IdentifiantMot de passe
Loading...
Mot de passe oublié ?Je m'inscris ! (gratuit)
Navigation

Inscrivez-vous gratuitement
pour pouvoir participer, suivre les réponses en temps réel, voter pour les messages, poser vos propres questions et recevoir la newsletter

Contribuez / Téléchargez Sources et Outils PHP Discussion :

Arbre de newick


Sujet :

Contribuez / Téléchargez Sources et Outils PHP

  1. #1
    Membre émérite
    Avatar de gene69
    Profil pro
    Inscrit en
    Janvier 2006
    Messages
    1 769
    Détails du profil
    Informations personnelles :
    Localisation : France

    Informations professionnelles :
    Secteur : High Tech - Produits et services télécom et Internet

    Informations forums :
    Inscription : Janvier 2006
    Messages : 1 769
    Points : 2 446
    Points
    2 446
    Par défaut Arbre de newick
    Bonjour,

    Je vous propose un nouvel élément à utiliser : Arbre de newick

    Newick est le nom d'un format de fichier utilisé en biologie pour décrire les relations phylogénétiques entre diverses êtres vivants ou molécules biologiques telles que l'ADN. le code présenté est une classe qui parse une représentation textuelle (sauce moi-même) et généère un arbre à tableau. Avec une 2e passe sur l'arbre on peut reformater les arbres sur d'autres formats dont de l'xml simple.



    http://fr.wikipedia.org/wiki/Newick

    http://en.wikipedia.org/wiki/Newick_format



    Code php : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    1
    2
    3
    4
    5
    6
    7
    8
    9
    10
    11
    12
    13
    14
    15
    16
    17
    18
    19
    20
    21
    22
    23
    24
    25
    // il y a un peu de code de DEMO au debut code:
     
    $toto = '((((1:0.a1,2:a2)3:0.a3,((4:0.b1,5:0.b2)6:0.b3,(7:0.c1,8:0.c2)9:0.c3)10:0.bc3)11:0.abc3,(12:0.d1,13:0.d2):0.d3)14:0.abcd3,15:0.e2)';
     
    //$toto ='(((((1:0.01,2:0.01):0.05,(5:0.02,19:0.02):0.04,alone:dist):0.05,(3:0.03,4:0.03):0.08):0.59,(7:0.13,20:0.13):0.57):0.14,6:0.84)tout:distance;';
     
    $tree = new NewickParser($toto);
     
     
     
    echo '';
     
    print_r( $tmp = $tree->parse() );
     
    print_r( $tree->formatFlat($tmp) );
     
    print_r( $tree->formatLayered($tmp) );
     
    print_r( $tree->formatRich($tmp));
     
    file_put_contents(__FILE__.'.xml',$tree->formatXMLString($tmp));
     
    print( $tree->formatNewick($tmp));
     
    echo '';



    Qu'en pensez-vous ?
    PHP fait nativement la validation d'adresse électronique .
    Celui qui a inventé mysql_connect(...) or die() est déjà mort plusieurs fois.

    Utilisez le bouton résolu!

  2. #2
    Membre à l'essai
    Profil pro
    Inscrit en
    Septembre 2009
    Messages
    46
    Détails du profil
    Informations personnelles :
    Localisation : France

    Informations forums :
    Inscription : Septembre 2009
    Messages : 46
    Points : 16
    Points
    16
    Par défaut
    Superbe !
    Juste à la ligne 122 il semble manquer le "$this->" après le "self::". Enfin en tout cas ca enlève l'erreur

  3. #3
    Membre émérite
    Avatar de gene69
    Profil pro
    Inscrit en
    Janvier 2006
    Messages
    1 769
    Détails du profil
    Informations personnelles :
    Localisation : France

    Informations professionnelles :
    Secteur : High Tech - Produits et services télécom et Internet

    Informations forums :
    Inscription : Janvier 2006
    Messages : 1 769
    Points : 2 446
    Points
    2 446
    Par défaut
    ??
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    self::{$this->callbackLeaf }($root)
    c'est pas juste ? et les callback appelé sont bien static !
    PHP fait nativement la validation d'adresse électronique .
    Celui qui a inventé mysql_connect(...) or die() est déjà mort plusieurs fois.

    Utilisez le bouton résolu!

Discussions similaires

  1. Parser PHP arbre phylogénétique type Newick
    Par fourmizen dans le forum EDI, CMS, Outils, Scripts et API
    Réponses: 45
    Dernier message: 26/07/2012, 04h08
  2. arbres BB
    Par cedrick essale dans le forum Algorithmes et structures de données
    Réponses: 4
    Dernier message: 03/12/2002, 16h39
  3. Qu'est ce qu'un arbre
    Par sandrine dans le forum C
    Réponses: 8
    Dernier message: 23/10/2002, 14h12
  4. créer une arborescence windows sous forme d'arbre java
    Par chupachoc dans le forum Composants
    Réponses: 3
    Dernier message: 01/10/2002, 17h48
  5. arbre de parcour d'arborescence windows
    Par chupachoc dans le forum Composants
    Réponses: 7
    Dernier message: 09/09/2002, 09h09

Partager

Partager
  • Envoyer la discussion sur Viadeo
  • Envoyer la discussion sur Twitter
  • Envoyer la discussion sur Google
  • Envoyer la discussion sur Facebook
  • Envoyer la discussion sur Digg
  • Envoyer la discussion sur Delicious
  • Envoyer la discussion sur MySpace
  • Envoyer la discussion sur Yahoo