Discussion :

[pierrot-v]

bonjour
J'ai script perl qui appel un autre script perl

Quand je le lance j'obtiens ce message alors que '\Documents' n'est ni une commande interne, externe, ni un programme executable, ni un fichier de commande

C:\Documents and Settings\commun\Mes documents\Stage Pierre VILLARD>perl primer3.pl
'\Documents' n'est pas reconnu en tant que commande interne
ou externe, un programme exécutable ou un fichier de commandes.

Pouvez vous me dire ce qui ne va pas car je ne vois vraiment pas

Je ne pense pas que le programme provienne de mon script perl mais je le met quand même au cas ou

Code :

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#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
 
use Bio::Tools::Run::Primer3;
use Bio::Tools::Primer3;
use Bio::SeqIO;
 
# Fichier sequence consensus (Pense à remplacer les ? par des N)
my $FichierSequenceConsensus = "C:/Documents and Settings/commun/Bureau/testpierremieux.fas" ;#or die "impossible de definir notre sequence";
 
my $seqio	= Bio::SeqIO->new( -file => $FichierSequenceConsensus, 
							   -format => 'fasta');
 
my $seq		= $seqio->next_seq;
my $primer3	= Bio::Tools::Run::Primer3->new(
  -seq     => $seq,
  -outfile => "C:/Documents and Settings/commun/Mes documents/Stage Pierre VILLARD/primer.out",
  -path    => "C:/Documents and Settings/commun/Mes documents/Stage Pierre VILLARD/fichier dinstallation des programmes necessaires/primer3.2.3.2/bin/primer3_core",
);
 
# Exemple de parametres
my %parametre = (
  PRIMER_OPT_SIZE => 20,
  PRIMER_MIN_SIZE => 18,
  PRIMER_MAX_SIZE => 27,
 
  PRIMER_NUM_NS_ACCEPTED     => 0,    # default : 1
  PRIMER_FILE_FLAG           => 1,
  PRIMER_PICK_INTERNAL_OLIGO => 1,
  PRIMER_EXPLAIN_FLAG        => 1,
  PRIMER_PICK_INTERNAL_OLIGO => 1,    # recherche sonde (bolean : default 0)
 
  PRIMER_OPT_TM      => 60,           # (float, default 60.0C)
  PRIMER_MIN_TM      => 57,           # (float, default 57.0C)
  PRIMER_MAX_TM      => 66,           # (float, default 63.0C)
  PRIMER_MAX_DIFF_TM => 2,            # (float, default 100.0C)
  PRIMER_MAX_POLY_X  => 5,            # (int, default 5)
 
  PRIMER_SALT_CONC => 50,             # (float, default 50.0 mM)
  PRIMER_DNA_CONC  => 330,            # (float, default 50.0 nM)
 
  PRIMER_LIBERAL_BASE => 1,           # (boolean, default 0)
);
 
# On applique ces paramètres
foreach ( keys %parametre ) {
  $primer3->add_targets( $_ => $parametre{$_}, );
}
 
# Lancement de primer3
my $resultats_primer3 = $primer3->run or die "impossible de lancer primer3";
 
# Nombre de résultat
my $NombreResultat = $resultats_primer3->number_of_results;
print "Il y a $NombreResultat resultats\n";
 
# Lecture des résultats
printf( "%-13s %-10s %-10s %-7s %-8s %-7s %-5s %-10s\n",
  'OLIGO', 'Start', 'Longeur', 'TM', 'Any', '%GC', "3'", 'Sequence' );
 
for ( 0 .. $NombreResultat - 1 ) {
  my $resultats = $resultats_primer3->primer_results($_);
 
  # PRIMER_LEFT
  my ( $start_left, $len_left ) = split( ',', $resultats->{PRIMER_LEFT} );
  printf(
    "%-13s %-10s %-10s %-7s %-8s %-7s %-5s %-10s\n",
    'LEFT PRIMER',                        $start_left,
    $len_left,                            $resultats->{PRIMER_LEFT_TM},
    $resultats->{PRIMER_LEFT_GC_PERCENT}, $resultats->{PRIMER_LEFT_SELF_ANY},
    $resultats->{PRIMER_LEFT_SELF_END},   $resultats->{PRIMER_LEFT_SEQUENCE}
  );
 
  # PRIMER_RIGHT
  my ( $start_right, $len_right ) = split( ',', $resultats->{PRIMER_RIGHT} );
  printf(
    "%-13s %-10s %-10s %-7s %-8s %-7s %-5s %-10s\n\n",
    'RIGHT PRIMER',                        $start_right,
    $len_right,                            $resultats->{PRIMER_RIGHT_TM},
    $resultats->{PRIMER_RIGHT_GC_PERCENT}, $resultats->{PRIMER_RIGHT_SELF_ANY},
    $resultats->{PRIMER_RIGHT_SELF_END},   $resultats->{PRIMER_RIGHT_SEQUENCE}
  );
 
}

[Dimitry.e]

Ajoute des guillemets autour de "Documents and settings".

PS : les espaces dans les noms et chemins sont toujours à éviter.