Discussion :

[dodup64]

Bonjour,

Je débute tout juste en bioperl et j'ai un soucis.

Je dispose d'une liste de noms de clones (humains) comme par exemple AP000688. Je dois retrouver les gènes présents sur ces clones en utilisant GenBank, pas sur la dernière version de la base mais l'avant dernière. Ce qui m'intéresse ce sont les coordonnées de ces gènes sur le chromosome.

Ma question est simple : est-ce possible de faire ca en utilisant par exemple bioperl ? Si oui, comment ?

J'ai commencé à regarder du côté de Bio :: DB :: GenBank mais je ne comprends pas très bien comment ca marche et je n'ai pas trouvé comment fiare pour imposer une ancienne version de la base ...

Merci de votre aide.

Pierre-Yves

[dodup64]

(re)Bonjour,

Je pense que je n'ai pas besoin d'utiliser d'objet querry.

Voici ce que j'ai essayé de faire (c'est un essai pour retrouver des gènes potentiels sur le clone AL161937) :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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use strict;
use warnings;
 
use Bio::DB::GenBank;
use Bio::DB::Query::GenBank;
 
my $gb = new Bio::DB::GenBank;
 
my $stream = $gb->get_Stream_by_acc("AL161937");
while (my $seq = $stream->next_seq){
   my $Gi = $seq->primary_id();
   print " Gi : ".$Gi."\n";
 
   my @features = $seq->get_SeqFeatures();
   foreach my $feat ( @features ) {
 
      if ($feat->has_tag('gene')) {
         for my $val ($feat->get_tag_values('gene')){
            print "gene: ",$val,"\n";
            print $feat->location->to_FTstring(),"\n";
         }
      }
   }
}

Voici ce que j'obtiens comme résultat :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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gene: CEBPB
35339..37294
gene: CEBPB
35339..37294
gene: CEBPB
35639..36676
gene: CEBPB
37248..37253
gene: CEBPB
37294

Dois-je en conclure que le clone ne comporte qu'un seul gène situé de la position 35339 à 37294 dans le référenciel du clone (j'ai aussi trouvé pour le sens du gène) ?

Par contre je n'ai pas trouvé le moyen d'imposer une version de genBank, ni comment retrouver les coordonnées du gène sur le chromosome ...

Pierre-Yves

[dodup64]

Personne pour m'aider ?


J'ai pas été clair ou c'est pas possible ?

[Beniou]

Bonjour,

Dois-je en conclure que le clone ne comporte qu'un seul gène situé de la position 35339 à 37294 dans le référenciel du clone (j'ai aussi trouvé pour le sens du gène) ?

Dans un certain sens oui : mais pour ses positions, tout dépend de quelle information tu veux : positions de l'ARNm ? du gène ? du ou des CDS ? A toi de voir le bon primary tag pour repérer les bonnes positions sur le clone.

Par contre je n'ai pas trouvé le moyen d'imposer une version de genBank, ni comment retrouver les coordonnées du gène sur le chromosome ...

Pour la version de genbank tu devrais utiliser plutôt utiliser la méthode "get_Stream_by_query" en créant un objet Bio::DB::Query::GenBank en précisant les paramètres mindate, maxdate et/ou reldate. De ce fait tu pourras je pense récupérer les infos des releases précédentes.

Des exemples en fin de page sont bien faites sur le tuto de Jasmine

Par contre, pour ce qui est du gène : ici il n'y a pas de dbxref pour le gène donc pas moyen de chercher celui-ci en utilisant par exemple Bio::DB::EntrezGene car il faut un identifiant.
Pareil si tu essayes de faire une query comme juste avant en mettant par exemple :

homo sapiens [organism] CEBPB [Gene Name]

Comme les seules bases de données accessibles via ce module sont nucleotide (ou nuccore) et protein, tu ne tomberas pas sur le gène directement et il te sortira pas mal d'entrées...

Pareil en essayant de passer par le numéro d'accession swissprot et le module qui lui est associé.

J'ai creusé un peu mais pas encore trouvé. Peut être en regardant une des dbxref présent... Ou alors en utilisant les Eutilities ou encore les batch des différents sites NCBI ou EBI...