Bonjour,
Je suis nouveau en bio-informatique donc je me permets de demander l'aide pour analyser des séquences issues d'un séquençage (NGS) avec la technologie illumina.
En effet, n'ayant pas de logiciel payant conçu pour l'analyse, j'ai essayé d'utiliser l'outil galaxy (https:/usegalaxy.org/) mais je rencontre des problèmes techniques.
Je voudrais savoir quels logiciels ou outils gratuits utilisez-vous pour analyser des séquences sous format fastq (contrôle qualité, alignement pour obtenir le .Bam, marquage des duplicats, réalignement local etc.) pour pouvoir à la fin détecter des variations au niveau du génome (SNP, Mutations etc.) ?
Deuxième question, y a-t-il quelqu'un qui s'y connaît dans l'utilisation de l'outil open source Galaxy (https:/usegalaxy.org/) pour pouvoir m'aider à réaliser mon analyse ?
Je vous remercie par avance;
M.S
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