Discussion :

[jeff6868]

Bonjour,

J'ai une petite question à vous soumettre.
J'ai un tableau de données dont les colonnes portent les noms suivants:

"ST001_data1" "ST001_data2" "ST004_data1" "ST004_data2" etc...

J'aimerais en fait simplement enregistrer ces données dans différents fichiers .csv de sortie. J'aimerais par exemple enregistrer toutes les données de ST001 dans un fichier, les données de ST002 dans un autre, etc... (donc enregistrer dans un même fichier les colonnes qui ont le ST001 ou ST004 ... en commun.
Comment peut-on faire ça sous R? (en sachant que ça doit être automatique: les numéros ne se suivent pas forcément et les positions et le nombre de colonnes peut varier donc il faudrait faire la reconnaissance uniquement à partir du STxxx si possible).
Un grand merci d'avance!

[A. D.]

Bonjour,

Voilà comment j'aurais procédé avec un petit exemple :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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# chargement des données (à appliquer à votre cas)
mydata<-read.csv("mydata",header=TRUE,sep="\t") 
mydata
 ST001_data1 ST001_data2 ST004_data1 ST004_data2 ST004_data3 ST005_data1
1           1           1           4           4           4           5
2          11          11          44          44          44          55
3         111         111         444         444         444         555
4           1           1           4           4           4           5
 
COL<-colnames(mydata)
COL
[1] "ST001_data1" "ST001_data2" "ST004_data1" "ST004_data2" "ST004_data3"
[6] "ST005_data1"
 
a<-strsplit(COL,"_") # va séparer les noms de colonnes selon le caractère "_"
a
[[1]]
[1] "ST001" "data1"
 
[[2]]
[1] "ST001" "data2"
 
[[3]]
[1] "ST004" "data1"
 
[[4]]
[1] "ST004" "data2"
 
[[5]]
[1] "ST004" "data3"
 
[[6]]
[1] "ST005" "data1"
 
NAMES<-unique(sapply(a,function(x) { return(x[1]) })) # va permettre de récupérer les "premières parties" (avant le underscore) des noms des colonnes et va supprimer les doublons (fonction "unique")
NAMES
[1] "ST001" "ST004" "ST005"
 
# fonction permettant de récupérer les données correspondant à un ST00.. donné et de les écrire dans le fichier csv correspondant
myfunction<-function(N,mat=mydata)
{
	u<-grep(N,colnames(mat))
	M<-mat[,u]
 
	filename=paste(N,".csv",sep="")
 
	write.csv(M,file=filename,row.names=FALSE)
}
 
# on va appliquer la fonction précédente à tous les éléments de NAMES (la fonction sapply va nous permettre d'éviter de faire une boucle sur chacun des éléments de NAMES)
sapply(NAMES,myfunction)

Si vous avez des questions sur le détail de ce code, n'hésitez pas !
Bonne continuation


Cordialement,

A.D.

[jeff6868]

C'est parfait!

Merci pour votre réponse très détaillée et pour le temps consacré! Avec autant de détails, point besoin de poser davantage de questions ^^

Bonne continuation pareillement