Discussion :

[upssn]

Bonjour,

J'ai un projet sur le language R à faire et je ne sais pas du tout comment m'y prendre, par où commencer...
J'ai seulement téléchargé le logiciel tinn-R ...

Le premier exercice commence par ça :
"Ecrire une fonction qui enregistre le code génétique contenu dans le fichier séquence.txt dans un vecteur. Chaque élément du vecteur contiendra une baze azotée de la séquence. Une fois la séquence enregistrée, le programme devra calculer le taux de A, U, C, G dans ce code génétique et le présenter sous la forme d'un histogramme."

J'ai essayer "d'insérer" le code génétique en txt dans R mais ça ne fonctionne pas puisque le fichier est seulement sur mon ordi...
Pouvez-vous m'éclairer ?

Merci d'avance.

[A. D.]

Bonjour,

Je vous conseille de commencer par jeter un oeil (et effectuer des tests avec R bien sûr !) à divers tutoriaux ou ouvrages (si vous en avez à disposition) sur R
Vous en trouverez probablement sur internet mais sinon il y en a pas mal répertoriés ici : http://r.developpez.com/.
Vous n'avez pas eu de cours de R sinon ?

Ensuite, pour vous aider à démarrer, pour ce qui est du chargement des données dans R, voir par exemple la fonction read.table.
Vous pouvez accéder à l'aide de cette fonction par :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

?read.table

N'hésitez pas ensuite à revenir poser vos questions de manière plus précise et à nous présenter votre code (même faux ou incomplet) sur le forum !

Bonne continuation


Cordialement,

A.D.

[ced]

Bonjour,

En complément, jetez peut-être aussi un œil sur le projet suivant : http://www.bioconductor.org/. Cela peut vous donner des pistes.
Comme outil d'interface vers R, je vous conseille également RStudio, plus simple à mettre en œuvre et plus complet que Tinn-R (à mon goût du moins).

Bon courage et n'hésitez pas à revenir vers le forum pour préciser les problèmes que vous rencontrez.

[upssn]

Merci à vous,
J'ai déjà fait pas mal d'exercices avec R en cours mais c'étaient de simples calculs, puis on était sur linux avec une console différente. Maintenant que je suis chez moi avec d'autres logiciels, je ne m'y retrouve plus ...
Je vais regarder vos liens (merci) et télécharger Rstudio si il est mieux.
Mais je ne comprends pas comment utiliser le fonction read sans avoir enregistré au préalable ma séquence.txt sur le logiciel ...
Nous n'avons jamais vu ça en cours, puisqu'il s'agissait seulement de résoudre des algorithmes sans histogramme et fichier texte ...
En tout cas, merci, je vais me repencher dessus

[ced]

Si vous nous fournissez un extrait des premières lignes du fichier .txt, on peut vous aider à utiliser la fonction read.table de manière correcte.

[upssn]

J'ai réussi à faire ça :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> getwd()
[1] "C:/Users/Sarah/Documents"
> read.table("sequence.txt")
   V1 V2 V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 V10
1   A  C  C  U  G  U  C  A  A   A
2   C  A  A  A  U  C  U  G  G   U
3   C  A  A  C  C  U  G  U  G   U
4   C  C  A  A  U  U  C  A  G   G
5   U  C  U  G  A  A  C  C  U   C
6   A  A  A  C  C  G  U  G  U   A
7   C  A  G  U  A  G  C  A  U   C
8   A  C  A  U  G  G  U  G  A   A
9   C  C  U  U  G  U  C  A  C   A
10  U  G  C  A  C  A  U  C  A   A
11  U  A  A  C  G  G  U  A  C   U
12  A  G  G  U  C  U  A  A  U   G
> seq<-scan(file="sequence.txt",what="character")
Read 120 items
> seq
  [1] "A" "C" "C" "U" "G" "U" "C" "A" "A" "A" "C" "A" "A" "A"
 [15] "U" "C" "U" "G" "G" "U" "C" "A" "A" "C" "C" "U" "G" "U"
 [29] "G" "U" "C" "C" "A" "A" "U" "U" "C" "A" "G" "G" "U" "C"
 [43] "U" "G" "A" "A" "C" "C" "U" "C" "A" "A" "A" "C" "C" "G"
 [57] "U" "G" "U" "A" "C" "A" "G" "U" "A" "G" "C" "A" "U" "C"
 [71] "A" "C" "A" "U" "G" "G" "U" "G" "A" "A" "C" "C" "U" "U"
 [85] "G" "U" "C" "A" "C" "A" "U" "G" "C" "A" "C" "A" "U" "C"
 [99] "A" "A" "U" "A" "A" "C" "G" "G" "U" "A" "C" "U" "A" "G"
[113] "G" "U" "C" "U" "A" "A" "U" "G"

La séquence est bien enregistrée là ?

[ced]

Avec la fonction scan, oui : vous obtenez bien un vecteur de 120 éléments (un par base).
Ça semble donc correct.
Ne reste plus qu'à sortir le nombre de chacune des bases et l'histogramme.
Besoin d'aide pour ça ?

[upssn]

Oui j'aimerais bien parce que j'ai essayé avec la fréquence de cette manière mais ça ne fonctionne pas : (nous avions vu ça en cours mais avec des vecteurs)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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freq<-seq("A")
i<-1
while(i<=length(seq))
{
freq[seq[i]]<-freq[seq[i]]+1
i<i+1
}
i<-1
while(i<=length(freq))
{
freq[i]<-freq[i]/length(seq)
print(paste("la fréquence de",i,"est de",freq[i])
i<i+1
}

[ced]

Il y a bien plus simple :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

table(seq)

Ne cherchez pas à faire de jolis affichages de résultats avec R (du genre "la fréquence de ... est ...). Ce n'est pas fait pour ça.
Essayez déjà d'obtenir l'information "brute". Et pour ça, table(seq) suffit .

[upssn]

d'accord et c'est quoi que je dois remplacer par table seq ?

[tomaprice]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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seq<-scan(file="sequence.txt",what="character")
t = table(seq)
barplot(t)

[upssn]

Merci beaucoup

Pour la suite il y a ça :

Ecrire une fonction qui prend en paramètre une séquence de bases azotées, et qui retourne :
• La position de cette séquence dans le code génétique, la fonction renverra un vecteur avec l’ensemble des positions de départ.
• -1 si la séquence n’est pas présente

Je dois bien utiliser la fonction while ?

[upssn]

j'ai trouver la fonction which et %in% qui permettent de retrouver dans un vecteur si j'ai bien compris. c'est peut être ça que je dois utiliser ....

[ced]

Ça semble être une bonne piste

[upssn]

Je vais tenter d'expliquer mon raisonnement dans un document à côté parce que je n'arrive pas à le mettre en forme...
J'ai tenté des choses de la sorte en sachant que ça n'allait pas fonctionner de toute manière

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

which(seq="A","U","C","G")

[tomaprice]

Je n'ai pas compris le problème en question, un exemple serait bienvenu.

[fractal_ena]

Salut
il me semble que le domaine de biométrie a ses propres packages qui peuvent traiter la suite des caractère CGAT.. comme des séquences et non pas comme des suites de caractères ... mais je ne suis pas spécialiste.


Je propose de regarder un peu ici http://pbil.univ-lyon1.fr/R_svn/pdf/tdr16.pdf il y du traitement de génome bactérien si ça peut aider.

[upssn]

Merci beaucoup