Discussion :

[karaudrey88]

Bonjour,
J'aimerais faire du parsing de fichiers texte mais je ne sait pas comment m'y prendre.
j'ai plusieurs fichiers de comparaison :
au début j'ai quelques fichiers du type ecantillon1,echantillon2....
après comparaison de fichiers deux a deux j'obtiens des fichiers de la forme
echantillon1_echantillon1.txt
echantillon1_echantillon2.txt
echantillon1_echantillon3.txt
...
echantillon2_echantillon1.txt
echantillon2_echantillon2.txt
echantillon2_echantillon3.txt

A partir de ces fichiers la j'aimerai les regrouper en fonction du début de leur nom commun cad de faire un fichier echantillon1_vs_tous , echantillon2_vs_tous.
J'ai une grande quantité de fichiers car je pourrais avoir jusqu’à 100 échantillons et chaque fichier contient 999 lignes.
D'ou l'utilité d'un script "d'automatisation".
Quelqu'un pourrait il m'aider?
Merci

[magicshark]

Bonjour je comprend pas tout tout quel est le résultat souhaitez ...

[karaudrey88]

Par exemple j'aimerai regrouper tous les résultats des fichiers dont le début du nom est identique :
les fichiers de départ sont :
echantillon1-echantillon1
echantillon1-echantillon2
echantillon1-echantillon3
echantillon1-echantillon4

dans chacun de ses fichiers j'ai une colonne de 999 éléments
Et j'aimerai regrouper ces 4 fichiers en un seul du type
element1 1-1 1-2 1-3 1-4
element2 1-1 1-2 1-3 1-4
element3 1-1 1-2 1-3 1-4
....
element999 1-1 1-2 1-3 1-4

[magicshark]

t'es fichiers sont sous quel système d'exploitation ?

[karaudrey88]

Ce sont des fichiers sous linux

[magicshark]

pour recuperer chaque fichiers dont le nom est "echantillon?.txt" une commande find est pas mal sinon s'il sont tous regrouper et qu'il n'y a qu'eux dans le dossier un "ls" serai mieux.

par contre après je vois pas trop ce que tu veux dans le fichier
si
echantillon1.txt =1-1 1-2 1-3 1-4
echantillon2.txt =1-1 1-2 1-1 1-4
le résultat sera ?
(j'ai du louper une partie importante.)

[karaudrey88]

J'ai 5 échantillons
Je les compare 2 a 2
J'obtiens donc les fichiers suivants
echantillon 1-echantillon 1
ech 1-ech 2
ech 1-ech 3
ech 1-ech 4
ech 1-ech 5

ech 2-ech 1
ech 2-ech 2
ech 2 -ech 3
ech2 -ech 4
ech 2 -ech 5
.....
Chaque fichier ech?-ech? contient une colonne de 999 éléments
J'aimerai obtenir un fichier de type matrice du type
ech 1 ech 2 ech 3 ech4 ech5
ech 1 XXX XXX XXX XXX XXX
XXX XXX XXX XXX XXX
XXX XXX XXX XXX XXX
....


Puis un autre
ech 1 ech 2 ech 3 ech4 ech5
ech 2

[Philou67430]

Ca n'est toujours pas clair... car tu mélanges la description de ce qui existe déjà, avec la description de ce que tu voudrais faire.
Pour ton nouveau script de regroupement, combien de fichiers seront en entrée ?
Montre un exemple concret de ce que contiendra ce ou ces fichiers et de son nom exact.
A partir de ce ou ces fichiers d'exemple, montre ce que tu souhaites obtenir en résultat, mais sans nous embrouiller l'esprit avec ce qui a permis de produire les fichiers d'entrée de ton nouveau script.

