Discussion :

[michel42]

Bonjour à tous,

j'utilise ce module pour récupérer tous les fichiers contenus dans un dossier, et les passer un à un en argument d'un logiciel. L'ennui c'est qu'à chaque utilisation un des fichiers semble être écrasé durant la manipulation et il n'est donc pas reconnu par mon logiciel. Je pense que le problème vient de mon code étant donné que le fichier en question est du même type que les autres et que lorsque je lance le logiciel dessus manuellement tout fonctionne correctement.

Voici la partie de mon code ou j'utilise ce module :

Code :

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for fichier in glob.glob("Dossier_1/Dossier_1_1/./*"):
		os.system("./mon_logiciel  -in "+fichier+"  -out "+fichier+".clw ")

je n'ai pas beaucoup d'experience avec ce module, peu être que quelque chose m'a échappé

[mont29]

Un peu au hasard (Balthazar), échapper les noms de fichiers avec de "*? Ou mieux, préférer le module subprocess à os.system*:

Au passage, "Dossier_1/Dossier_1_1/./*" est équivalent à "Dossier_1/Dossier_1_1/*", non ?

Code :

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import subprocess
for fichier in glob.glob("Dossier_1/Dossier_1_1/*"):
    subprocess.call(["./mon_logiciel",  "-in",  fichier, "-out", fichier+".clw"])

Sinon, donne plus d’info sur ton code et ces fichiers…

[VinsS]

Je me pose la même question sur les noms de fichiers.

Avec glob, pour lister tous les fichiers sans distinctions d'extension c'est comme ceci

Code :

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glob.glob("chemin/*.*")

Dans la commande que tu exécutes, tu leur ajoutes une nouvelle extension ".clw", il y a une raison ?

C'est toujours le même fichier qui foire ou à chaque fois un autre au hasard ?

[michel42]

Au passage, "Dossier_1/Dossier_1_1/./*" est équivalent à "Dossier_1/Dossier_1_1/*", non ?

je vais faire le test, j'avais repris la synthaxe d'après un exemple trouvé sur le net et je ne m'en suis jamais éloigné en fait.

Sinon, donne plus d’info sur ton code et ces fichiers…

Cette partie du code est vraiment détachée du reste du programme, concernant les fichiers se sont en réalité des fichiers contenant des séquences au format fasta, c'est à dire:

>Seq1
ATTCAGACGAGCAGC
>Seq2
CTAGCTAGCATCAGCACT
....

C'est toujours le même fichier qui foire ou à chaque fois un autre au hasard ?

C'est toujours le même (mais je fais mes tests avec le même jeu de données à chaque fois), et j'ai vérifié ce fichier n'a rien de différent avec les autres.

Dans la commande que tu exécutes, tu leur ajoutes une nouvelle extension ".clw", il y a une raison ?

En fait le logiciel (qui est un logiciel d'alignement) produit donc un fichier d'output pour chaque fichier d'input, et pour plus de facilité je conserve le même nom, à la différence que j'ajoute l'extention .clw pour ne pas écraser mes fichiers d'inputs.

je vais essayer vos conseils merci

[mont29]

Il serait intéressant de connaître un échantillon des noms de fichier, en particulier de celui qui pose problème (a-t-il une espace, par exemple*?).

Et glob.glob("chemin/*") suffit pour lister tout le contenu d’un dossier, me semble-t-il ("chemin/*.*" ne sélectionne que les fichiers ayant une extension*!) –*sauf que dans ce cas, il est encore plus simple d’utiliser os.listdir("chemin")*!

[michel42]

Je confirme, dossier/./* et dossier/* ont le même effet. Le fichier qui me pose problème se nomme US8, les autres se nomment US1, US2... Son contenu est le même que les autres (en terme de structure biensur).

J'ai oublié de préciser que dans le dossier contenant mes fichiers se trouve un autre dossier (dans lequel je transfert les fichiers d'outputs une fois la boucle achevée). Mais comme le module glob ne récupère que les fichiers je ne pense pas qu'il puisse nuir au bon fonctionnement de mon programme.

Lorsque le logiciel tourne il y a un moment où il me renvoie "No sequences in input file", en réalité pendant ma boucle mon fichier US8 est écrasé à un moment, et je ne comprends pas pourquoi.


EDIT : je viens de renommer le fichier US8 -> US81 et ça marche, aucun fichier n'a été oublié, je suis septique je serai incapable d'expliquer pourquoi ça fonctionne. C'est donc "résolu", bien que je n'ai pas vraiment compris.

[fred1599]

python n'a rien contre le chiffre 8

Si il t'a renvoyé un message d'erreur c'est qu'il y a une (bonne) raison.

Ton fichier n'était pas vide?

en réalité pendant ma boucle mon fichier US8 est écrasé à un moment, et je ne comprends pas pourquoi.

Ton fichier ne peut être écrasé que si tu lis ton fichier en mode 'w'.

Peut-être devrais-tu tester selon ton environnement l'ouverture de tes fichiers.

Code :

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try:
    with open( "monfichier.txt" ) as f :
        print(f.read())
except EnvironmentError as exception:
    print('ERROR:' + str(exception))

Tu auras peut-être des nouvelles

[michel42]

Hum j'ai honte

Je pensais que mon problème venait forcémment de là car j'avais vérifié que tous les fichiers d'input étaient présents avant de lancer ma boucle (c'est moi qui les génère).

Et le truc c'est que je ne fermais pas le fichier d'écriture que j'utilisais pour générer mes inputs, au final ils étaient bien tous générés, seulement au moment où je rentre dans ma boucle qui génère l'alignement ils ne l'étaient pas tous.

Je sais je sais :




Merci à vous et bon week end