Reconstruction 3D à partir d'un stack d'image 2D

**Mctry** · 25/03/2013, 16h30

Bonjour, alors voilà, je débute et je cherche à faire, à partir d'une pile d'images 2D (un stack) une reconstruction 3D et une visualisation 3D de ma pile d'image.

Cette pile d'image représente un volume acquis à l'aide d'un microscope confocal.

Si vous avez un bout de code, un tuto ou alors une piste pour moi sa serais cool ! ^^

Merci pour votre aide !

Cordialement

**LittleWhite** · 26/03/2013, 10h35

Bonjour,

Une matrice 3D ne pourrait-elle pas suffire ?

**Mctry** · 26/03/2013, 11h31

Bonjour, si cela pourrais suffire mais je ne sais pas comment la faire et surtout comment l'afficher. Parce que je travaille avec OpenCV et Qt créator mais je n'arrive pas à trouver de tuto sur la question ^^

Peut-être faudrait-il que j'utilise une autre librairie ?

Merci

Cordialement

**LittleWhite** · 26/03/2013, 13h26

Devez vous afficher toutes les couches en même temps, ou juste une couche ?
Si ce n'est qu'une on peut imaginer afficher cela comme une image, si c'est toutes, on peut imaginer utiliser OpenGL et une vue éclatée.

**Mctry** · 26/03/2013, 13h34

Ba j'aimerais afficher toute les couches en même temps, comme un volume. En fait je voudrais faire quelque chose qui ressemble à la fonction isosurface de matlab.

**LittleWhite** · 26/03/2013, 13h36

Peut être voir avec GNUPlot aussi, l'outil est très puissant. Je ne connais pas la fonction isosurface, un exemple ?

**Mctry** · 26/03/2013, 13h44

L'exemple est en pièce jointe, ce n'ai pas super beaux mais en gros cela représente des petite vésicules qui se déplace dans une cellule. En X 1024 pixels, en Y 1024 pixels en en Z il y a 12 images superposer pour former le volume.

**PilloBuenaGente** · 26/03/2013, 14h19

Bonjour,
Les conditions pour former un volume sont des image sous différents angles de ce volume.
Ici je crains que tu n'ai à reconstruire les objets "manuellement"
#edit Autant pour moi, j'avais mal compris, je pensait que l'anim était le stack...

**Mctry** · 26/03/2013, 14h30

Bonjour, comment ca manuellement ?

Je pense que cela doit être faisable vu que sous matlab ca ce fait très bien, on a juste à ranger nos image dans une matrice 3D, puis de seuiller chacune des images pour que la fonction isosurface crée le volume.

**Jerome Briot** · 26/03/2013, 15h03

La fonction isosurface de MATLAB fait en fait appel à un fichier MEX dont le code source isosurf.c est disponible dans le sous-dossier "toolbox\matlab\specgraph\private\src" du dossier d'installation de MATLAB.
Tu peux donc l'analyser sans problème.

Sinon, d'un point de vue algorithmique, tu peux aussi t'intéresser à la méthode des "marching cubes". Faire une recherche dans ce forum ou dans le forum Algorithmes

**gbdivers** · 26/03/2013, 15h37

Bonjour Mctry

Alors, pour commencer, la création d'image 3D à partir de vues 2D de microscopie confocale est très différente de ce que l'on fait habituellement avec OpenCV. Dans le premier cas, on fait varier la focale du microscope pour obtenir plusieurs plans de coupe (pseudo-coupe : les éléments dans le plan focal sont nets, ceux en dehors sont flous). Dans le second cas, on utilise deux vues prises sous un angle différent pour reconstruire la scène 3D.
Donc, les techniques de nuages de points ne servent à rien ici, oublie OpenCV et PCL je pense.

Le plus simple serait d'utiliser le logiciel vendu par le fabriquant du microscope, non ?

Sinon, la technique s'appelle une déconvolution, il existe plusieurs algos. Mais il n'y aura rien de simple. Recherche "deconvolution reconstruction 3D confocal microscopy" sur google, tu auras pas mal d'articles

EDIT : par contre, je serais très étonné qu'il n'y ait pas de libs dédiées à cette problématique dans les langages d'analyse mathématique type matlab ou R. Fais une recherche dedans également (et dans bioconductor pour R aussi)

EDIT2 : regarde aussi du côté de VTK : http://www.vtk.org

**Mctry** · 26/03/2013, 15h53

Ba en fait le logiciel qui est fourni par le constructeur n'es vraiment pas top ^^

C'est pour cela (et pour la curiosité aussi) que j'aimerais bien le faire en C. Je pense qu’il doit bien exister une librairie qui permet de faire une chose semblable à ce que la fonction isosurface de matlab donne comme résultats. Parceque c’est exactement ça que je cherche à faire.

A oui VTK m'a plutôt l’aire très bien, en plus visiblement ça s'intègre bien à Qt créator ! Je vais regarder ca de plus près Merci beaucoup ! ^^

**sacia_opt** · 11/10/2015, 14h24

pourras tu m'envoyer le code matlab

**Mat.M** · 11/10/2015, 19h40

salut une méthode serait :
1-tu écris que c'est apparemment une sorte de plasma avec des vésicules donc je suppose que sur une image 2d ou des acquistions tu obtiens un plan avec des sphères représentant des cellules est-ce que c'est ça ?
2 si c'est le cas et que les plans en 2d affichent des sphères alors on peut procéder à chaque image à une détection de contour et obtenir une sphère pour chaque cellule représentée sur le plan 2d.C'est ça le plus difficile et effectivement pour détecter les points représentant l'enveloppe d'une cellule il faut donner des valeur seuil.
3 une fois qu'on obtient le contour bref un ensemble de points il faut procéder à des triangulations entre les points d'un plan à un autre ce qui va permettre de construire des polygones.
Parce que la 3d c"est essentiellement une construction de polygones plutôt un assemblage de triangles en 3d ce qu'on appelle une liste de triangles.
A ma connaissance Direct3D et certainement Open GL ne fonctionnent que comme ça.
Ensuite une fois que les triangulations sont construites le plus gros est fait il reste à ajouter une caméra et une zone de représentation de la scène.

Sinon comme le mentionne Dut il ya différentes techniques possibles notamment les Marching Cubes certainement plus adaptée..