Discussion :

[Isabella83]

Bonjour,
J'écris dans ce post car j'ai un problème similaire.
J'ai en fait une séquence, et je souhaiterai colorer seulement certaines lettres.
Par exemple :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

AGTAATTGTAGTTCATTAGTGTCAGAAAATATCAGAAAAAGAGCATAAAGTGCTTAATTCCGTGAGACAAAAATGGTTGTTGGCACAGCCACAATGCCCCCGGAAATATTGCAAGTGCCCGCGATAAAAAAAGAGCACTCGGAGCTGCTGGAAAACCCTGCGAACTCTAAACCTTGTGATCCCGACGAAACTGCTGAGGAGGG

et je voudrais colorer en rouge les lettres en rouge sur l'exemple sachant que pour chaque séquence que j'aurais, ce ne sera jamais la même place ... J'ai un fichier à part m'indiquant la position de la lettre (nucléotide) dans la séquence.
Comment puis je réaliser cela ?

[djibril]

Bonjour,

Montre nous ce que tu as fais.
Si tu écris dans un Widget Text, c'est à toi au moment de l'affichage de ta séquence de jouer avec les tags.

[Isabella83]

Pour le moment j'ai fait quelque chose de très basique

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
 
use Tk;
 
my $phrase ='CGGAAATATTGCAAGTGCCCGCGATAAAAAAAGAGCACTCGGAGCTGCTGGAAAACCCTGCGAACTCTAAACCTTGTGATCCCGACGAAACTGCTGAGGAGGGCGGAAATATTGCAAGTGCCCGCGATAAAAAAAGAGCACTCGGAGCTGCTGGAAAACCCTGCGAACTCTAAACCTTGTGATCCCGACGAAACTGCTGAGGAGGG';
 
my $fenetre_principale = MainWindow->new( -title => 'Text' );
my $widget_texte = $fenetre_principale->Text( )->pack( );
 
$widget_texte->insert('end', $phrase);
 
 
 
MainLoop;

Juste pour écrire la séquence ...

[djibril]

Du moment où tu as les positions, il devient simple de jouer avec les tags.

Tu te crées un tag rouge par exemple et tu l'applique sur ta séquence au bon index. Voici un exemple de programme :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
use warnings;
use strict;
use Tk;  
 
my $sequence ='CGCGATAAAAAAAGAGCACTCGGAGCTGCTGGAAAACCCTGCGAACTCTAAACCTTGTGATCCCGACGAAACTGCTGAGGAGGG';
 
my $fenetre_principale = MainWindow->new( -title => 'Text' );
$fenetre_principale->fontCreate( 'FontSequence', 
  -family =>'helvetica', 
  -size   =>'14', 
  -weight =>'bold'
);
 
my $widget_texte = $fenetre_principale->Scrolled('Text', 
  -scrollbars => 's',
  -wrap => 'none',
  -font       => 'FontSequence',
)->pack( qw/ -expand 1 -fill both /);
 
$widget_texte->tagConfigure('ROUGE', 
  -background => '#E3E3E3',
  -foreground => 'red',
  -font       => 'FontSequence',
);
 
$widget_texte->insert('end', $sequence);
 
# Mutation à mettre en rouge dans la séquence
my @PositionsMutation = (10,25,30); 
foreach my $position ( @PositionsMutation ) {
  $widget_texte->tagAdd('ROUGE',"1.$position"); 
}
 
MainLoop;

Je te recommande de lire la documentation de Tk::Text.

[Isabella83]

Merci beaucoup,
Ce scroll est très pratique car j'ai des séquences de tailles variables, mais est il possible de créer un fichier .ps ? Car en fait j'ai énormément de séquences et le plus pratique pour les biologistes est de créer des .ps ou .txt (1 pour chaque séquence) qu'ils puissent ouvrir et regarder pour chacune de leur séquences d’intérêt ...

[Isabella83]

J'ai modifié le script avec ce que je souhaite faire, mais lorsque j’essaie de le sauvegarder dans un fichier, cela me retourne l'erreur suivante :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use Carp qw(confess);
 
use Getopt::Long;
use Tk;
use Bio::SeqIO;
 
my $fasta_file;
GetOptions("fasta=s" => \$fasta_file);
 
my $in = Bio::SeqIO->new( -file => $fasta_file, '-format' => 'Fasta' );
 
 
 
 # récupération de la séquence
 
while ( my $seq = $in->next_seq()){
 
	my $sequence = $seq->seq ;
	my $fenetre_principale = MainWindow->new( -title => 'Text' );
	$fenetre_principale->resizable( 0, 0 );
	$fenetre_principale->fontCreate( 'FontSequence', 
  		-family =>'helvetica', 
  		-size   =>'14', 
  		-weight =>'bold'
	);
	my $widget_texte = $fenetre_principale->Text( -padx=>70, -pady=>70 )->pack( );
 
	$widget_texte->tagConfigure('ROUGE', 
  		-foreground => 'red',
  		-font       => 'arial',
	);
	$widget_texte->tagConfigure('YELLOW', 
  		-foreground => 'YELLOW',
  		-font       => 'arial',
		-underline => 1,
	);
 
 
	$widget_texte->insert('end', $sequence);
 
	# Mutation à mettre en rouge dans la séquence
	my @PositionsMutation = (10,25,30); 
	my @PositionPi =(55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,1001,1002,1003,1004,1005,1006,1007);
	foreach my $position ( @PositionsMutation ) {
  		$widget_texte->tagAdd('ROUGE',"1.$position"); 
	}
 
	foreach my $value(@PositionPi){
		$widget_texte->tagAdd('YELLOW',"1.$value");
 
	}
 
 	my $postscript = $fenetre_principale->postscript();
 
	$fenetre_principale->postscript(-file => "tmp.ps",-width => "1000" , -height => "500");
	#MainLoop;
 
 
 
}

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

Failed to AUTOLOAD 'MainWindow::postscript' at test_tmp.pl line 51.