[karaudrey88]

Mes fichiers de départ sont les suivants:
normCov_normalisations_echantillon_CNV_repartis.txt_normCov_normalisations_echantillon_CNV_repartis.txt_comp_intervalle_logR.txt
normCov_normalisations_echantillon_CNV_repartis.txt_normCov_normalisations_echantillon_CNV_SNP.txt_comp_intervalle_logR.txt
normCov_normalisations_echantillon_CNV_repartis.txt_normCov_normalisations_echantillon_CNV.txt_comp_intervalle_logR.txt
normCov_normalisations_echantillon_CNV_repartis.txt_normCov_normalisations_echantillon_deletion.txt_comp_intervalle_logR.txt
normCov_normalisations_echantillon_CNV_repartis.txt_normCov_normalisations_echantillon_SNP.txt_comp_intervalle_logR.txt
normCov_normalisations_echantillon_CNV_SNP.txt_normCov_normalisations_echantillon_CNV_repartis.txt_comp_intervalle_logR.txt
normCov_normalisations_echantillon_CNV_SNP.txt_normCov_normalisations_echantillon_CNV_SNP.txt_comp_intervalle_logR.txt
normCov_normalisations_echantillon_CNV_SNP.txt_normCov_normalisations_echantillon_CNV.txt_comp_intervalle_logR.txt
normCov_normalisations_echantillon_CNV_SNP.txt_normCov_normalisations_echantillon_deletion.txt_comp_intervalle_logR.txt
normCov_normalisations_echantillon_CNV_SNP.txt_normCov_normalisations_echantillon_SNP.txt_comp_intervalle_logR.txt
normCov_normalisations_echantillon_CNV.txt_normCov_normalisations_echantillon_CNV_repartis.txt_comp_intervalle_logR.txt
normCov_normalisations_echantillon_CNV.txt_normCov_normalisations_echantillon_CNV_SNP.txt_comp_intervalle_logR.txt
normCov_normalisations_echantillon_CNV.txt_normCov_normalisations_echantillon_CNV.txt_comp_intervalle_logR.txt
normCov_normalisations_echantillon_CNV.txt_normCov_normalisations_echantillon_deletion.txt_comp_intervalle_logR.txt
normCov_normalisations_echantillon_CNV.txt_normCov_normalisations_echantillon_SNP.txt_comp_intervalle_logR.txt
normCov_normalisations_echantillon_deletion.txt_normCov_normalisations_echantillon_CNV_repartis.txt_comp_intervalle_logR.txt
normCov_normalisations_echantillon_deletion.txt_normCov_normalisations_echantillon_CNV_SNP.txt_comp_intervalle_logR.txt
normCov_normalisations_echantillon_deletion.txt_normCov_normalisations_echantillon_CNV.txt_comp_intervalle_logR.txt
normCov_normalisations_echantillon_deletion.txt_normCov_normalisations_echantillon_deletion.txt_comp_intervalle_logR.txt
normCov_normalisations_echantillon_deletion.txt_normCov_normalisations_echantillon_SNP.txt_comp_intervalle_logR.txt
normCov_normalisations_echantillon_SNP.txt_normCov_normalisations_echantillon_CNV_repartis.txt_comp_intervalle_logR.txt
normCov_normalisations_echantillon_SNP.txt_normCov_normalisations_echantillon_CNV_SNP.txt_comp_intervalle_logR.txt
normCov_normalisations_echantillon_SNP.txt_normCov_normalisations_echantillon_CNV.txt_comp_intervalle_logR.txt
normCov_normalisations_echantillon_SNP.txt_normCov_normalisations_echantillon_deletion.txt_comp_intervalle_logR.txt
normCov_normalisations_echantillon_SNP.txt_normCov_normalisations_echantillon_SNP.txt_comp_intervalle_logR.txt

Je voulais regrouper tous les
normCov_normalisations_echantillon_CNV_repartis.txt_* ensemble
normCov_normalisations_echantillon_CNV_SNP.txt_* ensemble
normCov_normalisations_echantillon_CNV.txt_* ensemble
normCov_normalisations_echantillon_SNP_repartis.txt_* ensemble
normCov_normalisations_echantillon_deletion_repartis.txt_* ensemble

Et j'ai réussi a parser mes fichiers a l'aide d'un script R intégré dans mon script perl.
MERCI
bon week end