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Langage Perl Discussion :

comparaison des elements de deux chaines


Sujet :

Langage Perl

  1. #1
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    Par défaut comparaison des elements de deux chaines
    Bonjour,
    J'ai le fichier suivant :

    CUFF1.105.1!gb|EAW52890.1|!hCG39829 [Homo sapiens]!95!116!2e-28!95!59!64!2!nr
    CUFF1.107.1!dbj|BAA20834.2|!KIAA0380 protein [Homo sapiens]!28!57.8!8e-07!28!25!27!0!nr
    CUFF1.123.1!sp|P48681|NEST_HUMAN!Nestin OS=Homo sapiens GN=NES PE=1 SV=2!829!668!0.0!817!426!477!34!uniprot
    CUFF1.123.1!tpg|DAA31871.1|!TPA: nestin [Bos taurus]!797!1215!0.0!797!644!644!0!nr
    CUFF1.125.1!ref|XP_003999754.1|!PREDICTED: myocyte-specific enhancer factor 2D [Felis catus]!140!82.4!8e-14!126!62!72!14!nr
    CUFF1.126.1!gb|EAW52953.1|!hCG2041018 [Homo sapiens]!46!91.7!1e-20!46!41!42!0!nr
    Je compare le 1er élément cad CUFF1.105.1 par ex. Des que cet élément est présent plusieurs fois dans le fichier (ex CUFF1.123.1), il faut que je compare les valeurs de la colonne 5 (les e.values ici identiques), les séparateurs étant les !.
    J'ai commencer par splitter les lignes pour récupérer le 1er élément et pouvoir le comparer. J'ai ensuite séparer les lignes avec le 1er élément unique. Mais apres je ne sais pas comment m'y prendre pour faire la comparaison.
    Quelqu'un pourrait il m'aider?
    Merci d'avance

  2. #2
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    Par défaut
    je pense que si tu n'as pas des fichiers énormes, le plus simple serait de passer par un hash

    tu lis le fichier et à chaque ligne, tu récupères le 1er élément qui se servira de clé et la colonne 5 qui sera la valeur de ton hash
    -> si le 1er élément n'est pas présent tu stokes $hash{$Element1}=$Element5
    -> si le 1er élément est présent tu compares comme tu souhaites $hash{$Element1} et la 5ème colonne

    si tu as besoin d'aide pour le code, n'hésite pas à poser des questions

  3. #3
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    Par défaut
    Merci bcp.

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