Discussion :

[ADMD75]

Bonjour, j'ai un problème.
Je dispose d'une image de neurone issue d'imagerie calcique et on me demande ceci :

# le bruit de fond est évalué en choisissant des endroits (régions encore appelées crop) extérieurs à l'axone et dont la fluorescence semble stable dans le temps. Soit B(n) ce bruit de fond pour l'image n.
# ce bruit de fond sera soustrait à chaque valeur de la fluorescence mesurée dans une region d'intérêt, f(n), pour obtenir F(n) = f(n) - B(n).
# enfin, F(n) est convertie en DF/F0(n) = 100.( F(n) - F0 )/F0, où F0 est la fluorescence moyenne au repos avec F0 = moyenne des f(n)

J'ai choisi des points semblant correspondre au bruit de fond (des carrées noirs) mais je ne sais pas comment faire pour créer un programme qui fait ce qu'on me demande ...

Ps : Je dois travailler avec python et imagej.

Merci par avance pour votre aide !!

[sam_sam]

Bonjour,

Si ton point de blocage se situe au niveau de déterminer la valeur moyenne de ton bruit de fond avec ImageJ et soustraire cette valeur à l'ensemble ou une partie de l'image (toujours avec imageJ), ceci est faisable au clic et peut être automatisé facilement par une macro de quelques lignes.
En revanche, je n'ai pas tout suivi avec l'histoire du Python.
L'opération doit-elle être fait depuis ImageJ ou Python (parce que Pyhton je ne maîtrise pas du tout) ? Ou souhaites-tu seulement piloter ImageJ + la macro depuis Python ?

Sam