Discussion :

[kmezhoud]

Bonjour,
Il m'arrive souvent de vouloir assembler des informations sur les mêmes protéines contenues dans deux fichiers différents. Par exemple le premier fichier contient pour la protéine X1 sa séquence et son identitée et le second contient pour la même protéine X1 sa fonction et localisation intracellulaire.

Comment peut on cancaténer les informations sachant qu'on connait ce qui est en commun pour la même protéine entre les deux fichiers?

Dans ce cas c'est la ligne des accessions (AC). Il y a certainement un code (P31946) en commun. Tout ce que je veux c'est mettre les accessions du fichier2 de chaque protéine à la place des accessions du fichier 1.
(Voir fichier attaché)

voici un début

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
 
use strict; #ça fait joli de travailler en strict :p
use warnings;
 
#le module qui va nous faciliter la vie
#à installer si ce n'est pas fait : sudo perl -MCPAN -e 'install List::Compare'
use List::Compare;
 
#on ouvre le premier fichier en une liste
open (M, "fichier2") or die ('je ne trouve pas le fichier listemotifs');
my @fichier2 = <M>;
chomp(@fichier2);
close M;
 
#print join (" : ", @fichier2);
 
#de même pour le second fichier
open (L, "fichier1") or die ('je ne trouve pas le fichier lignes');
my @fichier1 = ();
 
while(my $fichier=<L>){ #on va procéder ligne par ligne
	my @fichier1 = split('\s',$ligne);  #split sur deux selon \s "space"
	push(@fichier1, @fichier1); #construction du tableau
	chomp(@fichier1); #supression des retours de chariot.
	#print join (" : ", @fichier1);
}
close L; 
 
#on commence la comparaison
y $com = List::Compare->new( {
        lists    => [\@listemotifs, \@lignes],
        unsorted => 1, #pour ne pas changer l'ordre
    } );
 
#ceux qui sont dans les deux listes :
my @trouve = $com->get_intersection;
 
#ceux qui sont dans la première liste uniquement:
my @nontrouve = $com->get_unique;
......

Merci pour votre temps.