Discussion :

[anna1980]

salut
j'ai un fichier qui contient des sequences du nucleotides :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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CGC
GGT
GAG

et je veux construire un dictionaire a partie de ces donnees comme ceci:

j'ai fait un programme mais ca marche pas tellment :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/env python
def position(c):
    if c=='A':
        pos = 0
    if c=='C':
        pos = 1
    if c=='G':
        pos = 2
    if c=='T':
        pos = 3
    return pos
 
 
 
 
 
 
def create_dict(seq):
 
    for i in range(0,len(seq)):
 
        q=seq[i]
        a= position(q)
 
        for j in range(0,len(dict[i])):
            if j==a:
 
                dict[i][j]='true'
            else:
                dict[i][j]='false'
 
 
liste=['CCG','AAT','CTG','TAG']
for seq in liste:
    dict = {}
 
    create_dict(seq)

[josmiley]

un exemple d'input/output serait plus parlant ...

genre tu as ['CCG','AAT','CTG','TAG'] en entrée, tu veux quoi en sortie ?

[anna1980]

desolée encore une fois ,voici l'output pour la liste:['CCG','AAT','CTG','TAG']

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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A1A	A1C	A1G	A1T	A2A	A2C	A2G	A2T	A3A	A3C	A3G	A3T	Target
F	T	F	F	F	T	F	F	F	F	T	F	yes
T	F	F	F	T	F	F	F	F	F	F	T	yes
F	T	F	F	F	F	F	T	F	F	T	F	yes
F	F	F	T	T	F	F	F	F	F	T	F	yes

T :true
F: false

[josmiley]

heu ... je ne suis pas plus avancé ^^
tu veux créer un dictionnaire à partie de cette séquence: ['CCG','AAT','CTG','TAG']
donc, à quoi ressemblera ce dictionnaire ?

[VinsS]

Bonsoir,

Tout d'abord, simplifions la fonction position:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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def position(letter):
    return 'ACGT'.index(letter)

Ensuite:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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def create_dict(seq):
 
    for i in range(0,len(seq)):
 
        q=seq[i]
        a= position(q)
 
        for j in range(0,len(dict[i])):

devrait te lever une exception KeyError puisque ton dictionnaire est vide.
Cette fonction ne retourne rien d'autre que None donc tu la relances à chaque fois avec un dictionnaire vide.

En fait on ne comprend pas exactement ce que doit faire la fonction create_dict.

Un exemple ?

[anna1980]

merci pour vos reponces,
je vais essayer de mieux expliquer le probleme .
je dois inserer chaque sequence dans la liste dans un tableau ,par exemple pour la sequence :CGC

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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A1A	A1C	A1G	A1T	A2A	A2C	A2G	A2T	A3A	A3C	A3G	A3T	Target
F	T	F	F	F	F	T	F	F	T	F	F	yes

le premier nucleotide est :C donc A1C sera True et les autres A1 seront false
le 2eme est :G donc A2G sera True et les autres A2 seront false ,la meme chose pOUr le troisieme .

[VinsS]

Si je pige bien, un truc comme ça devrait le faire:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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# -*- coding: utf8 -*-
 
nucleos = ['CCG','AAT','CTG','TAG']
letters = ['A', 'C', 'G', 'T']
 
def build_dict():
    dct = {}
 
    for i in range(1, 4):
        for l in letters:
            dct['A' + str(i) + l] = False
 
    return dct
 
result = {}
for nucleo in nucleos:
    result[nucleo] = build_dict()
    for idx, l in enumerate(nucleo):
        key = 'A' + str(idx + 1) + l
        result[nucleo][key] = True
 
for nucleo in nucleos:
    print nucleo, result[nucleo]

CCG {'A1T': False, 'A2T': False, 'A3T': False, 'A3A': False, 'A3C': False, 'A2A': False, 'A1G': False, 'A2C': True, 'A1A': False, 'A1C': True, 'A2G': False, 'A3G': True}
AAT {'A1T': False, 'A2T': False, 'A3T': True, 'A3A': False, 'A3C': False, 'A2A': True, 'A1G': False, 'A2C': False, 'A1A': True, 'A1C': False, 'A2G': False, 'A3G': False}
CTG {'A1T': False, 'A2T': True, 'A3T': False, 'A3A': False, 'A3C': False, 'A2A': False, 'A1G': False, 'A2C': False, 'A1A': False, 'A1C': True, 'A2G': False, 'A3G': True}
TAG {'A1T': True, 'A2T': False, 'A3T': False, 'A3A': False, 'A3C': False, 'A2A': True, 'A1G': False, 'A2C': False, 'A1A': False, 'A1C': False, 'A2G': False, 'A3G': True}

[anna1980]

merci beaucoup ,je vais l 'essayer

[dividee]

Je pense à ceci:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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from itertools import product
 
nucleos = ['CCG','AAT','CTG','TAG']
bases = 'ACGT'
 
result = [[x==y for x,y in product(nucleo,bases)] for nucleo in nucleos]
 
for line in result:
    print line

Résultat:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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[False, True, False, False, False, True, False, False, False, False, True, False]
[True, False, False, False, True, False, False, False, False, False, False, True]
[False, True, False, False, False, False, False, True, False, False, True, False]
[False, False, False, True, True, False, False, False, False, False, True, False]

edit: la première ligne de résultats manquait...