Le fichier contient la séquence

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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>nos
TTAGTTGGCGCGTAGCTTTACCACAAAATTCCTGGAATTGCCGTACGCTT
CGCAGTTGTTTCAAGTTGTCTAAGGGACATACGATTTTTTTTGCCTCTGC
GTCACGATTTTAACCCAAAAGCGAGTTTAGTTACATGTACATTATTATTA
GATAAAGAAGTATCGCGAATACTTCAGTTGAATAAACTGTGCTTGGTTTT
TGGGTGAGGATTTGTGGAAAGTAGAGTGCGCGATAACCGTAACTTTCGAC
CCGGATTTTCGCCATGTTCCGCAGCAACTTGGAGGGCAGTGGCGCAGCAG
CAGTAGGTGTTGCAAATCCCCCCTCGTTGGCTCAGTCTGGAAAGATTTTC
CAATTGCAGGATAACTTTTCTGCTTTTCACGCCAGAGGAGGGCTCAACAT
TCTGGGCCTGCAGGACATGTATTTGGATACCAGTGGGGCCAACTCGTCGG
CCACTTTGAGTCCGCCCATTACGCCGGTGACCCCTGACCCGTCGACGTCT
GCGCAGTCGACGCACTTCCCTTTTCTGGCCGACAGCGCAGCCACCGCCAA
TTCGCTCCTTATGCAGCGACAGTACCACTACCACTTGCTGCTCCAGCAGC
AGCAGCAACTGGCCATGGCGCAGCACCAATTGGCGCTGGCTGCATCAGCG
GCAGCGGCTAGTGCGAGTCACCAGCAAACGGACGAGATTGCGCGATCCTT
GAAAATCTTTGCGCAGGTGACGACGGGCGCAGCAGAAAATGCGGCTGGCT
CGATGCAGGATGTGATGCAGGAGTTCGCGACCAATGGCTATGCCAGCGAT
GATCTCGGTCGCATGTCCTACGGGAGTGCTCCGCCACAGGTGCAAATGCC
ACCGCAGCAGCAGCATCAGCAACAGCAGGGGCTGCACCTGCCACTGGGCC
GCAATCCTGCCCAGCTGCAGACCAATGGCGGCAACTTAATGCCCATTCCA
CTCGCCACCCACTGGCTGAACAACTACCGGGAGCATCTGAACAACGTGTG
GCGAAACATGTCGTATATACCAGCCGCTCCCAATACAATGGGTTTGCAGG
CCCAAACAGCGGCCACTGTGTCCACCAATCTCGGCGTGGGAATGGGTCTG
GGATTGCCCGTGCAGGGCGAACAGCTGCGCGGAGCTTCCAATTCCAGTAA
CAATAATAACAACAACAACAAGGTGTACAAGCGTTACAACAGCAAGGCCA
AAGAGATCAGCCGCCACTGCGTCTTTTGTGAGAATAACAACGAACCAGAG
GCGGTTATCAATAGCCACTCAGTGCGAGATAACTTTAACCGAGTGCTGTG
CCCCAAACTACGCACCTACGTGTGCCCCATCTGCGGGGCATCTGGGGACT
CGGCGCACACGATTAAGTACTGCCCCAAGAAGCCGATCATCACCATGGAG
GATGCGATCAAGGCGGAATCGTTCCGCCTAGCCAAGAGCAGTTACTACAA
GCAACAGATGAAGGTTTAGAGAGGGCGAATCCAGCTCTGGAGCAGAGGCT
CTGGCAGCTTTTGCAGCGTTTATATAACATGAAATATATATACGCATTCC
GATCAAAGCTGGGTTAACCAGATAGATAGATAGTAACGTTTAAATAGCGC
CTGGCGCGTTCGATTTTAAAGAGATTTAGAGCGTTATCCCGTGCCTATAG
ATCTTATAGTATAGACAACGAACGATCACTCAAATCCAAGTCAATAATTC
AAGAATTTATGTCTGTTTCTGTGAAAGGGAAACTAATTTTGTTAAAGAAG
ACTTACAATATCGTAATACTTGTTCAATCGTCGTGGCCGATAGAAATATC
TTACAATCCGAAAGTTGATGAATGGAATTGGTCTGCAACTGGTCGCCTTC
ATTTCGTAAAATGTTCGCTTGCGGCCGAAAAATTTCGATATATCTACAAT
TGATCTACAATCTTTACTAAATTTTGAAAAAGGAACACTTTGAATTTCGA
ACTGTCAATCGTATCATTAGAATTTAATCTAAATTTAAATCTTGCTAAAG
GAAATAGCAAGGAACACTTTCGTCGTCGGCTACGCATTCATTGTAAAATT
TTAAATTTTGACATTCCGCACTTTTTGATAGATAAGCGAAGAGTATTTTT
ATTACATGTATCGCAAGTATTCATTTCAACACACATATCTATATATATAT
ATATATATATATATATATATATATATATATATGTTATATATTTATTCAAT

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[djibril]

La méthode postscript ne s'applique uniquement que pour les Widgets CANVAS.

[Isabella83]

D'accord, y a t'il une autre façon de procéder ?

[djibril]

Non. Pour avoir un postscript, il faut faire du Canvas, donc dessiner et ça devient plus compliqué.

[Isabella83]

Oui je ne peux même pas générer une image ou autre ?