50
>TGCTGGTTTGCACAACAATAACAGCAGCAGCTGCGCAGCGAC
>42
>CGCCAGCGAGGAGCAAAACTCGAGCGGTACGCTCACCGGCAG
>42
>CAGCGGCAATACTTCCACGTCGACGTGGTGCGGCAGCATCAACTTCCTGGTGTATATGG
>69
moyen >48.75


#au bout de la troisième boucle.
au bout d'un nombre un peu plus important de boucle

[__dardanos__]

Salut.
Les solutions proposées fonctionnent, mais elles tiennent du bidouillage. Pour faire suite à mon premier post, je propose une solution :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
#!/usr/bin/perl
# -*- coding:utf-8 -*-
 
use warnings;
use strict;
use locale;
use 5.010;
use Math::Random qw(random_uniform random_normal);
use List::Util qw(sum);
 
 
sub split_seq
{
    return -1 if (@_ != 1);
    (my $seq) = @_;
    my $N = length($seq);
 
    my $mean = 50;
    my $sigma = 2;
    my $full = 0.95;
 
    my $iter = 0;
    my $total = 0;
    my $occuped = 0;
    my @occupation ;
    for (my $i = 0; $i < $N; $i++) { push @occupation, 0; }
 
    while ($occuped / $N < $full)
    {
        my $start = int(random_uniform(1, 0, $N) + 0.5);
        my $width = int(random_normal(1, $mean, $sigma) + 0.5);
        my $finish = $start + $width;
        next if ($finish > $N);
        for (my $i = $start; $i < $finish; $i++) { $occupation[$i] = 1; }
        $occuped = sum(@occupation);
        my $snippet = substr($seq, $start, $width);
        $total += $width;
        say join(" ", ++($iter), $width, $snippet);
    }
    say "Moyenne : ", $total / $iter;
    return 0;
}
 
 
my $sequence =
"CCGCAGTCGCCGCCTCCGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAACAACTACAACAACAACAACAACAGCCACCAGGGCA" .
"GCAACAACCACACCAGTTACAACAGCCCCAACACCAACAGCGATAACAACAACATATAGATCGCGGAATCTGCT" .
"GAAAGCCACCGCCAAAGTGAAGAAGAAGAAAAAGTGGAAGCAAATCTCCTTCGTCGACGACCAGCAACGCTTGA" .
"AGCAAGCAGCGACGTCGGCGGAGCGCAAACGCTCCACCAGCAGCGCCCCGCCCGCCCTCGAGAGCAACGTACCG" .
"CCGCGGTTGGGGCGCTTTCTGCGGCAAAAGAGCAGCGAAACTAACAGCGCTGCAACGTCAGCAGCAGCGGCGGC" .
"AGTGCAAACGGAAGCGGAAACAGGACGCCGGAAATCGTCGGCGGCATCGATAATCGCAGCGGCAGCGGGCGCTG" .
"CTGGTTTGCACAACAATAACAGCAGCAGCTGCGCAGCGACCGCCAGCGAGGAGCAAAACTCGAGCGGTACGCTC" .
"ACCGGCAGCAGCGGCAATACTTCCACGTCGACGTGGTGCGGCAGCATCAACTTCCTGGTGTATATGG";
 
split_seq($sequence)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
1 50 CAGCGAAACTAACAGCGCTGCAACGTCAGCAGCAGCGGCGGCAGTGCAAA
2 51 GAAGCAAGCAGCGACGTCGGCGGAGCGCAAACGCTCCACCAGCAGCGCCCC
3 50 GCAGCAGCAGCAGCAACAACTACAACAACAACAACAACAGCCACCAGGGC
4 48 AACAGCGATAACAACAACATATAGATCGCGGAATCTGCTGAAAGCCAC
5 51 CAGTTACAACAGCCCCAACACCAACAGCGATAACAACAACATATAGATCGC
6 51 TCGTCGGCGGCATCGATAATCGCAGCGGCAGCGGGCGCTGCTGGTTTGCAC
7 49 GCCACCGCCAAAGTGAAGAAGAAGAAAAAGTGGAAGCAAATCTCCTTCG
8 48 CCCTCGAGAGCAACGTACCGCCGCGGTTGGGGCGCTTTCTGCGGCAAA
9 49 AACGCTTGAAGCAAGCAGCGACGTCGGCGGAGCGCAAACGCTCCACCAG
10 51 CAGCAGCTGCGCAGCGACCGCCAGCGAGGAGCAAAACTCGAGCGGTACGCT
11 52 CGACGACCAGCAACGCTTGAAGCAAGCAGCGACGTCGGCGGAGCGCAAACGC
12 50 CAGCAGCGGCGGCAGTGCAAACGGAAGCGGAAACAGGACGCCGGAAATCG
13 53 CCGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAACAACTACAACAACAACAACAACAGCCACC
14 48 GGAGCAAAACTCGAGCGGTACGCTCACCGGCAGCAGCGGCAATACTTC
15 46 TGCGCAGCGACCGCCAGCGAGGAGCAAAACTCGAGCGGTACGCTCA
16 48 TTCGTCGACGACCAGCAACGCTTGAAGCAAGCAGCGACGTCGGCGGAG
17 54 CGCCCTCGAGAGCAACGTACCGCCGCGGTTGGGGCGCTTTCTGCGGCAAAAGAG
18 53 AAGAGCAGCGAAACTAACAGCGCTGCAACGTCAGCAGCAGCGGCGGCAGTGCA
19 47 AATAACAGCAGCAGCTGCGCAGCGACCGCCAGCGAGGAGCAAAACTC
20 49 TGGTTTGCACAACAATAACAGCAGCAGCTGCGCAGCGACCGCCAGCGAG
21 54 CAGCGGCAATACTTCCACGTCGACGTGGTGCGGCAGCATCAACTTCCTGGTGTA
22 50 AACTACAACAACAACAACAACAGCCACCAGGGCAGCAACAACCACACCAG
Moyenne : 50.0909090909091

[Lolo78]

La tentative est intéressante, mais je reste un peu perplexe, car rien n'indique dans ce qu'a dit Isabella que la taille des fragments doive suivre une distribution gaussienne (normale). Certes, cela facilite l'obtention d'une moyenne située dans les bornes voulues, surtout en prenant un delta de 2, mais ce qu'a dit Isabella faisait plutôt penser à une distribution aléatoire uniforme des tailles de fragments.

Même en supposant qu'il faille une distribution normale, un écart-type de 2 ne semble pas du tout correspondre à la description d'Isabella, si ce n'est qu'il garantit presque à coup sûr de tomber dans l'intervalle voulu.

[vidici]

si ce n'est qu'il garantit presque à coup sûr de tomber dans l'intervalle voulu.

c'est sur. en partant avec une plage de 10 a 60. Il me faut 12000, 17509 etc .. boucles pour obtenir la fourchette voulue.
de 0 à 50 j'ai fait Controle C.